| 摘要 | 第9-15页 |
| Abstract | 第15-22页 |
| 缩略语表 | 第23-25页 |
| 1. 前言 | 第25-33页 |
| 1.1 立题依据 | 第25-31页 |
| 1.2 目的和意义 | 第31-33页 |
| 2. 畜禽沙门氏菌耐药和毒力的流行性及分子特性研究 | 第33-138页 |
| 2.1 材料与试验方法 | 第34-63页 |
| 2.1.1 培养基、试剂和药物 | 第34-36页 |
| 2.1.2 培养基与试剂配制 | 第36-37页 |
| 2.1.3 药物配制 | 第37-40页 |
| 2.1.4 实验仪器 | 第40页 |
| 2.1.5 样品采集 | 第40页 |
| 2.1.6 沙门氏菌的分离 | 第40页 |
| 2.1.7 沙门氏菌的鉴定 | 第40-41页 |
| 2.1.8 菌株的保存 | 第41-42页 |
| 2.1.9 血清型鉴定 | 第42页 |
| 2.1.10 抗生素敏感性实验 | 第42-46页 |
| 2.1.11 超广谱 β-内酰胺酶（ESBLs）的表型筛选和确定 | 第46页 |
| 2.1.12 耐药因子检测 | 第46-59页 |
| 2.1.13 毒力因子检测 | 第59-61页 |
| 2.1.14 多位点基因序列分型（Multi Locus Sequence Typing, MLST） | 第61-62页 |
| 2.1.15 数据分析 | 第62-63页 |
| 2.2 结果 | 第63-124页 |
| 2.2.1 细菌的分离和鉴定 | 第63-65页 |
| 2.2.2 血清型结果 | 第65-69页 |
| 2.2.3 抗生素敏感性试验结果与ESBLs (MIC法)结果 | 第69-87页 |
| 2.2.4 耐药基因检测结果 | 第87-114页 |
| 2.2.5 毒力基因检测结果 | 第114-118页 |
| 2.2.6 MLST的结果 | 第118-124页 |
| 2.3 讨论 | 第124-136页 |
| 2.3.1 沙门氏菌的分离 | 第124-125页 |
| 2.3.2 沙门氏菌的血清型和基因型 (MLST) | 第125-126页 |
| 2.3.3 沙门氏菌的抗生素敏感性试验 | 第126-128页 |
| 2.3.4 ESBLs的检测 | 第128-130页 |
| 2.3.5 沙门氏菌耐药基因 | 第130-135页 |
| 2.3.6 沙门氏菌毒力基因 | 第135-136页 |
| 2.4 小结 | 第136-138页 |
| 3. 畜禽金黄色葡萄球菌耐药和毒力的流行性及分子特性研究 | 第138-204页 |
| 3.1 材料与试验方法 | 第138-160页 |
| 3.1.1 培养基、试剂和药物 | 第138-139页 |
| 3.1.2 培养基与试剂配制 | 第139页 |
| 3.1.3 药物配制 | 第139页 |
| 3.1.4 实验仪器 | 第139页 |
| 3.1.5 样品采集 | 第139页 |
| 3.1.6 金黄色葡萄球菌的分离 | 第139-141页 |
| 3.1.7 金黄色葡萄球菌的鉴定 | 第141页 |
| 3.1.8 菌株保存 | 第141-142页 |
| 3.1.9 血浆凝固酶试验 | 第142页 |
| 3.1.10 血清型鉴定 | 第142页 |
| 3.1.11 抗生素敏感性试验 | 第142-145页 |
| 3.1.12 耐药因子检测 | 第145页 |
| 3.1.13 毒力因子检测 | 第145-160页 |
| 3.1.14 多位点序列分析(Multi Locus Sequence Typing, MLST) | 第160页 |
| 3.1.15 数据分析 | 第160页 |
| 3.2 结果 | 第160-197页 |
