| 第一章 绪论 | 第1-13页 |
| ·引言 | 第7页 |
| ·课题的研究背景 | 第7-10页 |
| ·分子生物信息学的概念 | 第7-9页 |
| ·生物信息学的序列比对 | 第9页 |
| ·计算机科学技术在序列比对中的应用 | 第9-10页 |
| ·目前国内外研究的现状 | 第10-11页 |
| ·课题研究内容与意义 | 第11页 |
| ·后续章节的安排 | 第11-13页 |
| 第二章 相关算法 | 第13-33页 |
| ·序列比对算法基础 | 第13-14页 |
| ·Needleman-Wunsch算法 | 第14-19页 |
| ·算法思想 | 第14-17页 |
| ·算法伪代码描述 | 第17-18页 |
| ·算法分析 | 第18-19页 |
| ·Hirschberg算法 | 第19-24页 |
| ·算法背景 | 第19-20页 |
| ·算法思想 | 第20-21页 |
| ·算法伪代码描述 | 第21-23页 |
| ·算法分析 | 第23-24页 |
| ·FastLSA算法 | 第24-30页 |
| ·算法背景 | 第24页 |
| ·算法思想 | 第24页 |
| ·算法伪代码描述 | 第24-28页 |
| ·算法分析 | 第28-30页 |
| ·三种算法的性能比较 | 第30页 |
| ·其它序列比对算法 | 第30-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 并行FastLSA算法 | 第33-45页 |
| ·并行FastLSA算法 | 第33-37页 |
| ·算法思想 | 第33-36页 |
| ·算法伪代码描述 | 第36-37页 |
| ·算法详细实现 | 第37-38页 |
| ·动态队列分配 | 第37-38页 |
| ·静态队列分配 | 第38页 |
| ·时间和空间复杂度的计算 | 第38-44页 |
| ·并行FastLSA算法的递归方式 | 第38-39页 |
| ·空间复杂度的计算 | 第39-41页 |
| ·时间复杂度的计算 | 第41-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第四章 构建基于LINUX和软件DSM的PC机群系统 | 第45-51页 |
| ·典型的PC机群系统结构 | 第45-47页 |
| ·PC机群系统硬件环境 | 第47页 |
| ·PC机群系统软件环境 | 第47-49页 |
| ·Linux操作系统 | 第47-48页 |
| ·软件分布式共享存储系统(DSM) | 第48-49页 |
| ·并行FastLSA算法的的简便实现 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 并行FastLSA算法的实验结果 | 第51-65页 |
| ·并行算法的性能度量 | 第51-53页 |
| ·实验结果数据 | 第53-54页 |
| ·实验结果图形类型说明 | 第54-57页 |
| ·子问题统计图 | 第54-55页 |
| ·执行时间图 | 第55页 |
| ·加速比图 | 第55-56页 |
| ·同步时间图 | 第56-57页 |
| ·XRCC1序列比对相关图形及其解释 | 第57-60页 |
| ·TCR序列比对相关图形及其解释 | 第60-63页 |
| ·本章小结 | 第63-65页 |
| 第六章 结束语 | 第65-67页 |
| ·全文总结 | 第65页 |
| ·未来工作 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 攻读硕士学位期间发表的研究论文 | 第70页 |