| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 模拟基本算法简介 | 第10-29页 |
| 1.1 经典力学方法的原理 | 第10-12页 |
| 1.2 分子动力学模拟相关算法简介 | 第12-18页 |
| 1.2.1 能量最小化 | 第12页 |
| 1.2.2 周期性边界条件 | 第12-13页 |
| 1.2.3 截断值与最小映像模型介绍 | 第13-14页 |
| 1.2.4 约束条件动力学 | 第14页 |
| 1.2.5 系综及模拟条件 | 第14-16页 |
| 1.2.6 Particle Mesh Ewald算法 | 第16-18页 |
| 1.3 经典分子力学方法的不足 | 第18-19页 |
| 1.4 量子力学算法概述 | 第19-24页 |
| 1.4.1 从头计算法 | 第19-23页 |
| 1.4.2 半经验分子轨道方法 | 第23-24页 |
| 1.5 QM/MM方法的实现 | 第24-26页 |
| 1.5.1 ONIOM方法 | 第24-25页 |
| 1.5.2 QM/MM体系的建立 | 第25-26页 |
| 1.6 电多极矩和静电势的计算 | 第26-27页 |
| 1.7 箱线图分析 | 第27-29页 |
| 2 模型的构建与模拟过程 | 第29-32页 |
| 2.1 蛋白质结构 | 第29-30页 |
| 2.2 模拟过程及其参数 | 第30-32页 |
| 3 结果分析 | 第32-38页 |
| 3.1 口袋氨基酸Saa值箱线图 | 第32-33页 |
| 3.2 识别氨基酸分析 | 第33-34页 |
| 3.3 结合氨基酸分析 | 第34-35页 |
| 3.4 Tot_(Dif)值变化曲线 | 第35页 |
| 3.5 Re f_(Dif)值柱形图 | 第35-38页 |
| 4 结果讨论 | 第38-41页 |
| 结论 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-45页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |