| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-17页 |
| 1 引言 | 第9页 |
| 2 脂肪的形成机理 | 第9-11页 |
| 3 研究猪胴体脂肪沉积在猪育种中的意义 | 第11页 |
| 4 全基因组关联分析简介 | 第11-12页 |
| ·全基因组关联分析概述 | 第11-12页 |
| ·GWAS 的深度分析策略 | 第12页 |
| 5 高通量基因表达谱（gene expression profile） | 第12-13页 |
| ·数字基因表达谱概述 | 第12-13页 |
| ·高通量数字基因表达谱原理 | 第13页 |
| 6 数量性状转录本（quantitative trait transcript，QTT）定位 | 第13-14页 |
| 7 脂肪沉积性状在 X 染色体上 QTL 定位进展 | 第14-15页 |
| 8 X 染色体上脂肪沉积候选基因 IRS4 的研究进展 | 第15-16页 |
| ·IRS4 基因介绍 | 第15页 |
| ·候选基因 IRS4 的研究进展 | 第15-16页 |
| 9 本研究的目的和意义 | 第16-17页 |
| 第二章 研究正文 | 第17-43页 |
| 第一部分：猪脂肪沉积性状的全基因组关联分析研究 | 第17-28页 |
| 1 前言 | 第17页 |
| 2 实验材料与方法 | 第17-21页 |
| ·实验动物 | 第17-18页 |
| ·样本采集与表型测定 | 第18页 |
| ·DNA 样本制备 | 第18-19页 |
| ·RNA 样品提取 | 第19页 |
| ·全基因组 60K SNP 芯片分型及质控 | 第19-20页 |
| ·GWAS 分析 | 第20页 |
| ·QTT 分析 | 第20-21页 |
| 3 实验结果 | 第21-25页 |
| ·各实验群体表型值简单统计 | 第21页 |
| ·GWAS 分析结果 | 第21-25页 |
| ·腹脂重 GWAS 结果 | 第21页 |
| ·胸部膘厚 GWAS 分析结果 | 第21-22页 |
| ·QTT 分析结果 | 第22-25页 |
| 4 分析与讨论 | 第25-28页 |
| ·位置候选基因的分析 | 第25-26页 |
| ·GWAS 与 QTT 定位结果的比较 | 第26-27页 |
| ·同一性状在不同群体信号异同 | 第27-28页 |
| 第二部分：猪脂肪沉积性状候选基因 IRS4 的相关研究 | 第28-42页 |
| 1 前言 | 第28页 |
| 2 实验材料与方法 | 第28-31页 |
| ·实验动物 | 第28-29页 |
| ·样本采集与表型测定 | 第29页 |
| ·SNPS 的搜寻 | 第29页 |
| ·SNPS 的基因型检测 | 第29-30页 |
| ·关联分析统计方法 | 第30页 |
| ·生物信息学分析 | 第30-31页 |
| 3 实验结果 | 第31-40页 |
| ·表型数据信息分析 | 第31页 |
| ·多态位点鉴定 | 第31页 |
| ·多态位点的基因检测 | 第31-35页 |
| ·多态位点基因型判定标准 | 第31-33页 |
| ·多态位点基因型判定结果分析 | 第33-35页 |
| ·关联性分析结果 | 第35-37页 |
| ·SNP 位点关联分析结果 | 第35页 |
| ·单倍型关联分析结果 | 第35-37页 |
| ·生物信息学分析 | 第37-40页 |
| ·IRS4 蛋白质的原子组成 | 第37页 |
| ·IRS4 蛋白质氨基酸组成及其理化性质 | 第37-38页 |
| ·二硫键、信号肽特殊结构预测 | 第38页 |
| ·糖基化和磷酸化位点预测 | 第38-39页 |
| ·蛋白质序列空间结构预测 | 第39-40页 |
| ·预测错义突变对氨基酸序列功能造成的影响 | 第40页 |
| 4 分析与讨论 | 第40-42页 |
| 第三部分：结论 | 第42-43页 |
| 1 关于猪脂肪沉积性状的全基因组关联分析 | 第42页 |
| 2 关于候选基因 IRS4 的相关研究 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 附表一 | 第47-49页 |
| 附表二 | 第49-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
