| 博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| Abbreviation | 第11-13页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第13-35页 |
| 1.1 COTTON CROP | 第13-14页 |
| 1.1.1 World Production | 第13页 |
| 1.1.2 Growth | 第13-14页 |
| 1.2 HISTORY AND TAXONOMY | 第14-17页 |
| 1.2.1 Cotton Evolution and Polyploidization | 第15-17页 |
| 1.3 COTTON MOLECULAR BREEDING AND GENETICS | 第17-18页 |
| 1.4 MOLECULAR MARKERS IN COTTON | 第18-25页 |
| 1.4.1 Role of DNA Markers Techniques in Cotton | 第19-25页 |
| 1.4.1.1 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) | 第20页 |
| 1.4.1.2 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) | 第20-25页 |
| 1.4.1.2.1 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) | 第21页 |
| 1.4.1.2.2 Simple Sequence Repeats (SSR) | 第21-22页 |
| 1.4.1.2.3 Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) | 第22页 |
| 1.4.1.2.4 Sequence Related Amplified Polymorphism (SRAP) | 第22-23页 |
| 1.4.1.2.5 Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) | 第23-25页 |
| 1.4.1.2.6 Important Features of Different Molecular Markers | 第25页 |
| 1.5 GENETIC MAPPING | 第25-34页 |
| 1.5.1 Pre-Requisites for Genetic Maps | 第26-32页 |
| 1.5.1.2 Mapping Population | 第26-32页 |
| 1.5.1.2.3 Selection of molecular markers for mapping | 第28-29页 |
| 1.5.1.2.4 Polymorphism screening and genotyping of the mapping population | 第29页 |
| 1.5.1.2.5 Construction of Map and Linkage analyses | 第29-30页 |
| 1.5.1.2.6 Test for segregation distortion | 第30页 |
| 1.5.1.2.7 Establishing linkage groups | 第30-31页 |
| 1.5.1.2.8 Determining map distance and locus order | 第31-32页 |
| 1.5.2 Cotton Genetic Linkage Maps | 第32-34页 |
| 1.6 OBJECTIVES OF THE STUDY | 第34-35页 |
| CHAPTER 2 MATERIAL AND METHODS | 第35-48页 |
| 2.1 PLANT MATERIALS | 第35页 |
| 2.1.1 Selection of Parents | 第35页 |
| 2.1.2 Population Development | 第35页 |
| 2.2 PLANT GENOMIC DNA EXTRACTION | 第35-37页 |
| 2.2.1 Reagents and Stock solutions Requirement | 第35-36页 |
| 2.2.1.1 CTAB DNA Extraction Buffer | 第35-36页 |
| 2.2.1.2 1M Tris-HCL | 第36页 |
| 2.2.1.3 0.5MEDTA(pH8.0) | 第36页 |
| 2.2.2 DNA extraction procedure | 第36-37页 |
| 2.3 DNA QUANTIFICATION | 第37-39页 |
| 2.3.1 Agarose gel electrophoresis | 第37-38页 |
| 2.3.1.1 0.5 XTBE buffer (Tris-Borate-EDTA) | 第37页 |
| 2.3.1.2 Composition of 0.8% Agarose Gel | 第37-38页 |
| 2.3.1.3 Procedure of Agarose Gel | 第38页 |
| 2.3.1.4 DNA Visualization | 第38页 |
| 2.3.2 UV Spectrophotometer | 第38-39页 |
| 2.4 PCR PRIMERS AND ASSAYS | 第39-42页 |
| 2.4.1 PCR Mixture | 第39页 |
| 2.4.2 Configuration of PCR Program | 第39页 |
| 2.4.3 Poly Acrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) | 第39-42页 |
| 2.4.3.1 Stock Solution Requirement | 第40-41页 |
| 2.4.3.2 Preparation for PAGE | 第41页 |
| 2.4.3.3 Loading and Running of Gel | 第41页 |
| 2.4.3.4 Silver Staining Procedure | 第41-42页 |
| 2.5 SSR PRIMERS USED IN THIS RESEARCH | 第42-43页 |
| 2.5.1 PARENTAL SCREENING | 第43页 |
| 2.5.2 POPULATION SCREENING WITH SELECTED SSR PRIMER PAIRS | 第43页 |
| 2.6 GENOTYPING/MARKER DATA ACQUISITION | 第43-44页 |
| 2.6.1 GEL SCORING | 第43-44页 |
| 2.6.2 POLYMORPHIC PRIMER IDENTIFICATION | 第44页 |
| 2.7 STATISTICAL ANALYSIS | 第44-48页 |
| 2.7.1 MAP CONSTRUCTION | 第44-45页 |
| 2.7.2 Coding | 第45页 |
| 2.7.3 Data analysis on Join Map 4.0 | 第45-48页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第48-64页 |
| 3.1 PARENTAL SCREENING AND POLYMORPHISM RATIO | 第48-49页 |
| 3.2 F_1 CONFIRMATION(CRI 12-2X G.MUSTELINUM) | 第49-50页 |
| 3.3 DNA EXTRACTION AND QUANTIFICATION OF F_2 | 第50页 |
| 3.4 POPULATION GENOTYPING | 第50-51页 |
| 3.5 GENETIC MAP | 第51页 |
| 3.6 MAIN FEATURES OF GENETIC MAP | 第51-52页 |
| 3.7 STRUCTURE CHARACTERIZATION OF LINKAGE MAP | 第52-53页 |
| 3.8 DUPLICATON,AND REARRANGEMENT IN COTTON | 第53-64页 |
| CHAPTER4 DISCUSSION | 第64-69页 |
| 4.1 SELECTION OF MAPPING POPULATION | 第64-66页 |
| 4.1.1 SELECTION OF PARENT MATERIAL | 第64-65页 |
| 4.1.2 CHOICE OF MAPPING POPULATION | 第65页 |
| 4.1.3 POPULATION SIZE | 第65-66页 |
| 4.2 SELECTION OF MOLECULA MARKERS | 第66页 |
| 4.3 SEGREGATION DISTORTION REGIONS ARE ASSOCIATED TO COTTON EVOLUTION | 第66-67页 |
| 4.4 APPLICABILITY OF SSR BASED HIGH DENSITY GENETIC MAP TO BREEDING | 第67-69页 |
| CONCLUSION | 第69-71页 |
| REFERENCES | 第71-81页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第81-83页 |
| CURRICULUM VITAE | 第83页 |
