| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-16页 |
| 第一章 目的意义、科学问题及研究内容 | 第16-22页 |
| 1 研究目的与意义 | 第16-17页 |
| 2 科学问题、研究内容和技术路线 | 第17-22页 |
| ·科学问题 | 第17-18页 |
| ·研究内容 | 第18-19页 |
| ·研究技术路线 | 第19-22页 |
| 第二章 文献综述 | 第22-54页 |
| 1 微生物多样性研究进展 | 第22-32页 |
| ·微生物生物化学多样性 | 第22-24页 |
| ·基因多样性 | 第24-26页 |
| ·大多数未被发现的基因多样性信息 | 第24-25页 |
| ·原核生物种类多样性 | 第25-26页 |
| ·描述原核生物多样性的挑战 | 第26-29页 |
| ·研究微生物多样性的方法 | 第27页 |
| ·非培养法的局限性 | 第27-28页 |
| ·非培养方法的一些有意义的发现 | 第28-29页 |
| ·微生物基因组多样性 | 第29-32页 |
| ·种内的基因组多样性 | 第29-30页 |
| ·基因结构与生境的联系 | 第30-31页 |
| ·基因组功能多样性 | 第31页 |
| ·采集测序菌种的偏好:对理解的限制性 | 第31-32页 |
| 2 宏基因组研究进展 | 第32-47页 |
| ·基因组和基因富集 | 第32-33页 |
| ·评价基因多样性 | 第33-34页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第34-35页 |
| ·文库构建 | 第35-37页 |
| ·宏基因组分析的途径 | 第37-41页 |
| ·基于序列的筛选 | 第37-38页 |
| ·基于功能的筛选 | 第38-41页 |
| ·微生物群体宏基因组分析 | 第41-43页 |
| ·宏基因组分析的靶标 | 第43-46页 |
| ·新型功能基因和酶 | 第43页 |
| ·天然产物 | 第43-46页 |
| ·序列分析 | 第46页 |
| ·宏基因组分析最新发展的技术 | 第46-47页 |
| ·利用宏基因组挖掘新型的蛋白酶基因 | 第47页 |
| 3 微生物蛋白酶研究进展 | 第47-53页 |
| ·微生物蛋白酶的来源和序列相似性 | 第47-48页 |
| ·微生物丝氨酸蛋白酶的组成、结构和功能 | 第48-50页 |
| ·杀线虫蛋白酶基因及编码的相关蛋白研究概况 | 第50-53页 |
| ·真菌杀线虫蛋白酶基因 | 第50-52页 |
| ·根围细菌杀线虫蛋白酶基因研究 | 第52-53页 |
| ·根围微生物蛋白酶杀线虫商业化应用 | 第53页 |
| 4 展望及本研究切入点 | 第53-54页 |
| 第三章 利用SSU rRNA技术分析土壤古菌和真菌多样性 | 第54-69页 |
| 1 材料与方法 | 第54-58页 |
| ·材料 | 第55-56页 |
| ·DNA提取与纯化 | 第56页 |
| ·古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因PCR扩增 | 第56-57页 |
| ·扩增产物连接转化及阳性检测 | 第57页 |
| ·序列测定及序列分析 | 第57页 |
| ·古菌的ARDRA分型和测序 | 第57页 |
| ·真菌克隆文库的测序 | 第57页 |
| ·系统进化发育树的构建和物种丰度分析 | 第57-58页 |
| ·古菌系统进化发育树的构建 | 第57页 |
| ·真菌界系统进化发育树的构建 | 第57-58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-65页 |
| ·直接提取和纯化土壤微生物总DNA | 第58页 |
| ·PCR扩增古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因 | 第58-59页 |
| ·基因克隆文库的构建 | 第59-62页 |
| ·古菌16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第59-61页 |
| ·真菌18S rRNA基因克隆文库的构建 | 第61-62页 |
| ·系统进化发育分析 | 第62-65页 |
| ·古菌16S rRNA基因克隆文库系统进化发育分析 | 第62-64页 |
| ·真菌18S rRNA基因克隆文库系统进化发育分析 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-69页 |
| 第四章 结合宏基因组末端测序和16S rDNA技术分析土壤细菌多样性 | 第69-84页 |
