| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第9-15页 |
| 1.1 哺乳动物早期胚胎发育简介 | 第9-10页 |
| 1.2 lncRNA研究简介 | 第10-13页 |
| 1.3 单细胞转录组测序及分析简介 | 第13-15页 |
| 第2章 材料与方法 | 第15-35页 |
| 2.1 数据来源 | 第15-16页 |
| 2.2 前期数据处理工具简介 | 第16-22页 |
| 2.2.1 数据转化工具——SRA Toolkit | 第16-17页 |
| 2.2.2 数据比对与转录物组装及合并工具 | 第17-22页 |
| 2.3 编码能力预测程序及序列比对程序 | 第22-24页 |
| 2.3.1 编码能力预测程序——CPC、CPAT | 第22-23页 |
| 2.3.2 序列比对程序——Blastx | 第23-24页 |
| 2.4 后期共表达网络分析及画图工具——R语言 | 第24-26页 |
| 2.4.1 R语言的历史来源 | 第24-25页 |
| 2.4.2 R语言的功能和扩展 | 第25页 |
| 2.4.3 WGCNA分析 | 第25-26页 |
| 2.5 数据分析流程 | 第26-35页 |
| 2.5.1 新lncRNA的预测流程 | 第28-32页 |
| 2.5.2 样本间聚类、相关性和PCA分析流程 | 第32-33页 |
| 2.5.3 WGCNA分析流程 | 第33-34页 |
| 2.5.4 功能富集分析流程 | 第34-35页 |
| 第3章 结果与分析 | 第35-85页 |
| 3.1 单细胞RNA-SEQ数据预测新的lncRNA结果 | 第35-36页 |
| 3.2 利用表达谱数据聚类结果 | 第36-46页 |
| 3.2.1 已知基因表达谱聚类结果 | 第37-38页 |
| 3.2.2 新lncRNA表达谱聚类结果 | 第38-40页 |
| 3.2.3 已知基因与新lncRNA合并后聚类结果 | 第40-41页 |
| 3.2.4 已知基因、新lncRNA及二者合并后聚类结果的比较 | 第41-46页 |
| 3.3 样本间相关性分析结果 | 第46-50页 |
| 3.3.1 已知基因表达谱检测样本间相关性 | 第46-47页 |
| 3.3.2 新lncRNA表达谱检测样本间相关性 | 第47-49页 |
| 3.3.3 已知基因与新lncRNA合并后的表达谱检测样本间相关性 | 第49-50页 |
| 3.4 主成分分析（PCA）结果 | 第50-54页 |
| 3.4.1 已知基因PCA分析结果 | 第50-51页 |
| 3.4.2 新lncRNA的PCA分析结果 | 第51-52页 |
| 3.4.3 已知基因与新lncRNA合并PCA分析结果 | 第52-54页 |
| 3.5 WGCNA分析结果 | 第54-85页 |
| 3.5.1 WGCNA的阈值设定及拓扑重叠矩阵（TOM）结果 | 第54-56页 |
| 3.5.2 WGCNA识别基因模块（Gene Modules）结果 | 第56-57页 |
| 3.5.3 Module与样本特征（Trait）相关性结果 | 第57-61页 |
| 3.5.4 六个特征Module的统计结果 | 第61-68页 |
| 3.5.5 基因在Module内的相关性与Module membership对比 | 第68-70页 |
| 3.5.6 六个特征Module的共表达网络结果 | 第70-72页 |
| 3.5.7 六个特征Module基因的功能富集分析结果 | 第72-85页 |
| 第4章 讨论 | 第85-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-93页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第93页 |
