| 摘要 | 第8-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 目录 | 第11-14页 |
| 插图索引 | 第14-17页 |
| 表格索引 | 第17-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-30页 |
| 1.1 系统生物学简介 | 第18页 |
| 1.2 生物学基本概念 | 第18-24页 |
| 1.2.1 细胞 | 第18-20页 |
| 1.2.2 脱氧核糖核酸 | 第20-22页 |
| 1.2.3 核糖核酸 | 第22-23页 |
| 1.2.4 蛋白质 | 第23页 |
| 1.2.5 中心法则 | 第23-24页 |
| 1.3 高通量的“组学” | 第24-26页 |
| 1.3.1 基因组 | 第25-26页 |
| 1.3.2 转录组 | 第26页 |
| 1.3.3 蛋白组 | 第26页 |
| 1.4 分子相互作用网络 | 第26-28页 |
| 1.4.1 转录调控网络 | 第27页 |
| 1.4.2 蛋白相互作用网络 | 第27-28页 |
| 1.4.3 代谢网络和信号网络 | 第28页 |
| 1.5 前景 | 第28-30页 |
| 第二章 基于蛋白质相互作用网络的禾谷镰刀菌致病基因预测 | 第30-62页 |
| 2.1 引言 | 第30-32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-40页 |
| 2.2.1 基因表达数据 | 第32-33页 |
| 2.2.2 差异表达基因检测 | 第33-34页 |
| 2.2.3 致病基因网络识别 | 第34-36页 |
| 2.2.4 禾谷镰刀菌致病基因的排序 | 第36-37页 |
| 2.2.5 禾谷镰刀菌致病网络的属性 | 第37-38页 |
| 2.2.6 识别直系同源基因 | 第38页 |
| 2.2.7 预测结果的统计分析 | 第38-40页 |
| 2.3 结果 | 第40-59页 |
| 2.3.1 禾谷镰刀菌的致病基因模块 | 第40-50页 |
| 2.3.2 致病基因模块的验证 | 第50-59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-62页 |
| 第三章 基于差异的分子相互作用的复杂疾病相关基因 | 第62-82页 |
| 3.1 引言 | 第62-63页 |
| 3.2 材料与方法 | 第63-68页 |
| 3.2.1 基因表达谱与蛋白相互作用 | 第63-65页 |
| 3.2.2 差异相互作用以及潜在疾病基因的识别 | 第65页 |
| 3.2.3 预测疾病基因生物标记性质的检验 | 第65-67页 |
| 3.2.4 预测疾病基因准确性检验 | 第67-68页 |
| 3.2.5 预测癌症基因的临床相关性 | 第68页 |
| 3.3 结果 | 第68-78页 |
| 3.3.1 差异的相互作用与胃癌相关基因 | 第68-72页 |
| 3.3.2 预测的胃癌相关基因验证 | 第72-78页 |
| 3.4 讨论 | 第78-80页 |
| 3.5 结论 | 第80-82页 |
| 第四章 禾谷镰刀菌整合数据库的开发 | 第82-96页 |
| 4.1 引言 | 第82-84页 |
| 4.2 数据库概述 | 第84-85页 |
| 4.3 数据库内容 | 第85-94页 |
| 4.3.1 禾谷镰刀菌基因组 | 第85-86页 |
| 4.3.2 转录因子 | 第86-87页 |
| 4.3.3 禾谷镰刀菌的酶蛋白 | 第87-88页 |
| 4.3.4 禾谷镰刀菌的生物途径 | 第88页 |
| 4.3.5 禾谷镰刀菌的蛋白亚细胞定位 | 第88-89页 |
| 4.3.6 禾谷镰刀菌的同源基因和蛋白 | 第89-91页 |
| 4.3.7 蛋白-蛋白相互作用 | 第91-92页 |
| 4.3.8 禾谷镰刀菌的致病基因 | 第92-93页 |
| 4.3.9 实例研究：致病基因的性质 | 第93-94页 |
| 4.4 结论 | 第94-96页 |
| 第五章 总结和展望 | 第96-98页 |
| 5.1 总结 | 第96-97页 |
| 5.2 展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-104页 |
| 攻读博士学位期间完成的工作 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106页 |