| 中文摘要 | 第13-16页 |
| 英文摘要 | 第16-19页 |
| 1 前言 | 第20-47页 |
| 1.1 禽白血病概述 | 第20-21页 |
| 1.2 禽白血病病毒的分类地位、形态和理化特性 | 第21-23页 |
| 1.2.1 分类地位 | 第21页 |
| 1.2.2 形态大小 | 第21-22页 |
| 1.2.3 理化特性 | 第22-23页 |
| 1.3 禽白血病病毒的化学组成 | 第23-25页 |
| 1.3.1 病毒的核酸组成 | 第23页 |
| 1.3.2 基因组的基本结构 | 第23-24页 |
| 1.3.3 蛋白质组成 | 第24-25页 |
| 1.4 禽白血病病毒的复制 | 第25-28页 |
| 1.4.1 病毒进入宿主细胞 | 第25-26页 |
| 1.4.2 前病毒DNA的形成及其整合进细胞基因组的过程 | 第26-28页 |
| 1.4.3 病毒基因组RNA的转录和蛋白质的转译及病毒粒子的释放 | 第28页 |
| 1.5 禽白血病病毒的多样性 | 第28-29页 |
| 1.5.1 ALV的亚群 | 第28-29页 |
| 1.5.2 ALV亚群的鉴别方法 | 第29页 |
| 1.5.3 内源性ALV和外源性ALV | 第29页 |
| 1.6 禽白血病病毒的致病性 | 第29-33页 |
| 1.6.1 ALV的一般致病特征 | 第29-30页 |
| 1.6.2 致肿瘤作用 | 第30-31页 |
| 1.6.3 禽白血病肿瘤类型的多样性 | 第31-32页 |
| 1.6.4 影响禽白血病病毒致肿瘤性的因素 | 第32-33页 |
| 1.7 禽白血病病毒的宿主系统 | 第33-34页 |
| 1.7.1 细胞 | 第33-34页 |
| 1.7.2 鸡胚 | 第34页 |
| 1.7.3 鸡或其它鸟类 | 第34页 |
| 1.8 禽白血病病毒的传播途径 | 第34-36页 |
| 1.8.1 垂直传播 | 第34-35页 |
| 1.8.2 横向传播 | 第35页 |
| 1.8.3 人为传播 | 第35-36页 |
| 1.9 鸡对ALV-J感染的免疫反应及其病毒血症动态 | 第36-39页 |
| 1.9.1 鸡对ALV-J感染的免疫耐受 | 第36页 |
| 1.9.2 鸡群感染ALV后血清抗体反应、病毒血症和排毒动态 | 第36-39页 |
| 1.10 禽白血病病毒的诊断 | 第39-40页 |
| 1.10.1 病毒分离 | 第39页 |
| 1.10.2 血清学检测 | 第39-40页 |
| 1.10.3 分子生物学检测方法 | 第40页 |
| 1.11 J亚群禽白血病病毒在我国的发生历程 | 第40-42页 |
| 1.11.1 我国白羽肉鸡中ALV-J的发生过程 | 第40页 |
| 1.11.2 我国蛋用型鸡群中ALV-J发生过程 | 第40-41页 |
| 1.11.3 我国黄羽肉鸡和地方品种鸡群的J亚群白血病的发生和现状 | 第41-42页 |
| 1.12 禽白血病病毒是研究病毒性肿瘤病发生的良好的实验模型 | 第42页 |
| 1.13 准种的概念 | 第42-44页 |
| 1.13.1 什么是准种？ | 第43-44页 |
| 1.13.2 准种的多态性 | 第44页 |
| 1.14 高通量测序技术 | 第44-46页 |
| 1.14.1 MiSeq高通量测序 | 第44-45页 |
| 1.14.2 HiSeq高通量测序 | 第45-46页 |
| 1.14.3 高通量测序技术研究ALV-J准种的优势 | 第46页 |
| 1.15 本研究的目的及意义 | 第46-47页 |
| 2 材料与方法 | 第47-69页 |
| 2.1 试验材料 | 第47-49页 |
| 2.1.1 毒株和细胞 | 第47页 |
| 2.1.2 试验动物 | 第47页 |
| 2.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第47-48页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第48页 |
| 2.1.5 抗体 | 第48页 |
| 2.1.6 菌种和载体 | 第48-49页 |
| 2.2 常规试验操作方法 | 第49-54页 |
| 2.2.1 鸡胚成纤维细胞的制备 | 第49页 |
| 2.2.2 鸡胚成纤维细胞的计数 | 第49-50页 |
| 2.2.3 酶联免疫吸附试验(ELISA)检测ALVp27抗原 | 第50页 |
| 2.2.4 酶联免疫吸附试验(ELISA)检测ALV-J抗体 | 第50页 |
| 2.2.5 间接免疫荧光(IFA) | 第50-51页 |
| 2.2.6 组织/细胞DNA的提取 | 第51页 |
| 2.2.7 组织/细胞RNA的提取 | 第51页 |
| 2.2.8 常规PCR扩增 | 第51页 |
| 2.2.9 RT-PCR扩增 | 第51-52页 |
