| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 综述 | 第16-44页 |
| 1.1 国内外研究现状综述 | 第16-24页 |
| 1.1.1 高等植物籽粒发育调控 | 第16-17页 |
| 1.1.2 影响高等植物籽粒发育主要因素 | 第17-19页 |
| 1.1.3 植物激素(plant hormone)参与籽粒形态调控 | 第19-22页 |
| 1.1.4 编码 G 蛋白(GTP-binding protein)α亚基基因突变改变籽粒的大小 | 第22页 |
| 1.1.5 植物发育和代谢中的信号转导途径参与籽粒形态调控 | 第22-24页 |
| 1.2 作物产量构成要素研究 | 第24-31页 |
| 1.2.1 作物产量构成和研究的意义 | 第24-28页 |
| 1.2.2 小麦籽粒发育研究进展 | 第28-31页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第31-32页 |
| 1.3.1 短片段标签测序 | 第31-32页 |
| 1.3.2 长片段转录组测序 | 第32页 |
| 1.4 转录组拼接 | 第32-40页 |
| 1.4.1 拼接前应注意的问题 | 第33-35页 |
| 1.4.2 拼接策略选择 | 第35-39页 |
| 1.4.3 如何选择软件 | 第39页 |
| 1.4.4 拼接质量评估 | 第39-40页 |
| 1.4.5 未来发展趋势 | 第40页 |
| 1.5 实验设计 | 第40-44页 |
| 1.5.1 实验目的和意义 | 第40页 |
| 1.5.2 本研究的主要内容 | 第40-42页 |
| 1.5.3 研究方法及技术路线 | 第42-44页 |
| 第二章 小麦籽粒形态建成期形态学与细胞学研究 | 第44-55页 |
| 2.1 引言 | 第44页 |
| 2.2 材料与方法 | 第44-46页 |
| 2.2.1 小麦材料 | 第44页 |
| 2.2.2 形态学观察与统计 | 第44-45页 |
| 2.2.3 细胞学观察 | 第45-46页 |
| 2.3 结果 | 第46-51页 |
| 2.3.0 研究材料 | 第46-48页 |
| 2.3.1 籽粒形态变化 | 第48-50页 |
| 2.3.2 细胞学变化 | 第50-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-54页 |
| 2.5 结论 | 第54-55页 |
| 第三章 小麦转录组拼接方案选择及优化 | 第55-158页 |
| 3.1 引言 | 第55-57页 |
| 3.2 材料与方法 | 第57-65页 |
| 3.2.1 小麦材料 | 第57页 |
| 3.2.2 总 RNA 提取 | 第57-60页 |
| 3.2.3 测序文库构建 | 第60页 |
| 3.2.4 上机测序 | 第60-61页 |
| 3.2.5 数据质量控制 | 第61页 |
| 3.2.6 拼接 | 第61-62页 |
| 3.2.7 拼接质量评估 | 第62-64页 |
| 3.2.8 不同数据量拼接方案 | 第64页 |
| 3.2.9 与小麦 cDNA 混合拼接 | 第64-65页 |
| 3.2.10 与小麦基因组序列混合拼接 | 第65页 |
| 3.2.11 转录组拼接及注释 | 第65页 |
| 3.2.12 统计分析 | 第65页 |
| 3.3 结果 | 第65-153页 |
| 3.3.1 RNA 质量检测及定量 | 第65-67页 |
| 3.3.2 测序数据及质量评估 | 第67-69页 |
| 3.3.3 分析流程 | 第69-70页 |
| 3.3.4 Q30 质量过滤对拼接结果的影响 | 第70-77页 |
| 3.3.5 SK 拼接结果 | 第77-120页 |
| 3.3.6 SK 与 MK 拼接结果比较 | 第120-146页 |
| 3.3.7 不同数据量拼接方案比较 | 第146-149页 |
| 3.3.8 与小麦 cDNA 混合拼接 | 第149-151页 |
| 3.3.9 与近缘种基因组混合拼接 | 第151-153页 |
