| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 水稻种质创制概述 | 第12-15页 |
| 1.1.1 杂交育种 | 第12-13页 |
| 1.1.2 分子育种 | 第13-15页 |
| 1.2 第二代测序及数据分析 | 第15-17页 |
| 1.2.1 全基因组重测序 | 第16页 |
| 1.2.2 转录组测序 | 第16-17页 |
| 1.2.3 生物信息学分析 | 第17页 |
| 1.3 论文研究的内容和意义 | 第17-18页 |
| 1.4 创新点 | 第18-20页 |
| 第二章 材料和方法 | 第20-26页 |
| 2.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.2 实验仪器及实验试剂 | 第20-21页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第20页 |
| 2.2.2 主要实验试剂 | 第20-21页 |
| 2.3 实验方法 | 第21-22页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第21页 |
| 2.3.2 DNA质量检测 | 第21页 |
| 2.3.3 提取DNA分装 | 第21-22页 |
| 2.3.4 突变位点检测 | 第22页 |
| 2.4 基因组和转录组测序分析 | 第22-24页 |
| 2.4.1 基因组测序 | 第22-23页 |
| 2.4.2 转录组测序 | 第23页 |
| 2.4.3 数据分析 | 第23-24页 |
| 2.5 蛋白结构预测分析 | 第24页 |
| 2.6 激素信号转导通路分析 | 第24-26页 |
| 第三章 结果与分析 | 第26-56页 |
| 3.1 R91变异株系遗传性状 | 第26-27页 |
| 3.2 全基因组重测序 | 第27-28页 |
| 3.2.1 全基因组重测序质量 | 第27页 |
| 3.2.2 重测序结果与参考基因组比对 | 第27-28页 |
| 3.3 R91特有SNP突变分析 | 第28-34页 |
| 3.3.1 SNP突变位点在水稻染色体分布 | 第28-29页 |
| 3.3.2 SNP突变碱基置换类型 | 第29-30页 |
| 3.3.3 SNP突变位点临侧碱基 | 第30页 |
| 3.3.4 基因关键位点SNP突变 | 第30-32页 |
| 3.3.5 部分SNP突变检测 | 第32页 |
| 3.3.6 已知功能基因及上下游SNP突变 | 第32-34页 |
| 3.3.7 已知功能基因及上下游SNP突变检测 | 第34页 |
| 3.4 R91特有InDel突变分析 | 第34-42页 |
| 3.4.1 R91特有InDel突变位点在水稻染色体上分布 | 第34-35页 |
| 3.4.2 基因关键位点InDel突变的碱基数目 | 第35-36页 |
| 3.4.3 基因关键位点InDel突变类型 | 第36页 |
| 3.4.4 部分InDel突变检测 | 第36-40页 |
| 3.4.5 已知功能基因及上下游InDel突变 | 第40-41页 |
| 3.4.6 已知功能基因及上下游InDel突变检测 | 第41-42页 |
| 3.5 转录组测序分析 | 第42-48页 |
| 3.5.1 转录组测序数据质量分析 | 第42-43页 |
| 3.5.2 R91与日本晴相关性检验 | 第43页 |
| 3.5.3 突变位点对基因表达的影响 | 第43-48页 |
| 3.6 蛋白结构和功能预测分析 | 第48-53页 |
| 3.6.1 Os01g0686200基因编码蛋白分析 | 第48-51页 |
| 3.6.2 Os05g0309000基因编码蛋白分析 | 第51-53页 |
| 3.7 R91乙烯和脱落酸激素信号转导通路分析 | 第53-56页 |
| 第四章 讨论 | 第56-60页 |
| 4.1 R91基因组突变分析 | 第56-57页 |
| 4.2 R91基因表达变化分析 | 第57页 |
| 4.3 R91中突变基因编码蛋白功能分析 | 第57-58页 |
| 4.4 R91中乙烯和脱落酸激素信号传递通路变化 | 第58-60页 |
| 第五章 结论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 附录 | 第68-88页 |
| 附录A 试剂盒提取基因组DNA方法 | 第68-69页 |
| 附录B 疑似插入到水稻中的玉米DNA序列 | 第69-71页 |
| 附录C 已验证出突变位点PCR引物 | 第71页 |
| 附录D 突变前后编码蛋白序列 | 第71-88页 |
| 致谢 | 第88-90页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第90-91页 |