| 3.2.1 细菌的分离和鉴定 | 第160-163页 |
| 3.2.2 血浆凝固酶试验结果 | 第163页 |
| 3.2.3 血清型结果 | 第163-165页 |
| 3.2.4 抗生素敏感性试验结果 | 第165-172页 |
| 3.2.5 耐药因子检测结果 | 第172-186页 |
| 3.2.6 毒力因子检测结果 | 第186-194页 |
| 3.2.7 MLST结果 | 第194-197页 |
| 3.3 讨论 | 第197-202页 |
| 3.3.1 金黄色葡萄球菌分离 (含MRSA)，血清型和MLST | 第197-199页 |
| 3.3.2 抗生素敏感性试验 | 第199页 |
| 3.3.3 耐药基因检测 | 第199-200页 |
| 3.3.4 毒力基因检测 | 第200-202页 |
| 3.4 小结 | 第202-204页 |
| 4. 畜禽空肠弯曲杆菌流行性研究 | 第204-215页 |
| 4.1 材料与试验方法 | 第204-207页 |
| 4.1.1 培养基、试剂和药物 | 第204-205页 |
| 4.1.2 培养基与试剂配制 | 第205页 |
| 4.1.3 药物配制 | 第205页 |
| 4.1.4 实验仪器 | 第205页 |
| 4.1.5 样品采集 | 第205页 |
| 4.1.6 空肠弯曲杆菌的分离 | 第205-206页 |
| 4.1.7 空肠弯曲杆菌的鉴定 | 第206-207页 |
| 4.1.8 抗生素敏感性试验 | 第207页 |
| 4.2 结果 | 第207-212页 |
| 4.2.1 空肠弯曲杆菌分离和鉴定结果 | 第207-208页 |
| 4.2.2 抗生素敏感性试验结果 | 第208-212页 |
| 4.3 讨论 | 第212-214页 |
| 4.3.1 空肠弯曲杆菌的分离 | 第212-213页 |
| 4.3.2 抗生素敏感性试验 | 第213-214页 |
| 4.4 小结 | 第214-215页 |
| 5. 养殖场使用抗生素的调查 | 第215-218页 |
| 6. 不同环境中的抗生素耐药性 (综述) | 第218-227页 |
| 6.1 兽药和农业环境 | 第218-221页 |
| 6.1.1 动物抗生素的消费和监测 | 第218-219页 |
| 6.1.2 伴侣动物和畜牧业中耐药性细菌 | 第219-221页 |
| 6.1.3 植物中抗生素的应用 | 第221页 |
| 6.1.4 耐药菌的传播 | 第221页 |
| 6.2 环境中的耐药性 | 第221-224页 |
| 6.2.1 土壤中的耐药性 | 第221-223页 |
| 6.2.2 水生环境中的抗生素耐药性 | 第223-224页 |
| 6.3 耐药基因库 | 第224-225页 |
| 6.4 减缓耐药性细菌的扩散和进化 | 第225-226页 |
| 6.5 小结 | 第226-227页 |
| 参考文献 | 第227-267页 |
| 致谢 | 第267-268页 |
| 附录 | 第268-314页 |
| 附录1 作者简介 | 第268-269页 |
| 附录2 沙门氏菌 | 第269-299页 |
| 表S1 分离的沙门氏菌信息和血清型分布 | 第269-278页 |
| 表S2 沙门氏菌对不同抗生素敏感性(MIC)结果 | 第278-295页 |
| 表S3 沙门氏菌MLST的7个管家基因对应的型 | 第295-299页 |
| 附录3 金黄色葡萄球菌 | 第299-310页 |
| 表S1 分离的金黄色葡萄球菌信息和血清型分布 | 第299-301页 |
| 表S2 金黄色葡萄球菌对不同抗生素的敏感性 | 第301-308页 |
| 表S3 金黄色葡萄球菌MLST的7个管家基因对应的型 | 第308-310页 |
| 附录4 对答辩委员意见的答复 | 第310-314页 |
