| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-15页 |
| 引言 | 第15-21页 |
| 纤毛虫简介 | 第15-16页 |
| 分子生物学技术在纤毛虫分类学和系统学中的应用 | 第16-17页 |
| 分子系统进化分析方法 | 第17-19页 |
| 系统树的构建 | 第17-19页 |
| RNA 二级结构的预测 | 第19页 |
| 缘毛类和盾纤类纤毛虫的研究背景，目标及意义 | 第19-21页 |
| 材料与方法 | 第21-31页 |
| 1 纤毛虫的采集和分离 | 第21页 |
| 2 活体观察、染色制片及绘图 | 第21-22页 |
| 3. 染色后特征数据统计 | 第22页 |
| 4. 本文参照的分类系统 | 第22-24页 |
| 5 名词术语 | 第24-25页 |
| 6. 基因组 DNA 的提取、PCR 扩增与克隆测序 | 第25-31页 |
| 第一章 缘毛类纤毛虫的形态学和分子系统学 | 第31-95页 |
| 第一节 游走缘毛类纤毛虫的形态分类学 | 第31-55页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·材料与方法 | 第31-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-55页 |
| ·盘形虫属 Leiotrocha Fabre-Domergue, 1888 | 第32-37页 |
| ·龙介盘形虫 Leiotrocha serpularum Fabre-Domergue, 1888 | 第32-37页 |
| ·壶形虫属 Urceolaria Stein, 1867 | 第37-45页 |
| ·科氏壶形虫 Urceolaria korschelti Zick, 1928 | 第37-42页 |
| ·帽贝壶形虫 Urceolaria patellae (Cuenot 1891) Haider, 1964 | 第42-43页 |
| ·刺螠壶形虫 Urceolaria urechi (Noble, 1940) Hirshfield, 1949 | 第43-45页 |
| ·小车轮虫属 Trichodinella (Raabe, 1950) Sramek-Husek, 1953 | 第45-49页 |
| ·流行小车轮虫 Trichodinella epizootica (Raabe, 1950) | 第46-49页 |
| ·车轮虫属 Trichodina Ehrenberg, 1830 | 第49-55页 |
| ·虾夷扇贝车轮虫 Trichodina pectenis Stein, 1974 | 第49-51页 |
| ·亚卓车轮虫 Trichodina jadranica (Raabe, 1958) Lom & Larid, 1969 | 第51-53页 |
| ·鲻鱼车轮虫 Trichodina mugilis Fantham, 1930 | 第53-55页 |
| 第二节 基于 SSU-rDNA 序列探讨缘毛亚纲内部的亲缘关系 | 第55-86页 |
| ·引言 | 第55-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-59页 |
| ·样品采集，物种鉴定和专用名词 | 第57页 |
| ·测序和序列的排列比对 | 第57-58页 |
| ·系统发育分析 | 第58-59页 |
| ·限制性分析 | 第59页 |
| ·二级结构的构建 | 第59页 |
| ·结果 | 第59-75页 |
| ·序列信息 | 第59-60页 |
| ·SSU-rDNA 分析结果 | 第60-75页 |
| ·基于高样品量序列库的系统分析 | 第61页 |
| ·基于低样品量序列库的系统分析 | 第61-66页 |
| ·针对缘毛类纤毛虫单系性的限制性分析 | 第66-67页 |
| ·游走类的系统发育分析和限制性分析 | 第67-75页 |
| ·讨论 | 第75-86页 |
| ·广义缘毛类纤毛虫的单系性 | 第75-77页 |
| ·游走类纤毛虫内部的亲缘关系 | 第77-80页 |
| ·游走类纤毛虫的齿体进化 | 第80-82页 |
| ·游走目的厘订 | 第82-83页 |
| ·固着类内部的亲缘关系 | 第83-86页 |
| 第三节 基于 alpha tubulin 基因序列探讨缘毛亚纲内部的亲缘关系 | 第86-95页 |
| ·引言 | 第86-87页 |
| ·材料与方法 | 第87-89页 |
| ·样品采集，物种鉴定和专用名词 | 第87页 |
| ·测序和序列的排列比对 | 第87-88页 |
| ·系统发育分析 | 第88-89页 |
| ·结果 | 第89-93页 |
| ·α-tubulin 基因序列和变异性 | 第89-90页 |
| ·基于α-tubulin 基因序列构建的系统发育分析 | 第90-93页 |
| ·讨论 | 第93-95页 |
| ·基于α-tubulin 和 SSU rRNA 基因构建的系统树的异同 | 第93-94页 |