| 3.3.10 转录组拼接结果 | 第153页 |
| 3.4 讨论 | 第153-157页 |
| 3.4.1 Q30 质量控制必要性 | 第153-154页 |
| 3.4.2 软件选择 | 第154-155页 |
| 3.4.3 数据量决定拼接方案 | 第155页 |
| 3.4.4 如何进一步提高拼接质量 | 第155-156页 |
| 3.4.5 关于评估指标 | 第156-157页 |
| 3.5 结论 | 第157-158页 |
| 第四章 小麦籽粒形态建成期基因表达谱分析 | 第158-225页 |
| 4.1 前言 | 第158页 |
| 4.2 材料与方法 | 第158-163页 |
| 4.2.1 总 RNA 提取 | 第158页 |
| 4.2.2 转录组拼接 | 第158-160页 |
| 4.2.3 转录组质量评估 | 第160页 |
| 4.2.4 转录组功能注释 | 第160-161页 |
| 4.2.5 转录组序列染色体定位 | 第161-162页 |
| 4.2.6 三个不同时期转录组分析 | 第162页 |
| 4.2.7 样本间差异表达基因分析 | 第162页 |
| 4.2.8 表达模式聚类分析 | 第162页 |
| 4.2.9 基因功能 GO、KEGG 富集 | 第162页 |
| 4.2.10 QRT-PCR 验证分析 | 第162-163页 |
| 4.3 结果 | 第163-214页 |
| 4.3.1 RNA 检测测序质量控制 | 第163页 |
| 4.3.2 转录组拼接结果 | 第163-165页 |
| 4.3.3 转录组质量评估 | 第165-168页 |
| 4.3.4 转录本染色体定位 | 第168-170页 |
| 4.3.5 转录组注释 | 第170-171页 |
| 4.3.6 转录组分析 | 第171-191页 |
| 4.3.7 不同时期基因差异表达分析 | 第191-206页 |
| 4.3.8 三个时期差异表达基因结果分析 | 第206-211页 |
| 4.3.9 QRT-PCR 验证 | 第211-212页 |
| 4.3.10 重要功能基因分析 | 第212-214页 |
| 4.4 讨论 | 第214-223页 |
| 4.4.1 拼接策略评价 | 第214页 |
| 4.4.2 不同表达模式与功能的关系 | 第214-223页 |
| 4.5 结论 | 第223-225页 |
| 第五章 小麦籽粒形态建成期子房壁基因表达分析 | 第225-261页 |
| 5.1 前言 | 第225-226页 |
| 5.2 材料与方法 | 第226-227页 |
| 5.2.1 三个时期转录组分析 | 第226页 |
| 5.2.2 差异表达基因分析 | 第226-227页 |
| 5.2.3 表达模式聚类分析 | 第227页 |
| 5.2.4 基因功能 GO 富集 | 第227页 |
| 5.2.5 差异表达基因代谢途径 KEGG 富集分析 | 第227页 |
| 5.3 结果 | 第227-259页 |
| 5.3.1 PDAP4 转录组分析 | 第227-231页 |
| 5.3.2 PDAP8 转录组 | 第231-235页 |
| 5.3.3 PDAP12 转录组 | 第235-239页 |
| 5.3.4 三个时期转录组比较 | 第239页 |
| 5.3.5 子房壁不同时期基因差异表达分析 | 第239-252页 |
| 5.3.6 差异基因表达模式聚类 | 第252-253页 |
| 5.3.7 差异基因表达模式分类 | 第253-258页 |
| 5.3.8 重要功能基因分析 | 第258-259页 |
| 5.4 结论 | 第259-261页 |
| 第六章 结论 | 第261-263页 |
| 6.1 结论 | 第261页 |
| 6.2 本研究的创新点 | 第261-262页 |
| 6.3 研究展望 | 第262-263页 |
| 参考文献 | 第263-277页 |
| 附录一 | 第277-283页 |
| 附录二 | 第283-286页 |
| 缩略词表 | 第286-292页 |
| 致谢 | 第292-294页 |
| 作者简介 | 第294页 |
