基于序列物理化学特征的基因组复制起始位点预测研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 生物信息学 | 第11页 |
| 1.2 复制起始位点研究现状 | 第11-13页 |
| 1.3 论文主要内容 | 第13-15页 |
| 第二章 材料与方法 | 第15-30页 |
| 2.1 复制起始位点数据集的构建 | 第15-16页 |
| 2.1.1 酵母数据集的构建 | 第15页 |
| 2.1.2 人类数据集的构建 | 第15页 |
| 2.1.3 数据集的优化 | 第15-16页 |
| 2.2 特征提取 | 第16-24页 |
| 2.2.1 核苷酸频率 | 第16-17页 |
| 2.2.2 伪核苷酸组分 | 第17-21页 |
| 2.2.3 序列弯曲度 | 第21-23页 |
| 2.2.4 序列裂解强度 | 第23-24页 |
| 2.3 分类算法 | 第24-28页 |
| 2.3.1 支持向量机简介 | 第24-25页 |
| 2.3.2 LIBSVM软件包简介 | 第25-26页 |
| 2.3.3 其他分类算法介绍 | 第26-27页 |
| 2.3.4 Weka软件介绍 | 第27-28页 |
| 2.4 分类结果评价指标 | 第28-29页 |
| 2.4.1 敏感性、特异性、总体精度、相关系数 | 第28-29页 |
| 2.4.2 ROC曲线 | 第29页 |
| 2.5 小结 | 第29-30页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第30-48页 |
| 3.1 酵母物种预测结果 | 第30-33页 |
| 3.1.1 交叉验证 | 第30-31页 |
| 3.1.2 参数优化 | 第31-32页 |
| 3.1.3 预测精度 | 第32-33页 |
| 3.2 酵母物种预测结果分析 | 第33-37页 |
| 3.2.1 与其他算法比较 | 第33-34页 |
| 3.2.2 预测精度分析 | 第34页 |
| 3.2.3 序列局部特征分析 | 第34页 |
| 3.2.4 酵母全基因组结果分析 | 第34-36页 |
| 3.2.5 序列结构特征分析 | 第36-37页 |
| 3.3 在线服务软件介绍 | 第37-40页 |
| 3.4 酵母物种复制起始位点在基因组中分布 | 第40-43页 |
| 3.4.1 复制起始位点与核小体关系 | 第40-41页 |
| 3.4.2 复制起始位点与启动子关系 | 第41-42页 |
| 3.4.3 复制起始位点与基因片段关系 | 第42-43页 |
| 3.5 人类物种复制起始位点预测研究 | 第43-47页 |
| 3.5.1 人类物种复制起始位点研究现状 | 第43-44页 |
| 3.5.2 预测结果 | 第44-45页 |
| 3.5.3 与其他算法比较 | 第45页 |
| 3.5.4 序列结构特征分析 | 第45-47页 |
| 3.5.5 结果分析 | 第47页 |
| 3.6 小结 | 第47-48页 |
| 第四章 总结与展望 | 第48-50页 |
| 4.1 本文工作总结 | 第48-49页 |
| 4.2 未来工作展望 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 攻读硕士期间研究成果 | 第57-58页 |