| 1 材料与方法 | 第69-72页 |
| ·材料 | 第70页 |
| ·间接法提取土壤微生物总DNA | 第70页 |
| ·细菌16S rRNA基因PCR扩增及基因克隆文库构建 | 第70-71页 |
| ·16S文库多样性分析 | 第71页 |
| ·构建系统进化树 | 第71页 |
| ·宏基因组Fosmid文库构建及特征分析 | 第71-72页 |
| ·Fosmid文库末端测序分析土壤细菌多样性 | 第72页 |
| ·核酸序列登录号 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-81页 |
| ·土壤总DNA的提取 | 第72-73页 |
| ·细菌16S rRNA基因克隆文库构建 | 第73页 |
| ·扩增产物连接、转化 | 第73页 |
| ·文库中插入片段阳性检测 | 第73页 |
| ·16SrRNA基因克隆文库分析土壤细菌多样性 | 第73-77页 |
| ·Fosmid文库末端随机测序分析土壤细菌多样性 | 第77-79页 |
| ·两种方法反映细菌多样性差异 | 第79-81页 |
| 3 讨论 | 第81-84页 |
| 第五章 土壤微生物宏基因组Fosmid文库构建及杀线虫基因初筛 | 第84-100页 |
| 1 材料与方法 | 第84-88页 |
| ·材料 | 第84-85页 |
| ·筛选底物和靶标 | 第85页 |
| ·DNA提取和检测 | 第85页 |
| ·宏基因组Fosmid文库构建 | 第85-87页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第85-86页 |
| ·宏基因组DNA末端修复 | 第86页 |
| ·连接 | 第86页 |
| ·包装 | 第86-87页 |
| ·转染 | 第87页 |
| ·克隆的挑取与保存 | 第87页 |
| ·宏基因组Fosmid文库特征分析 | 第87-88页 |
| ·插入片段大小检测 | 第87页 |
| ·克隆稳定性检测 | 第87页 |
| ·文库中包含的微生物物种多样性检测 | 第87-88页 |
| ·蛋白酶基因筛选 | 第88页 |
| ·超级池和二级池的构建 | 第88页 |
| ·文库筛选 | 第88页 |
| ·Fosmid克隆发酵液杀线虫室内生物测定 | 第88页 |
| 2 结果与分析 | 第88-98页 |
| ·Fosmid文库构建 | 第88-90页 |
| ·宏基因组DNA片段大小检测 | 第88-89页 |
| ·DNA片段的选择及Fosmid克隆的制备 | 第89-90页 |
| ·文库特征分析 | 第90-92页 |
| ·文库中阳性克隆检测 | 第90页 |
| ·文库插入片段大小检测 | 第90-91页 |
| ·克隆的稳定性检测 | 第91-92页 |
| ·文库包含物种多样性检测 | 第92页 |
| ·蛋白酶基因筛选 | 第92-94页 |
| ·含蛋白酶基因的Fosmid克隆杀线虫室内生物测定 | 第94-98页 |
| 3 讨论 | 第98-100页 |
| 第六章 亚克隆构建、筛选和杀线虫测定 | 第100-111页 |
| 1 材料与方法 | 第100-103页 |
| ·材料 | 第100页 |
| ·试验仪器、试剂和耗材 | 第100页 |
| ·筛选底物和靶标 | 第100页 |
| ·引物 | 第100页 |
| ·亚克隆文库的构建 | 第100-102页 |
| ·Fosmid克隆质粒的提取 | 第101页 |
| ·质粒P11双酶切 | 第101-102页 |
| ·pUC19 DH5α质粒提取和酶切 | 第102页 |
| ·亚克隆筛选 | 第102页 |
| ·序列测定、序列分析 | 第102-103页 |
| ·活性亚克隆杀线虫室内生物测定 | 第103页 |
| ·活性亚克隆杀线虫温室效果评价 | 第103页 |
| 2 结果与分析 | 第103-110页 |
| ·质粒DNA的提取、亚克隆文库构建和筛选 | 第104页 |
| ·蛋白酶杀线虫室内生物测定 | 第104-106页 |
| ·序列测定、序列分析 | 第106-108页 |
| ·亚克隆发酵液杀线虫温室效果评价 | 第108-110页 |
| 3 讨论 | 第110-111页 |
| 第七章 全文总结 | 第111-114页 |
| 1 结论 | 第111-113页 |
| 2 需要继续研究的内容 | 第113-114页 |
| 第八章 创新点 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-133页 |
| 附录 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 作者简历 | 第135页 |
