| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-27页 |
| ·课题研究背景 | 第9-15页 |
| ·环糊精葡萄糖基转移酶概述 | 第9页 |
| ·环糊精葡萄糖基转移酶的作用 | 第9-12页 |
| ·环糊精葡萄糖基转移酶的研究进展 | 第12-15页 |
| ·蛋白质耐热性的研究进展 | 第15-22页 |
| ·嗜热酶的生物化学和分子生物学特性 | 第15页 |
| ·蛋白质的失活机制 | 第15-16页 |
| ·蛋白质耐热性的研究方法 | 第16-17页 |
| ·蛋白质耐热性的研究范围 | 第17-19页 |
| ·蛋白质热稳定的分子和结构机制 | 第19-22页 |
| ·提高蛋白质稳定性的策略 | 第22-25页 |
| ·理性设计的原则 | 第22页 |
| ·定向进化 | 第22-23页 |
| ·计算机数值模拟方法 | 第23-25页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第25-27页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第27-37页 |
| ·分子动力学 | 第27-31页 |
| ·NAMD的分子运动方程 | 第27-28页 |
| ·积分方法 | 第28-30页 |
| ·SHAKE算法 | 第30页 |
| ·周期边界条件 | 第30-31页 |
| ·分子模拟力场 | 第31-32页 |
| ·宏观物理量的计算 | 第32-33页 |
| ·NAMD的模拟过程 | 第33-37页 |
| 第三章 分子模拟能量优化的研究 | 第37-57页 |
| ·概述 | 第37页 |
| ·测试能量函数描述 | 第37-40页 |
| ·能量优化 | 第40-52页 |
| ·分枝界限法 | 第40-41页 |
| ·遗传算法 | 第41页 |
| ·粒子群算法 | 第41-44页 |
| ·量子粒子群算法 | 第44-45页 |
| ·多阶段白适应量子粒子群算法 | 第45-52页 |
| ·实验结果比较及分析 | 第52-54页 |
| ·本章小结 | 第54-57页 |
| 第四章 CGTase蛋白质高温解折叠的研究 | 第57-83页 |
| ·概述 | 第57-58页 |
| ·方法 | 第58-60页 |
| ·模型建立 | 第58页 |
| ·等温动力学方法 | 第58-59页 |
| ·计算参数的设置 | 第59-60页 |
| ·常温常压下CGTase的构象 | 第60-65页 |
| ·(α/β)_8TIM桶的结构特点 | 第60-61页 |
| ·(α/β)_8TIM桶的结构及结构域特征 | 第61-63页 |
| ·CGTase结构中二级结构含量 | 第63-65页 |
| ·结果与讨论 | 第65-81页 |
| ·MD模拟中的结构变化 | 第65-68页 |
| ·结构分析 | 第68-73页 |
| ·N端、C端和结构域B的稳定性分析 | 第73-79页 |
| ·蛋白质整体解折叠路径 | 第79-81页 |
| ·本章小结 | 第81-83页 |
| 第五章 盐桥与CGTase蛋白质耐热性关系的研究 | 第83-101页 |
| ·概述 | 第83-84页 |
| ·方法 | 第84-86页 |
| ·溶剂可及表面积 | 第84页 |
| ·盐桥 | 第84-85页 |
| ·模型建立 | 第85页 |
| ·计算参数的设置 | 第85-86页 |
| ·结果与讨论 | 第86-100页 |
| ·全局RMSF搜寻热不稳定区域 | 第86-88页 |
| ·模拟过程中体系的整体稳定性 | 第88-89页 |
| ·静电相互作用分析 | 第89-93页 |
| ·突变型CGTase热不稳定区域盐桥分析 | 第93-95页 |
| ·突变体中热不稳定区域的盐桥变化 | 第95-97页 |
| ·量化热不稳定区域的盐桥贡献 | 第97-100页 |
| ·本章小结 | 第100-101页 |
| 第六章 结论与展望 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-117页 |
| 附录1:作者在攻读博士学位期间发表的论文和科研成果 | 第117-118页 |
| 附录2:简写符号表 | 第118页 |