| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 第1章 绪 论 | 第16-24页 |
| ·项目来源 | 第16页 |
| ·研究背景与意义 | 第16-18页 |
| ·序列相似性分析方法 | 第18-21页 |
| ·本文主要工作 | 第21-22页 |
| ·本文结构组织 | 第22-24页 |
| 第2章 基因数据相似性分析方法 | 第24-41页 |
| ·基因数据表示方法 | 第24-30页 |
| ·基因微阵列数据 | 第24-25页 |
| ·基因序列数据 | 第25-26页 |
| ·基因序列的图形表示 | 第26-30页 |
| ·序列比对方法 | 第30-33页 |
| ·双序列比对算法 | 第31-32页 |
| ·多序列比对算法 | 第32-33页 |
| ·生物信息处理中的聚类技术 | 第33-37页 |
| ·K-均值聚类 | 第33-34页 |
| ·模糊C-均值聚类 | 第34-35页 |
| ·主成分分析 | 第35页 |
| ·自组织图聚类 | 第35-36页 |
| ·层次聚类 | 第36-37页 |
| ·基于矩阵不变量的相似性比较方法 | 第37-40页 |
| ·矩阵的构造 | 第38-39页 |
| ·矩阵不变量 | 第39-40页 |
| ·矩阵不变量用于序列相似性比较的一般方法 | 第40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 第3章 DNA微阵列数据相似性分析中的聚类算法研究 | 第41-59页 |
| ·基因微阵列缺失数据填充方法研究现状 | 第41-44页 |
| ·模糊Ｃ均值缺失值填充算法 | 第44-50页 |
| ·模糊权重指数 | 第44-45页 |
| ·基于马氏距离的模糊C-均值聚类算法 | 第45-47页 |
| ·聚类数目 | 第47-48页 |
| ·缺失值填充 | 第48页 |
| ·算法描述 | 第48页 |
| ·实验结果与分析 | 第48-50页 |
| ·基于多维伪F统计量的基因微阵列数据动态聚类算法 | 第50-58页 |
| ·相关知识 | 第50-53页 |
| ·基于多维伪F统计量的动态K-均值聚类算法 | 第53-54页 |
| ·实验结果与分析 | 第54-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第4章 DNA序列数据的相似性分析方法研究 | 第59-74页 |
| ·基于比对相似度动态矩阵聚类算法 | 第59-68页 |
| ·基于图BAG的聚类算法 | 第60-61页 |
| ·cutoff初始值的确定 | 第61页 |
| ·回归精练类 | 第61-63页 |
| ·算法描述 | 第63页 |
| ·实验和分析 | 第63-68页 |
| ·基于双重核苷酸分析的序列相似度分析 | 第68-73页 |
| ·双重核苷酸出现频率 | 第68-69页 |
| ·序列相似度 | 第69-70页 |
| ·实验及分析 | 第70-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第5章 基于DNA序列图形表示的相似性分析及应用研究 | 第74-92页 |
| ·一种无退化的DNA图形表示 | 第74-79页 |
| ·DNA序列图形表示 | 第75页 |
| ·N曲线的特性 | 第75-79页 |
| ·基于图形的序列相似性分析 | 第79-85页 |
| ·几种矩阵不变量计算方法 | 第79-81页 |
| ·基于3D图形的矩阵不变量Z_inv | 第81页 |
| ·矩阵不变量比较 | 第81-83页 |
| ·基因序列的相似性分析 | 第83页 |
| ·实验结果与分析 | 第83-85页 |
| ·基于可凝聚层次聚类的进化树构建算法 | 第85-91页 |
| ·相关工作 | 第86-87页 |
| ·基于层次聚类的进化树构建算法 | 第87页 |
| ·实验结果与分析 | 第87-91页 |
| ·小结 | 第91-92页 |
| 第6章 基于RNA二级结构空间表示的相似性分析 | 第92-110页 |
| ·RNA二级结构表示方法 | 第92-94页 |
| ·RNA二级结构和子结构的定义 | 第92-93页 |
| ·RNA二级结构表示方法 | 第93-94页 |
| ·一个4D表示及相似性分析 | 第94-99页 |
| ·RNA二级结构的4D表示 | 第94-95页 |
| ·4D表示的特性 | 第95-97页 |
| ·基于4D表示的RNA二级结构的相似性分析 | 第97-99页 |
| ·一个3D表示及相似性分析 | 第99-103页 |
| ·无退化的RNA二级结构的3D图形表示（3DGRR） | 第99-100页 |
| ·3DGRR图形的特性 | 第100-102页 |
| ·基于3DGRR的RNA二级结构的相似性分析 | 第102-103页 |
| ·一种无退化的RNA二级结构2D表示及其相似性分析 | 第103-108页 |
| ·无退化的RNA二级结构的2D图形表示（2DGRR） | 第103-105页 |
| ·2DGRR的特性 | 第105-107页 |
| ·基于2DGRR的RNA二级结构的相似性分析 | 第107-108页 |
| ·本章小结 | 第108-110页 |
| 第7章 基于蛋白质序列6D表示的相似性分析 | 第110-125页 |
| ·蛋白质序列的6D表示及性质 | 第111-114页 |
| ·蛋白质序列的6D表示 | 第111页 |
| ·6D表示特性 | 第111-114页 |
| ·蛋白质组的系统发育树的构建 | 第114-123页 |
| ·蛋白质组的矩阵表示 | 第114-116页 |
| ·蛋白质组的相似性度量方法 | 第116-117页 |
| ·系统发育树的构建 | 第117-123页 |
| ·本章小结 | 第123-125页 |
| 结论 | 第125-128页 |
| 参考文献 | 第128-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第141-143页 |
| 附录B 攻读学位期间主持与参与的项目 | 第143页 |
