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一株噬藻体的全基因组测序及CO2浓度和温度同步升高对集胞藻6803紫外损伤修复基因转录的影响

摘要第4-5页
Abstract第5页
第1章 文献综述及研究意义第10-19页
    1.1 全球温室效应对蓝藻的影响第10-12页
        1.1.1 温室效应第10页
        1.1.2 CO_2浓度升高对浮游藻类的影响第10-11页
        1.1.3 温度升高对浮游藻类的影响第11页
        1.1.4 温度和CO_2浓度同步升高对浮游藻类生理的影响第11-12页
    1.2 集胞藻6803的DNA损伤与修复第12-14页
        1.2.1 DNA损伤修复基因及其生物学功能第12-14页
        1.2.2 紫外DNA损伤修复基因的生态学意义第14页
    1.3 集胞藻6803的基因表达相关研究现状第14-15页
    1.4 噬藻体第15-17页
        1.4.1 噬藻体的生长影响因素第15-16页
        1.4.2 紫外线对病毒的影响第16页
        1.4.3 藻细胞宿主介导噬藻体的光修复第16-17页
    1.5 实验研究的内容与方法第17页
        1.5.1 研究内容第17页
        1.5.2 研究方法第17页
    1.6 实验的研究意义第17-19页
第2章 海洋聚球藻噬藻体S-ESS1全基因组测序第19-29页
    2.1 引言第19页
    2.2 实验材料第19页
    2.3 主要仪器第19-20页
    2.4 实验方法第20-21页
        2.4.1 噬藻体分离纯化第20页
        2.4.2 电子显微镜观察噬藻体第20页
        2.4.3 DNA提取,基因组测序和ORF注释第20页
        2.4.4 基因TerL的亲缘关系树的建立第20-21页
    2.5 实验结果与分析第21-27页
        2.5.1 基因内容和ORF(开放阅读框)含量第21-26页
        2.5.2 基因组的结构第26页
        2.5.3 TerL进化树第26-27页
    2.6 讨论第27-29页
第3章 pCO_2和温度同步升高对集胞藻6803生长的影响第29-35页
    3.1 引言第29页
    3.2 实验装置与材料第29-31页
        3.2.1 实验装置第29页
        3.2.2 实验材料第29-31页
    3.3 实验条件第31页
    3.4 实验方法第31-32页
        3.4.1 集胞藻6803的藻细胞生长计数第31页
        3.4.2 集胞藻6803的PSII光化学效率Fv/Fm第31-32页
    3.5 实验结果与分析第32-34页
        3.5.1 集胞藻6803的生长量第32页
        3.5.2 实验条件下集胞藻6803的生长曲线第32-33页
        3.5.3 各实验条件下藻液pH值的检测第33-34页
        3.5.4 实验条件下集胞藻6803的光合活性第34页
    3.6 讨论第34-35页
第4章 集胞藻6803转录组差异分析第35-40页
    4.1 引言第35页
    4.2 实验材料和方法第35-36页
        4.2.1 RNA定量和鉴定第35页
        4.2.2 针对特异性转录组测序的文库制备第35-36页
        4.2.3 聚类和测序第36页
    4.3 实验技术路线第36-37页
    4.4 实验分析方法第37页
        4.4.1 读取参考基因组的映射第37页
        4.4.2 基因表达水平的定量第37页
        4.4.3 差异表达分析第37页
    4.5 结果与结论第37-39页
        4.5.1 实验条件组的差异基因表达第37-38页
        4.5.2 mRNA全转录组的表达第38-39页
    4.6 小结第39-40页
第5章 集胞藻6803的phrA、uvrA、lexA和recA基因引物设计与验证第40-48页
    5.1 引言第40页
    5.2 实验材料和方法第40-41页
        5.2.1 菌株及其生长环境第40页
        5.2.2 主要实验试剂第40-41页
        5.2.3 主要实验耗材第41页
        5.2.4 主要仪器第41页
    5.3 实验技术路线第41页
    5.4 实验方法第41-44页
        5.4.1 集胞藻6803总DNA的提取第41-42页
        5.4.2 引物的设计第42-43页
        5.4.3 PCR扩增第43-44页
        5.4.4 PCR产物测序第44页
    5.5 结果与分析第44-47页
        5.5.1 集胞藻6803提取的核酸结果第44页
        5.5.2 引物PCR扩增结果第44-45页
        5.5.3 PCR产物序列分析第45-47页
    5.6 讨论第47-48页
第6章 RT-qPCR检测藻细胞DNA紫外损伤修复基因的表达第48-59页
    6.1 引言第48页
    6.2 实验材料和方法第48-49页
        6.2.1 试剂及仪器第48-49页
    6.3 实验技术路线第49-50页
    6.4 实验方法第50-52页
        6.4.1 确定内参基因与目标基因的定量PCR引物第50页
        6.4.2 集胞藻6803的总RNA提取第50-51页
        6.4.3 逆转录合成cDNA第51页
        6.4.4 荧光PCR反应体系第51-52页
        6.4.5 实验数据的处理第52页
    6.5 实验结果与分析第52-59页
        6.5.1 RNA提取结果第52-53页
        6.5.2 实时定量PCR反应第53-54页
        6.5.3 RT-qPCR检测目标基因的表达量结果第54-59页
结论第59-61页
总结第61-62页
参考文献第62-70页
致谢第70-71页
附录一第71页

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