| 中文摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 縮略词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-26页 |
| ·抗病基因的结构和分类 | 第12-14页 |
| ·抗病基因的分离和克隆 | 第14-16页 |
| ·图位克隆法 | 第15页 |
| ·转座子标签法 | 第15页 |
| ·同源序列法 | 第15-16页 |
| ·电子(in silico)克隆 | 第16页 |
| ·植物的抗病性 | 第16-17页 |
| ·抗病基因的作用机理 | 第17-18页 |
| ·基因对基因假说 | 第17页 |
| ·防卫假说 | 第17-18页 |
| ·抗病基因数量以及分布 | 第18-19页 |
| ·抗病基因的进化 | 第19-22页 |
| ·抗病基因的进化模式 | 第19-22页 |
| ·转座元件在抗病基因进化中的作用 | 第22页 |
| ·Rp1抗病基因家族 | 第22-24页 |
| ·抗病基因Pi37 | 第22-23页 |
| ·抗病基因Rp1-D的克隆和进化研究 | 第23页 |
| ·禾本科中的Rp1基因家族 | 第23-24页 |
| ·比较基因组学研究在禾本科中的应用 | 第24-25页 |
| ·研究目的及意义 | 第25-26页 |
| 2 材料和方法 | 第26-34页 |
| ·数据库的来源以及抗病基因的获得 | 第26-27页 |
| ·用于分析Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的材料 | 第27页 |
| ·获得Rp1同源体的材料 | 第27页 |
| ·抗病基因的手工重注释 | 第27-28页 |
| ·Presence/Absence多态性分析 | 第28-29页 |
| ·PCR技术在本研究中的应用 | 第29-32页 |
| ·鉴定Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因 | 第29页 |
| ·扩增稻属、玉米属、小麦属、短柄草属和高粱属中Rp1基因 | 第29-31页 |
| ·检测Rp1基因拷贝数 | 第31页 |
| ·检测水稻Rp1位点单倍型 | 第31页 |
| ·鉴定短柄草不同类Rp1基因 | 第31-32页 |
| ·Southern杂交的方法检测稻属中Rp1基因的拷贝数 | 第32页 |
| ·利用缺失系定位栽培小麦中国春中Rp1同源体 | 第32页 |
| ·序列分析 | 第32-34页 |
| ·序列比对、进化树构建以及序列交换检测 | 第32-33页 |
| ·Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的鉴定 | 第33页 |
| ·玉米中Rp1古老基因的分析 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-63页 |
| ·水稻中NBS类抗病基因的获取与注释 | 第34-35页 |
| ·水稻中抗病基因位点存在presence/absence多态性 | 第35-39页 |
| ·水稻中抗病基因类型的分析 | 第39-42页 |
| ·水稻中少量的Type Ⅰ类基因决定着抗病基因的多样性 | 第39-40页 |
| ·水稻中保守的Type Ⅱ类抗病基因 | 第40-42页 |
| ·非典型进化模式的基因 | 第42页 |
| ·水稻中Type Ⅰ和Type Ⅱ类分化机制 | 第42-43页 |
| ·已知功能抗病基因既有Type Ⅰ也有Type Ⅱ类 | 第43-44页 |
| ·禾本科Rp1位点在不同物种中经历了复制和丢失 | 第44-46页 |
| ·禾本科不同物种中Rp1基因的拷贝数差异很大 | 第46-48页 |
| ·玉米属Rp1大量的Rp1基因是由复制之后的序列交换形成 | 第48-51页 |
| ·玉米属和高粱属间Rp1基因存在协同进化(concerted evolution) | 第51-53页 |
| ·水稻中Rp1基因分析 | 第53-57页 |
| ·栽培水稻具有很少的Rp1单倍型 | 第53-55页 |
| ·稻属中Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化 | 第55-57页 |
| ·短柄草中的单拷贝Rp1基因 | 第57-59页 |
| ·小麦和大麦中序列差异较大的Rp1基因 | 第59-63页 |
| 4 讨论 | 第63-70页 |
| ·抗病基因位点presence/absence多态性机制探讨 | 第63-64页 |
| ·全基因组抗病基因位点的presence/absence多态性 | 第63-64页 |
| ·Rp1抗病基因位点的presence/absence多态性 | 第64页 |
| ·Type Ⅰ类抗病基因的多样性 | 第64-65页 |
| ·Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因分化机制探讨 | 第65-67页 |
| ·全基因组比较Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化机制 | 第65-67页 |
| ·稻属中Rp1基因Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化 | 第67页 |
| ·不同物种中Rp1基因的进化模式 | 第67-70页 |
| ·属间抗病基因的协同进化 | 第68页 |
| ·大麦和小麦中抗病基因birth-and-death的进化机制 | 第68-69页 |
| ·短柄草中单基因的进化 | 第69-70页 |
| 5 总结与展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-84页 |
| 附录 | 第84-102页 |
| 附录1 实验体系以及步骤 | 第84-90页 |
| 附1.1 基因组DNA抽提 | 第84页 |
| 附1.2 BAC质粒抽提 | 第84-85页 |
| 附1.3 PCR体系 | 第85页 |
| 附1.4 PCR程序 | 第85页 |
| 附1.5 PCR产物消化 | 第85-86页 |
| 附1.6 DNA胶回收 | 第86页 |
| 附1.7 连接 | 第86页 |
| 附1.8 TA克隆 | 第86-87页 |
| 附1.9 酶切 | 第87页 |
| 附1.10 Southern杂交 | 第87-90页 |
| 附1.10.1 转膜(用碱转的方法进行DNA转膜) | 第87-88页 |
| 附1.10.2 探针标记 | 第88页 |
| 附1.10.3 预杂交与杂交 | 第88页 |
| 附1.10.4 洗膜 | 第88-89页 |
| 附1.10.5 免疫及显色 | 第89-90页 |
| 附录2 附表 | 第90-100页 |
| 附录3 Genbank序列号 | 第100-101页 |
| 附录4 作者简介及博士期间成果 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102页 |
