| 中文摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第15-31页 |
| 1.1 前言 | 第15-17页 |
| 1.2 转录因子NF-κB的研究概述 | 第17-21页 |
| 1.2.1 NF-κB的简介 | 第17-18页 |
| 1.2.2 NF-κB的激活 | 第18-21页 |
| 1.3 转录因子NF-κB DNA结合位点及靶基因研究现状 | 第21-26页 |
| 1.3.1 转录因子DNA结合谱的体内研究方法 | 第22-25页 |
| 1.3.2 转录因子DNA结合谱的体外研究方法 | 第25-26页 |
| 1.3.3 转录因子NF-κB的靶基因 | 第26页 |
| 1.4 转录因子调控网络研究现状 | 第26-28页 |
| 1.4.1 转录因子的转录调控网络 | 第26-27页 |
| 1.4.2 NF-κB转录调控网络 | 第27-28页 |
| 1.5 本论文的选题依据与主要研究内容 | 第28-31页 |
| 第二章 ChIP-seq数据分析策略 | 第31-39页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2 ChIP-seq实验流程 | 第31-33页 |
| 2.3 ChIP-seq数据分析 | 第33-38页 |
| 2.3.1 测序深度 | 第33页 |
| 2.3.2 基因组定位 | 第33-35页 |
| 2.3.3 识别结合位点(峰) | 第35-37页 |
| 2.3.4 常用的结合位点识别算法及其特点分析 | 第37页 |
| 2.3.5 ChIP-seq数据的可视化及注释 | 第37页 |
| 2.3.6 确定"峰"与对应的调控基因 | 第37-38页 |
| 2.3.7 ChIP-seq数据的后续分析 | 第38页 |
| 2.4 展望与挑战 | 第38-39页 |
| 第三章 鉴定TNF-α诱导HeLa细胞中NF-κB的直接靶基因及全基因组结合特征分析 | 第39-81页 |
| 3.1 引言 | 第39-41页 |
| 3.2 材料和方法 | 第41-46页 |
| 3.2.1 整体基因表达图谱和数据分析 | 第41-42页 |
| 3.2.2 ChIP-Seq实验和数据分析 | 第42-44页 |
| 3.2.3 ChIP DNA和cDNA的实时定量PCR检测 | 第44-46页 |
| 3.3 结果 | 第46-74页 |
| 3.3.1 鉴定HeLa细胞中受TNF-α调控但受p65 siRNA对抗的基因 | 第46页 |
| 3.3.2 鉴定TNF-α刺激HeLa细胞中NF-κB RELA结合的基因 | 第46-48页 |
| 3.3.3 鉴定TNF-α刺激HeLa细胞中NF-κB的直接靶基因 | 第48-55页 |
| 3.3.4 几个典型基因的ChIP-seq Peak及这些Peak中κB位点 | 第55-58页 |
| 3.3.5 实时PCR验证ChIP-seq和DNA微阵列结果 | 第58-59页 |
| 3.3.6 ChIP-seq reads数据和Peak calling | 第59-60页 |
| 3.3.7 Peak在染色体上的分布 | 第60-62页 |
| 3.3.8 全基因组中Peak同注释基因的关系 | 第62-65页 |
| 3.3.9 TNF-α刺激HeLa细胞中NF-κB RELA调控的基因表达 | 第65-67页 |
| 3.3.10 DTG在染色体上的分布及同Peak密度的关系 | 第67-68页 |
| 3.3.11 NF-κB p65的DTG占据的ChIP-seq Peak中出现的κB模体 | 第68-71页 |
| 3.3.12 κB位点同Peak高度和基因表达的相互关系 | 第71-72页 |
| 3.3.13 NF-κB p65 ChIP结合Peak同TSS和染色体上的κB位点的相互关系 | 第72-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-78页 |
| 3.5 本章小结 | 第78-81页 |
| 第四章 建立NF-κB靶基因数据库 | 第81-95页 |
| 4.1 引言 | 第81页 |
| 4.2 数据库平台的选择 | 第81-83页 |
| 4.2.1 Linux操作系统 | 第81-82页 |
| 4.2.2 Web服务器 | 第82页 |
| 4.2.3 数据库软件 | 第82-83页 |
| 4.2.4 PHP脚本语言 | 第83页 |
| 4.2.5 服务器硬件 | 第83页 |
| 4.3 数据库设计 | 第83-84页 |
| 4.3.1 现有数据库存在的问题 | 第83-84页 |
| 4.3.2 NF-κB靶基因数据库具体需求分析 | 第84页 |
| 4.4 组建NF-κB靶基因数据库 | 第84-94页 |
| 4.4.1 数据库数据收集、整理 | 第84-85页 |
| 4.4.2 组建数据库 | 第85-93页 |
| 4.4.3 数据库现有的功能及特点 | 第93-94页 |
| 4.5 本章小结 | 第94-95页 |
| 第五章 NF-κB靶基因功能分析 | 第95-121页 |
| 5.1 引言 | 第95页 |
| 5.2 材料和方法 | 第95-96页 |
| 5.2.1 NF-κB靶基因的获得 | 第95页 |
| 5.2.2 NF-κB靶基因的功能分析 | 第95页 |
| 5.2.3 组建基因调控网络 | 第95-96页 |
| 5.3 结果 | 第96-118页 |
| 5.3.1 NF-κ是多种重要通路的中心调节子 | 第96-98页 |
| 5.3.2 NF-κB是应激反应的中心调节子 | 第98-99页 |
| 5.3.3 NF-κB是机体免疫反应的中心调节子 | 第99-100页 |
| 5.3.4 NF-κB是细胞代谢过程的中心调节子 | 第100-101页 |
| 5.3.5 NF-κB参入骨病、免疫性疾病、心血管疾病、神经病和癌症等疾病的发生过程 | 第101-104页 |
| 5.3.6 NF-κB在机体的转录调控网络中起重要作用 | 第104-105页 |
| 5.3.7 参入NF-κB信号通路的MicroRNAs功能分析 | 第105-115页 |
| 5.3.8 NF-κB靶基因在人HeLa细胞和THP-1细胞中调控网络及功能分析 | 第115-118页 |
| 5.4 讨论 | 第118-119页 |
| 5.5 本章小结 | 第119-121页 |
| 第六章 总结与展望 | 第121-125页 |
| 6.1 总结 | 第121-122页 |
| 6.2 展望 | 第122-125页 |
| 参考文献 | 第125-148页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文 | 第148-149页 |
| 致谢 | 第149页 |