| ·α-tubulin 基因能作为一个纤毛虫的分子标记？ | 第94-95页 |
| 第二章 盾纤类纤毛虫的形态学和分子系统学 | 第95-159页 |
| 第一节 盾纤类纤毛虫的形态分类学 | 第95-131页 |
| ·引言 | 第95页 |
| ·材料与方法 | 第95-96页 |
| ·结果与讨论 | 第96-131页 |
| ·贝虱虫属 Conchophthirus Stein, 1861 | 第96-104页 |
| ·短毛贝虱虫 Conchophthirus curtus Engelmann, 1862 | 第96-101页 |
| ·薄片贝虱虫 Conchophthirus lamellidens Ghosh, 1918 | 第101-104页 |
| ·膜袋虫属 Cyclidium Müller,1786 | 第104-109页 |
| ·海洋膜袋虫 Cyclidium marinum Borror, 1965 | 第104-107页 |
| ·长膜袋虫 Cyclidium oblongum Kahl, 1931 | 第107-109页 |
| ·鱼钩虫属 Ancistrum Maupas, 1883 | 第109-113页 |
| ·贻贝鱼钩虫 Ancistrum mytili (Quennerstedt, 1867) Maupas, 1883 | 第110-113页 |
| ·小鱼钩虫属 Ancistrumina Raabe, 1959 | 第113-117页 |
| ·泽生小鱼钩虫 Ancistrumina limnica Raabe, 1967 | 第113-117页 |
| ·彼格虫属 Biggaria Aescht, | 第117-120页 |
| ·百慕大彼格虫 Biggaria bermudensis (Biggar & Wenrich, 1932)Aescht,2001 | 第117-120页 |
| ·内扇虫属虫属 Entorhipidium Lynch, 1929 | 第120-126页 |
| ·三角内扇虫 Entorhipidium triangularis Poljansky,1951 | 第120-123页 |
| ·优雅内扇虫 Entorhipidium tenue Lynch,1929 | 第123-126页 |
| ·伪康纤虫属 Pseudocohnilembus Evans & Thompson, 1964 | 第126-128页 |
| ·水滴伪康纤虫 Pseudocohnilembus persalinus Evans & Thompson, 1964 | 第126-128页 |
| ·贻内虫属 Mytilophilus Antipa & Dolan, 1985 | 第128-131页 |
| ·太平洋贻内虫 Mytilophilus pacificae Antipa & Dolan, 1985 | 第128-131页 |
| 第二节 基于核糖体小亚基基因对盾纤亚纲内部亲缘关系的探讨 | 第131-159页 |
| ·引言 | 第131-132页 |
| ·材料与方法 | 第132-135页 |
| ·物种鉴定和分类系统 | 第132页 |
| ·测序和序列的排列比对 | 第132-133页 |
| ·系统发育分析 | 第133-135页 |
| ·结果 | 第135-147页 |
| ·序列信息 | 第135页 |
| ·SSU-rDNA 分析结果 | 第135-147页 |
| ·讨论 | 第147-159页 |
| ·盾纤亚纲的系统地位和单系性 | 第147-148页 |
| ·斜头目的系统地位 | 第148-152页 |
| ·经典盾纤类各目间的系统关系 | 第152页 |
| ·嗜污目内部的亲缘关系 | 第152-155页 |
| ·帆口目内部的亲缘关系 | 第155页 |
| ·触毛目内部的亲缘关系 | 第155-159页 |
| 第三章 水滴伪康纤虫的 FISH 快速检测 | 第159-175页 |
| ·引言 | 第159-160页 |
| ·材料与方法 | 第160-165页 |
| ·样品采集和形态鉴定 | 第160-161页 |
| ·DNA 提取和测序实验 | 第161-163页 |
| ·寡核苷酸探针设计和检验 | 第163页 |
| ·荧光原位杂交的实验设计和操作流程 | 第163-165页 |
| ·DNA barcoding 的序列分析和系统发育 | 第165页 |
| ·结果 | 第165-171页 |
| ·水滴伪康纤虫的形态鉴定和 SSU-rDNA 序列特征 | 第165页 |
| ·探针的评估 | 第165-171页 |
| ·COⅠ基因序列的 BLAST 和系统树构建分析 | 第171页 |
| ·讨论 | 第171-175页 |
| ·FISH 在病害性盾纤类纤毛虫诊断中的优缺点 | 第171-172页 |
| ·DNA Barcoding 在病害性盾纤类纤毛虫诊断中的优缺点 | 第172-173页 |
| ·FISH 与 DNA Barcoding 在病害性盾纤类纤毛虫诊断中的比较 | 第173-175页 |
| 参考文献 | 第175-189页 |
| 教育经历 | 第189页 |
| 论文发表情况 | 第189页 |
