| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语对照表 | 第10-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-28页 |
| 1.1 散发性结直肠癌概述 | 第17-19页 |
| 1.1.1 结直肠癌的流行病学 | 第17页 |
| 1.1.2 结直肠癌的发病原因 | 第17-19页 |
| 1.2 全外显子组测序技术的发展 | 第19-21页 |
| 1.3 CRC的表观遗传调控 | 第21-23页 |
| 1.4 BMP5及其家族蛋白与癌症的研究进展 | 第23-25页 |
| 1.4.1 BMPs蛋白及其信号传导 | 第23页 |
| 1.4.2 BMPs家族蛋白与肿瘤的研究 | 第23-25页 |
| 1.4.3 BMP5与肿瘤的研究报道 | 第25页 |
| 1.5 CRC相关分子信号通路的研究 | 第25-28页 |
| 第二章 全外显子组测序筛查确定高可信抑癌基因BMP5 | 第28-57页 |
| 2.1 材料 | 第28-30页 |
| 2.1.1 CRC组织样本的收集 | 第28-29页 |
| 2.1.2 主要试剂与耗材 | 第29页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第29-30页 |
| 2.2 方法 | 第30-37页 |
| 2.2.1 3例sCRC新鲜冰冻组织DNA提取 | 第30-32页 |
| 2.2.2 3例sCRC样本DNA全外显子组捕获及高通量测序 | 第32页 |
| 2.2.3 全外显子组测序结果分析筛选 | 第32-33页 |
| 2.2.4 高可信抑癌基因编码区的深度测序 | 第33-34页 |
| 2.2.5 BMP5在28对样本中的mRNA表达水平分析 | 第34-36页 |
| 2.2.6 免疫组化观察候选基因在sCRC中表达情况 | 第36页 |
| 2.2.7 BMP5低表达调控的初步探索 | 第36-37页 |
| 2.3 结果 | 第37-54页 |
| 2.3.1 3例sCRC新鲜冰冻癌组织DNA提取结果 | 第37页 |
| 2.3.2 3例sCRC样本DNA全外显子组测序结果 | 第37-39页 |
| 2.3.3 全外显子组测序结果分析筛选 | 第39-45页 |
| 2.3.4 高可信抑癌基因BMP5编码区深度测序 | 第45-48页 |
| 2.3.5 BMP5在28例sCRC样本中的mRNA表达 | 第48-49页 |
| 2.3.6 BMP5在sCRC癌组织及正常组织中的免疫组化结果 | 第49-50页 |
| 2.3.7 BMP5低表达的可能调控方式 | 第50-54页 |
| 2.4 讨论 | 第54-57页 |
| 第三章 BMP5对肠癌细胞生物学行为的影响 | 第57-87页 |
| 引言 | 第57页 |
| 3.1 材料 | 第57-61页 |
| 3.1.1 细胞系 | 第57页 |
| 3.1.2 裸鼠 | 第57页 |
| 3.1.3 主要试剂及耗材 | 第57-59页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第59页 |
| 3.1.5 溶液配制 | 第59-61页 |
| 3.2 方法 | 第61-73页 |
| 3.2.1 细胞培养 | 第61-62页 |
| 3.2.2 细胞系RNA的提取 | 第62-63页 |
| 3.2.3 蛋白提取及Western blot确定细胞系中BMP5的表达 | 第63-65页 |
| 3.2.4 BMP5重组表达质粒及shRNA质粒的构建 | 第65-71页 |
| 3.2.5 细胞转染 | 第71页 |
| 3.2.6 CCK8细胞增殖实验 | 第71-72页 |
| 3.2.7 流式细胞术检测细胞凋亡 | 第72页 |
| 3.2.8 Transwell小室测定细胞迁移及侵袭能力 | 第72-73页 |
| 3.2.9 BMP5对裸鼠成瘤的影响 | 第73页 |
| 3.2.10 统计学方法 | 第73页 |
| 3.3 结果 | 第73-86页 |
| 3.3.1 BMP5在各细胞系中的RNA表达水平 | 第73-75页 |
| 3.3.2 BMP5在各细胞系中的蛋白表达水平 | 第75-77页 |
| 3.3.3 野生型BMP5重组质粒的鉴定 | 第77-78页 |
| 3.3.4 突变型(c.A548G)重组质粒的鉴定 | 第78页 |
| 3.3.5 BMP5 shRNA质粒转染效率及抑制效率结果 | 第78-80页 |
| 3.3.6 BMP5抑制CRC细胞的增殖 | 第80-81页 |
| 3.3.7 BMP5对细胞凋亡能力的影响 | 第81-82页 |
| 3.3.8 BMP5对细胞迁移及侵袭能力的影响 | 第82-84页 |
| 3.3.9 BMP5在裸鼠体内抑制HT-29细胞的增殖能力 | 第84-86页 |
| 3.4 讨论 | 第86-87页 |
| 第四章 BMP5影响下游分子及信号通路的研究 | 第87-101页 |
| 4.1 材料及方法 | 第87-90页 |
| 4.1.1 质量控制(Quality Control) | 第88-89页 |
| 4.1.2 Mapping的结果统计 | 第89页 |
| 4.1.3 基因的表达量分析 | 第89页 |
| 4.1.4 差异基因的筛选 | 第89页 |
| 4.1.5 基因的功能分析(Gene Ontology Analysis) | 第89-90页 |
| 4.1.6 信号通路分析(Pathway Analysis) | 第90页 |
| 4.1.7 基因间相互作用关系分析(Gene-Act-Network) | 第90页 |
| 4.1.8 基因共表达网络关系(Co Expression) | 第90页 |
| 4.2 转录组分析结果 | 第90-98页 |
| 4.2.1 质控结果 | 第90-92页 |
| 4.2.2 差异表达基因及基因功能分析结果 | 第92-94页 |
| 4.2.3 信号通路分析结果 | 第94-95页 |
| 4.2.4 差异基因的网络互作关系 | 第95-96页 |
| 4.2.5 共表达网络分析 | 第96-98页 |
| 4.3 讨论 | 第98-101页 |
| 结论 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 | 第113-114页 |
| 作者简介 | 第114页 |
