| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-29页 |
| 1 紫菜的生物学特性 | 第14-18页 |
| ·名称及分类地位 | 第14页 |
| ·形态结构及生活史 | 第14-16页 |
| ·应用价值和研究价值 | 第16-17页 |
| ·紫菜的压力耐受性 | 第17-18页 |
| 2 紫菜功能基因组研究进展 | 第18-23页 |
| ·紫菜中的表达序列标签研究 | 第19-21页 |
| ·cDNA 差减文库在紫菜研究中的应用 | 第21页 |
| ·cDNA 微/宏阵列技术在紫菜研究中的应用 | 第21-22页 |
| ·第二代测序技术及其在紫菜功能基因组研究中的应用 | 第22-23页 |
| 3 基因组中的重复序列及其应用 | 第23-28页 |
| ·真核生物基因组中的重复序列 | 第23-24页 |
| ·微卫星技术简介 | 第24-26页 |
| ·微卫星标记在紫菜研究中的应用 | 第26-28页 |
| 4 本研究目的及意义 | 第28-29页 |
| 第二章 条斑紫菜转录组特性分析 | 第29-52页 |
| 1 材料 | 第29-30页 |
| ·样品来源 | 第29-30页 |
| ·主要试剂及配置方法 | 第30页 |
| 2 方法 | 第30-33页 |
| ·RNA 提取及质量检测 | 第30-31页 |
| ·文库构建及测序 | 第31-32页 |
| ·测序基础数据组装 | 第32页 |
| ·转录组测序数据与数据库中条斑紫菜EST 比较分析 | 第32页 |
| ·测序数据注释 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-46页 |
| ·实验样品RNA 制备质量检测 | 第33-34页 |
| ·测序结果及组装 | 第34-35页 |
| ·转录组测序数据与数据库中条斑紫菜EST 的比较分析 | 第35-36页 |
| ·数据库比对 | 第36-46页 |
| 4 讨论 | 第46-52页 |
| ·测序数据的潜力 | 第46-47页 |
| ·碳的固定——C3/C4 途径 | 第47-48页 |
| ·条斑紫菜中的紫外线防御 | 第48-49页 |
| ·抗氧化系统 | 第49页 |
| ·其他抗逆相关基因 | 第49-52页 |
| 第三章 条斑紫菜小 RNA 组成与miRNA 新类型发现 | 第52-64页 |
| 1 材料 | 第52-53页 |
| ·样品处理 | 第52-53页 |
| ·实验所用到的数据库 | 第53页 |
| 2 方法 | 第53-56页 |
| ·小RNA 文库构建及测序 | 第53页 |
| ·小RNA 注释及miRNA 预测 | 第53-56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-62页 |
| ·实验样品RNA 制备质量检测 | 第56-57页 |
| ·原始数据的处理及小RNA 的注释 | 第57-62页 |
| 4 讨论 | 第62-64页 |
| 第四章 条斑紫菜基因组重复序列特征 | 第64-91页 |
| 1 数据来源 | 第64页 |
| ·Fosmid 文库末端序列 | 第64页 |
| ·转录组测序数据 | 第64页 |
| ·NCBI 数据库中的表达序列标签 | 第64页 |
| 2 方法 | 第64-67页 |
| ·Fosmid 文库末端测序 | 第64-65页 |
| ·重复序列筛查 | 第65-67页 |
| 3 结果与分析 | 第67-85页 |
| ·Fosmid 末端测序结果统计 | 第67-68页 |
| ·重复序列的筛查 | 第68-85页 |
| 4 讨论 | 第85-91页 |
| ·条斑紫菜小卫星序列分布特征 | 第85-86页 |
| ·条斑紫菜微卫星序列分布特征 | 第86-88页 |
| ·条斑紫菜中转座元件分布特征 | 第88-89页 |
| ·重复序列与基因组大小 | 第89-91页 |
| 第五章 条斑紫菜基因组微卫星标记的开发及应用 | 第91-114页 |
| 1 材料 | 第91-95页 |
| ·样品来源 | 第91-92页 |
| ·质粒和菌株 | 第92页 |
| ·引物及接头序列 | 第92页 |
| ·主要试剂及配置方法 | 第92-95页 |
| 2 方法 | 第95-104页 |
| ·基因组DNA 的制备及质量检测 | 第96-97页 |
| ·DNA 片段的分离和扩增 | 第97-99页 |
| ·含有微卫星DNA 片段的富集 | 第99-103页 |
| ·微卫星引物设计、扩增及反应条件的优化 | 第103-104页 |
| ·微卫星位点评价及不同地域孢子体遗传多样性分析 | 第104页 |
| 3 结果 | 第104-112页 |
| ·样品DNA 制备质量检测 | 第104-105页 |
| ·DNA 片段的分离及扩增 | 第105-106页 |
| ·微卫星DNA 的杂交富集 | 第106-108页 |
| ·阳性克隆的测序分析及引物设计 | 第108-110页 |
| ·条斑紫菜微卫星位点的主要遗传学参数的估算 | 第110-111页 |
| ·不同地域条斑紫菜遗传多样性及等位基因分析 | 第111-112页 |
| 4 讨论 | 第112-114页 |
| 第六章 坛紫菜微卫星标记的开发及应用 | 第114-135页 |
| 第一节 表达序列标签中微卫星标记的开发与实用性检测 | 第114-122页 |
| 1 材料 | 第114-115页 |
| ·表达序列标签和样本的来源 | 第114页 |
| ·主要试剂及配置方法 | 第114-115页 |
| 2 方法 | 第115-117页 |
| ·表达序列标签的下载及组装 | 第115页 |
| ·微卫星序列的筛查 | 第115页 |
| ·EST-SSR 实用性检测 | 第115-117页 |
| 3 结果 | 第117-120页 |
| ·表达序列标签的下载及组装 | 第117页 |
| ·微卫星序列的分布特征 | 第117-119页 |
| ·微卫星标记实用性检测 | 第119-120页 |
| 4 讨论 | 第120-122页 |
| ·坛紫菜与条斑紫菜的EST-SSR 比较 | 第120页 |
| ·坛紫菜EST-SSR 标记的实用性 | 第120-122页 |
| 第二节 富集文库法筛选微卫星标记及应用 | 第122-135页 |
| 1 材料 | 第122-123页 |
| ·样品来源 | 第122页 |
| ·质粒和菌株 | 第122页 |
| ·引物及接头序列 | 第122-123页 |
| ·主要试剂及配置方法 | 第123页 |
| 2 方法 | 第123-125页 |
| ·微卫星标记的筛选 | 第123-125页 |
| ·微卫星标记的检测及应用 | 第125页 |
| 3 结果 | 第125-132页 |
| ·基因组DNA 制备质量检测 | 第125页 |
| ·DNA 片段的分离和扩增 | 第125-127页 |
| ·微卫星DNA 的杂交富集 | 第127-130页 |
| ·阳性克隆的测序及序列分析 | 第130页 |
| ·微卫星引物设计及条件优化 | 第130-131页 |
| ·微卫星标记的检测与应用 | 第131-132页 |
| 4 讨论 | 第132-135页 |
| 第七章 结论及后续工作 | 第135-136页 |
| 1 结论 | 第135页 |
| 2 后续工作 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-145页 |
| 论文发表情况 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146页 |