| 2.2.10 扩增产物的回收 | 第52页 |
| 2.2.11 回收产物的连接 | 第52-53页 |
| 2.2.12 连接产物的转化 | 第53页 |
| 2.2.13 菌液PCR | 第53页 |
| 2.2.14 质粒的提取 | 第53-54页 |
| 2.2.15 重组质粒的酶切鉴定 | 第54页 |
| 2.3 试验设计及方法 | 第54-69页 |
| 2.3.1 ALV-J在同一鸡群不同个体内病毒的基因多样性 | 第54-55页 |
| 2.3.2 高通量测序与常规测序在ALV-J准种研究中的应用比较 | 第55-59页 |
| 2.3.3 高通量测序研究同一只鸡体不同脏器内ALV-J基因多样性 | 第59-62页 |
| 2.3.4 ALV-J在垂直传播过程中演变规律 | 第62-64页 |
| 2.3.5 高通量测序研究ALV-J在不同感染宿主系统内的演变动态 | 第64-66页 |
| 2.3.6 ALV-J在药物选择压下的变异及耐药性的产生机制 | 第66-69页 |
| 3 试验结果 | 第69-106页 |
| 3.1 ALV-J在同一鸡群不同个体内病毒的基因多样性 | 第69-73页 |
| 3.1.1 鸡群临床病理变化 | 第69页 |
| 3.1.2 外源性ALV的分离和鉴定 | 第69-70页 |
| 3.1.3 ALV-J序列分析 | 第70-71页 |
| 3.1.4 不同ALV-J分离株ENV-LTR基因多样性比较及分析 | 第71-73页 |
| 3.2 高通量测序与常规测序在ALV-J准种研究中的应用比较 | 第73-77页 |
| 3.2.1 常规Sanger测序和高通量测序结果 | 第73页 |
| 3.2.2 高通量测序和常规Sanger测序研究准种的准确性和重复性比较 | 第73-74页 |
| 3.2.3 高通量测序和常规Sanger测序在研究位点突变时的差异 | 第74-75页 |
| 3.2.4 香农熵值与抗体滴度的线性关系 | 第75-76页 |
| 3.2.5 利用高通量测序数据模拟常规测序研究准种的准确性 | 第76-77页 |
| 3.3 高通量测序研究同一只鸡体不同脏器内ALV-J基因多样性 | 第77-82页 |
| 3.3.1 样品收集及测序分析 | 第77-78页 |
| 3.3.2 不同器官内gp85-A段演变差异 | 第78-79页 |
| 3.3.3 不同器官内gp85-B段演变差异 | 第79-81页 |
| 3.3.4 不同器官内LTR-C段演变差异 | 第81-82页 |
| 3.3.5 gp85-A,gp85-B和LTR-C段的共同演化 | 第82页 |
| 3.4 ALV-J在垂直传播过程中演变规律研究 | 第82-87页 |
| 3.4.1 试验鸡只的选择 | 第82-83页 |
| 3.4.2 高通量测序结果 | 第83-84页 |
| 3.4.3 垂直传播过程中不同器官的gp85-B段最优势突变株系谱进化树分析 | 第84-85页 |
| 3.4.4 垂直传播过程中不同器官的最优势突变株氨基酸分析 | 第85-87页 |
| 3.5 高通量测序研究禽白血病病毒在不同感染宿主系统内的演变动态 | 第87-96页 |
| 3.5.1 病毒在不同复制环境下单体型数比较 | 第87-88页 |
| 3.5.2 病毒在不同复制环境下gp85-B段(hr2和vr3)的变化 | 第88-91页 |
| 3.5.3 具有LSD三肽插入突变的突变株分析 | 第91-93页 |
| 3.5.4 病毒在不同复制环境下LTR的变化 | 第93-96页 |
| 3.6 ALV-J在药物选择压下的变异及耐药性的产生机制研究 | 第96-106页 |
| 3.6.1 DF-1细胞安全药物浓度确定与AZT对ALV在DF-1细胞复制的抑制作用 | 第96-97页 |
| 3.6.2 ALV在AZT药物选择压下耐药性的形成 | 第97页 |
| 3.6.3 pol基因高通量测序数据分析 | 第97-103页 |
| 3.6.4 rSDAU1005株pol基因点突变株的构建及其验证 | 第103-106页 |
| 4 讨论 | 第106-114页 |
| 4.1 ALV-J在同一鸡群不同个体内病毒的基因多样性 | 第106-107页 |
| 4.2 高通量测序与常规测序在ALV-J准种研究中的应用比较 | 第107-108页 |
| 4.3 高通量测序研究同一只鸡体不同脏器内ALV-J基因多样性 | 第108-109页 |
| 4.4 ALV-J在垂直传播过程中演变规律 | 第109页 |
| 4.5 高通量测序研究ALV-J在不同感染宿主系统内的演变动态 | 第109-111页 |
| 4.6 ALV-J在药物选择压下的变异及耐药性的产生机制 | 第111-114页 |
| 5 结论 | 第114-115页 |
| 6 参考文献 | 第115-126页 |
| 7 致谢 | 第126-127页 |
| 8 攻读学位期间发表论文 | 第127-129页 |
| 获奖情况 | 第129页 |
