| 中文摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 中文文摘 | 第5-9页 |
| 绪论 | 第9-15页 |
| 0.1 蛋白质折叠病及其研究现状 | 第9-11页 |
| 0.2 构象态结构动力学研究 | 第11-12页 |
| 0.3 静电频率转换图 | 第12-15页 |
| 第一章 分子动力学模拟与量化计算简介 | 第15-26页 |
| 1.1 分子动力学模拟 | 第15-22页 |
| 1.1.1 分子力学力场简介 | 第15-17页 |
| 1.1.2 MD模拟步骤 | 第17-20页 |
| 1.1.3 周期性边界条件 | 第20-21页 |
| 1.1.4 MD模拟系综 | 第21页 |
| 1.1.5 径向分布函数 | 第21-22页 |
| 1.2 量化计算方法简介 | 第22-26页 |
| 1.2.1 分子结构优化 | 第23-24页 |
| 1.2.2 振动频率分析 | 第24页 |
| 1.2.3 势能分布分析 | 第24-26页 |
| 第二章 模型二肽分子在重水溶剂中构象研究 | 第26-43页 |
| 2.1 计算方法 | 第26-27页 |
| 2.2 甘氨酸二肽、丙氨酸二肽、缬氨酸二肽分子在重水溶剂中分子动力学模拟 | 第27-32页 |
| 2.2.1 模型二肽分子动力学模拟及构象布居分析 | 第27-30页 |
| 2.2.2 径向分布函数与配位数分析 | 第30-32页 |
| 2.3 β-叠氮基丙氨酸二肽在重水溶剂中分子动力学模拟 | 第32-35页 |
| 2.3.1 β-叠氮基丙氨酸二肽分子动力学模拟及构象布居分析 | 第33-34页 |
| 2.3.2 径向分布函数与配位数分析 | 第34-35页 |
| 2.4 不同侧链二肽分子动力学构象分布和光谱分析 | 第35-40页 |
| 2.4.1 不同侧链分子动力学构象分布分析 | 第35-36页 |
| 2.4.2 不同侧链二肽分子酰胺单元和侧链光谱分析 | 第36-40页 |
| 2.5 小结 | 第40-43页 |
| 第三章 β-叠氮基丙氨酸二肽叠氮基频率图 | 第43-55页 |
| 3.1 计算方法 | 第43-44页 |
| 3.2 β-叠氮基丙氨酸二肽分子聚集体频率的计算 | 第44-45页 |
| 3.3 电势方法 | 第45-47页 |
| 3.4 电场方法 | 第47-50页 |
| 3.4.1 空间坐标系的建立 | 第48页 |
| 3.4.2 电场的计算 | 第48-49页 |
| 3.4.3 电场参数模拟 | 第49-50页 |
| 3.5 电场梯度方法 | 第50-53页 |
| 3.5.1 电场梯度计算公式 | 第50-51页 |
| 3.5.2 电场梯度参数模拟 | 第51-53页 |
| 3.6 小结 | 第53-55页 |
| 第四章 Aβ_(37-42)多肽分子重水中分子动力学模拟 | 第55-67页 |
| 4.1 Aβ_(37-42)、Aβ_(37-42)-N_3重水中分子动力学模拟 | 第55-58页 |
| 4.2 Aβ_(37-42)、Aβ_(37-42)-N_3重水溶剂中构象布居 | 第58-60页 |
| 4.3 聚类分析 | 第60-61页 |
| 4.4 径向函数分布分析 | 第61-65页 |
| 4.5 小结 | 第65-67页 |
| 第五章 副本交换分子动力学模拟探索 | 第67-75页 |
| 5.1 原理和方法 | 第67-68页 |
| 5.2 溶剂化模型 | 第68-70页 |
| 5.3 副本个数、温度分布、交换概率的确定 | 第70页 |
| 5.4 Aβ_(37-42)与Aβ_(37-42)-N_3分子在GB溶剂模型下副本交换分子动力学模拟初探 | 第70-75页 |
| 5.4.1 副本个数与副本温度的确定 | 第70-72页 |
| 5.4.2 模拟过程 | 第72-75页 |
| 第六章 结论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-91页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第91-93页 |
| 致谢 | 第93-95页 |
| 个人简历 | 第95-99页 |
