基于高通量测序的病原体筛查与确认
| 缩略词表 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 前言 | 第13-19页 |
| 1. 研究背景 | 第13页 |
| 2. 高通量测序概述及应用 | 第13-16页 |
| 2.1 罕见病的基因组测序 | 第13-14页 |
| 2.2 癌症基因组测序 | 第14-15页 |
| 2.3 高通量测序在新病原体发现方面的应用 | 第15-16页 |
| 3. 目前高通量测序技术的局限性 | 第16页 |
| 4. 高通量测序技术的未来 | 第16-17页 |
| 5. 立题依据 | 第17页 |
| 6. 本文研究内容 | 第17-19页 |
| 第一章 未知病毒感染的高通量筛查与确认 | 第19-33页 |
| 1. 材料与方法 | 第20-24页 |
| 1.1 实验材料 | 第20页 |
| 1.2 组织切片的制备和观察 | 第20-21页 |
| 1.3 样本制备 | 第21页 |
| 1.4 病毒总核酸提取 | 第21页 |
| 1.5 DNA测序文库构建及测序 | 第21-23页 |
| 1.6 生物信息学分析 | 第23页 |
| 1.7 病毒的细胞培养 | 第23页 |
| 1.8 病毒纯培养物基因组的提取 | 第23-24页 |
| 1.9 实时定量PCR检测 | 第24页 |
| 2. 实验结果 | 第24-32页 |
| 2.1 病毒基因组质控结果 | 第24页 |
| 2.2 Bioanalyzer 2100鉴定结果 | 第24-25页 |
| 2.3 测序结果概述 | 第25页 |
| 2.4 病毒基因组拼接和分析 | 第25-29页 |
| 2.5 实时定量PCR检测结果 | 第29-31页 |
| 2.6 病理组织检查 | 第31-32页 |
| 3. 讨论 | 第32页 |
| 4. 结论 | 第32-33页 |
| 第二章 未知细菌感染的高通量测序筛查与确认 | 第33-58页 |
| 1. 材料和方法 | 第33-41页 |
| 1.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 1.2 组织切片的制备和观察 | 第34-35页 |
| 1.3 样本前期制备 | 第35页 |
| 1.4 微生物的核酸提取 | 第35-37页 |
| 1.5 RNA测序文库构建及测序 | 第37-38页 |
| 1.6 16S rDNA V1-V2区扩增 | 第38页 |
| 1.7 组织的宏基因组测序 | 第38-39页 |
| 1.8 细菌纯培养及鉴定 | 第39页 |
| 1.9 细菌的全基因组测序 | 第39-41页 |
| 1.10 动物实验 | 第41页 |
| 2. 实验结果 | 第41-56页 |
| 2.1 病理学检查 | 第41-42页 |
| 2.2 微生物核酸质检 | 第42页 |
| 2.3 RNA-seq | 第42-44页 |
| 2.4 16S rDNA的V1-V2高变区扩增 | 第44页 |
| 2.5 宏基因组测序 | 第44-47页 |
| 2.6 细菌纯培养及鉴定 | 第47-49页 |
| 2.7 全基因组测序 | 第49-55页 |
| 2.8 动物实验 | 第55-56页 |
| 3. 讨论 | 第56-57页 |
| 4. 结论 | 第57-58页 |
| 全文总结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 个人简介 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
