| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-24页 |
| 1 引言 | 第12页 |
| 2 锰矿地区重金属污染问题 | 第12-15页 |
| 2.1 我国锰矿地区重金属污染现状 | 第12-13页 |
| 2.2 重金属污染的危害 | 第13-14页 |
| 2.3 重金属污染的微生物修复 | 第14-15页 |
| 3 微生物的多样性与分类鉴定 | 第15-19页 |
| 3.1 微生物的多样性 | 第15页 |
| 3.2 微生物的多相分类学 | 第15-19页 |
| 3.2.1 基因型特征指标 | 第16-17页 |
| 3.2.2 表型特征指标 | 第17页 |
| 3.2.3 化学分类学特征指标 | 第17-19页 |
| 4 Pseudaminobacter属的简介 | 第19页 |
| 5 微生物基因组学 | 第19-23页 |
| 5.1 微生物基因组学概况 | 第19-21页 |
| 5.2 微生物基因组的注释 | 第21-22页 |
| 5.3 基因组学与微生物分类 | 第22-23页 |
| 6 研究目的、意义与技术路线 | 第23-24页 |
| 第二章 材料与方法 | 第24-40页 |
| 1 锰矿假氨基杆菌JH-7~T的多相分类学鉴定 | 第24-38页 |
| 1.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 1.1.1 样品采集 | 第24页 |
| 1.1.2 培养基 | 第24页 |
| 1.1.3 实验菌株 | 第24-25页 |
| 1.2 实验方法 | 第25-38页 |
| 1.2.1 土样理化性质的测定 | 第25页 |
| 1.2.2 重金属抗性菌株JH-7~T菌株筛选 | 第25-26页 |
| 1.2.3 菌株JH-7~T基因型特征 | 第26-28页 |
| 1.2.4 菌株JH-7~T形态学和生长特征 | 第28-29页 |
| 1.2.5 菌株JH-7~T生理生化特性 | 第29-36页 |
| 1.2.6 菌株JH-7~T化学分类学特征 | 第36-38页 |
| 2. 锰矿假氨基杆菌JH-7~T基因组分析 | 第38-40页 |
| 2.1 实验方法 | 第38-40页 |
| 2.1.1 基因组测序 | 第38-39页 |
| 2.1.2 基因组注释分析和比较 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与分析 | 第40-65页 |
| 1 锰矿假氨基杆菌JH-7~T的多相分类学鉴定 | 第40-54页 |
| 1.1 锰矿淤泥中抗重金属型菌株筛选 | 第40-42页 |
| 1.1.1 淤泥样品的理化性质 | 第40页 |
| 1.1.2 细菌的分离与筛选 | 第40-41页 |
| 1.1.3 菌株JH-7~T重金属抗性及其去除效率 | 第41-42页 |
| 1.2 菌株JH-7~T基因型特征 | 第42-46页 |
| 1.2.1 16S rRNA基因序列比对结果 | 第42-43页 |
| 1.2.2 系统发育进化分析结果 | 第43-45页 |
| 1.2.3 基因组DNA G+C含量的测定 | 第45页 |
| 1.2.4 DNA-DNA杂交结果 | 第45-46页 |
| 1.3 菌株JH-7~T表型特征 | 第46-50页 |
| 1.3.1 形态学特征 | 第46-48页 |
| 1.3.2 生长特性 | 第48页 |
| 1.3.3 生理生化特性 | 第48-50页 |
| 1.4 化学分类学特征 | 第50-54页 |
| 1.4.1 极性脂分析 | 第50-51页 |
| 1.4.2 呼吸醌类型分析 | 第51页 |
| 1.4.3 多胺组成分析 | 第51-52页 |
| 1.4.4 全细胞脂肪酸分析 | 第52-54页 |
| 2 锰矿假氨基杆菌JH-7~T基因组分析 | 第54-65页 |
| 2.1 基因组测序信息 | 第54页 |
| 2.2 基因组注释和分析 | 第54-61页 |
| 2.2.1 基因组特征 | 第54-55页 |
| 2.2.2 COG基因功能分类 | 第55-56页 |
| 2.2.3 代谢路径分析 | 第56-61页 |
| 2.3 比较基因组学分析 | 第61-65页 |
| 2.3.1 菌株JH-7~T与KCT001基因组基本特征比较 | 第62页 |
| 2.3.2 核心蛋白分析 | 第62页 |
| 2.3.3 比较基因组圆圈图分析 | 第62-63页 |
| 2.3.4 基因组中糖基水解酶编码基因预测 | 第63-65页 |
| 第四章 讨论 | 第65-69页 |
| 1. 锰矿假氨基杆菌JH-7~T的多相分类学鉴定 | 第65-67页 |
| 2. 菌株JH-7~T基因组的分析 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 附录 | 第75-77页 |
| 致谢 | 第77页 |