纳流控通道内生物分子与离子迁移过程的分子模拟
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-22页 |
| ·课题研究背景 | 第12-15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15-18页 |
| ·课题研究的意义 | 第18-19页 |
| ·课题研究方法 | 第19页 |
| ·课题来源及研究内容 | 第19-22页 |
| 第2章 分子模拟方法及所用软件 | 第22-38页 |
| ·分子动力学简介 | 第22-25页 |
| ·基本原理 | 第23页 |
| ·积分算法 | 第23-25页 |
| ·作用力场和势能 | 第25-27页 |
| ·分子力场 | 第25页 |
| ·作用势能 | 第25-27页 |
| ·边界条件 | 第27-28页 |
| ·系综与温度控制 | 第28-30页 |
| ·分子动力学模拟的系综 | 第28-29页 |
| ·温度控制 | 第29-30页 |
| ·模拟体系的初始化 | 第30-31页 |
| ·能量优化 | 第30-31页 |
| ·初始速度 | 第31页 |
| ·宏观物理量的统计 | 第31-32页 |
| ·模拟步骤及流程图 | 第32-33页 |
| ·模拟所用软件 | 第33-37页 |
| ·GROMACS | 第33-35页 |
| ·用到的其它软件 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第3章 迁移过程的分子动力学模拟 | 第38-56页 |
| ·模拟体系的构建 | 第38-42页 |
| ·纳米通道模型 | 第39页 |
| ·流体分子模型 | 第39-40页 |
| ·模拟蛋白质--多肽GNNQQNY | 第40-41页 |
| ·模拟体系物理模型 | 第41-42页 |
| ·分子动力学模拟 | 第42-46页 |
| ·参数设定 | 第42-44页 |
| ·模拟准备工作及过程 | 第44-46页 |
| ·模拟结果分析 | 第46-54页 |
| ·RMSD分析 | 第47-48页 |
| ·水分子密度分布 | 第48-49页 |
| ·离子浓度分布 | 第49-52页 |
| ·势能分析 | 第52-53页 |
| ·动能分析 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-56页 |
| 第4章 不同影响因素下模拟结果的分析与讨论 | 第56-74页 |
| ·不同通道高度的影响 | 第56-61页 |
| ·模拟参数 | 第56页 |
| ·模拟过程 | 第56-58页 |
| ·模拟结果及分析 | 第58-61页 |
| ·离子浓度的影响 | 第61-67页 |
| ·模拟参数 | 第61-62页 |
| ·模拟过程 | 第62-63页 |
| ·模拟结果分析 | 第63-67页 |
| ·电场强度的影响 | 第67-72页 |
| ·模拟参数 | 第67页 |
| ·模拟过程 | 第67-69页 |
| ·模拟结果分析 | 第69-72页 |
| ·本章小结 | 第72-74页 |
| 第5章 总结与展望 | 第74-78页 |
| ·总结 | 第74-75页 |
| ·展望 | 第75-78页 |
| 参考文献 | 第78-84页 |
| 致谢 | 第84-86页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第86页 |
