启动子预测算法研究与软件开发
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-12页 |
| 1.1 启动子简介 | 第9-10页 |
| 1.2 启动子预测研究背景 | 第10-11页 |
| 1.3 论文内容提要 | 第11-12页 |
| 第二章 材料和方法 | 第12-27页 |
| 2.1 数据集构建 | 第12-13页 |
| 2.1.1 大肠杆菌σ~(70)启动子数据集构建 | 第12-13页 |
| 2.1.2 枯草杆菌σ~(43)启动子数据集构建 | 第13页 |
| 2.2 特征提取 | 第13-19页 |
| 2.2.1 多窗口Z曲线 | 第13-15页 |
| 2.2.2 伪核苷酸组分 | 第15-16页 |
| 2.2.3 DNA结构属性特征 | 第16-19页 |
| 2.2.4 特征提取方法的公式化表示 | 第19页 |
| 2.3 特征筛选 | 第19-22页 |
| 2.3.1 F-score | 第20-21页 |
| 2.3.2 mRMR | 第21-22页 |
| 2.4 分类算法 | 第22-25页 |
| 2.4.1 支持向量机简介 | 第22-23页 |
| 2.4.2 LIBSVM软件包的使用 | 第23-24页 |
| 2.4.3 其他分类算法 | 第24-25页 |
| 2.5 分类性能评估 | 第25-27页 |
| 2.5.1 评估指标 | 第25页 |
| 2.5.2 受试者工作特征曲线ROC | 第25-27页 |
| 第三章 结果和讨论 | 第27-40页 |
| 3.1 大肠杆菌σ~(70)启动子预测结果与分析 | 第27-35页 |
| 3.1.1 参数筛选结果 | 第27-28页 |
| 3.1.2 F-score优化特征与性能指标评估 | 第28-30页 |
| 3.1.3 特征分析 | 第30-31页 |
| 3.1.4 与其他方法比较 | 第31-32页 |
| 3.1.5 在线服务工具 | 第32-35页 |
| 3.2 枯草杆菌σ~(43)启动子预测分析 | 第35-40页 |
| 3.2.1 参数筛选和特征优化 | 第35-37页 |
| 3.2.2 ROC曲线和特征分析 | 第37-38页 |
| 3.2.3 与其他方法比较和讨论 | 第38-40页 |
| 第四章 Pro54DB数据库的完善 | 第40-46页 |
| 4.1 Pro54DB简介 | 第40-41页 |
| 4.2 数据库数据收集和组织 | 第41-42页 |
| 4.3 数据展示 | 第42-43页 |
| 4.4 数据库功能的完善与总结 | 第43-46页 |
| 第五章 总结和展望 | 第46-48页 |
| 5.1 工作总结 | 第46-47页 |
| 5.2 工作展望 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-52页 |
| 攻读硕士期间研究成果 | 第52-53页 |
