| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 课题来源及研究的目的和意义 | 第10页 |
| 1.2 表观遗传学简介 | 第10-12页 |
| 1.2.1 表观遗传机制 | 第11页 |
| 1.2.2 基因组 DNA 甲基化修饰 | 第11-12页 |
| 1.3 计算表观遗传学 | 第12-14页 |
| 1.3.1 计算表观遗传学发展现状 | 第12-13页 |
| 1.3.2 第二代测序技术在计算表观遗传学中的应用 | 第13-14页 |
| 1.4 简约重亚硫酸盐测序技术 | 第14-15页 |
| 1.5 全基因组 DNA 甲基化模式最新研究进展 | 第15-16页 |
| 1.6 本课题的主要研究内容 | 第16页 |
| 1.7 本章小结 | 第16-17页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第17-20页 |
| 2.1 实验材料 | 第17页 |
| 2.1.1 人类和小鼠的甲基化数据 | 第17页 |
| 2.1.2 基因表达数据 | 第17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-20页 |
| 2.2.1 实验所用软件和网站 | 第17-18页 |
| 2.2.2 CpG位点的基因组分类 | 第18页 |
| 2.2.3 筛选差异基因组 DNA 甲基化修饰的方法 | 第18-19页 |
| 2.2.4 样本间保守性的研究方法 | 第19页 |
| 2.2.5 基因的功能注释 | 第19-20页 |
| 第3章 人类与小鼠全基因组的甲基化模式 | 第20-33页 |
| 3.1 引言 | 第20页 |
| 3.2 人类与小鼠全基因组位点甲基化模式分析 | 第20-24页 |
| 3.2.1 人类与小鼠全基因组位点甲基化水平的获得 | 第20-21页 |
| 3.2.2 人类与小鼠全基因组位点甲基化水平在不同基因组功能区域中的研究 | 第21-23页 |
| 3.2.3 在人类与小鼠各基因组区域中不同细胞组织类型间 CpG 位点甲基化模式的研究 | 第23-24页 |
| 3.3 人类与小鼠全基因组区域甲基化模式分析 | 第24-26页 |
| 3.3.1 人类与小鼠全基因组区域甲基化水平的获得 | 第24页 |
| 3.3.2 人类与小鼠全基因组区域甲基化水平的研究 | 第24-26页 |
| 3.4 甲基化模式的保守性分析 | 第26-29页 |
| 3.4.1 同一物种内不同细胞组织甲基化模式的保守性分析 | 第26页 |
| 3.4.2 人类与小鼠同源基因甲基化水平的获得 | 第26-27页 |
| 3.4.3 来自不同物种的相同细胞组织类型甲基化模式的保守性分析 | 第27-28页 |
| 3.4.4 人类与小鼠所有细胞组织类型的非监督层次聚类 | 第28-29页 |
| 3.5 本章讨论 | 第29-32页 |
| 3.6 本章小结 | 第32-33页 |
| 第4章 人类与小鼠差异甲基化位点和区域的研究 | 第33-44页 |
| 4.1 引言 | 第33页 |
| 4.2 相同物种不同组织间 CpG 位点甲基化修饰差异性的定量研究 | 第33-36页 |
| 4.2.1 组织间 CpG 位点甲基化差异性熵值的获得 | 第33-34页 |
| 4.2.2 人类与小鼠组织间 CpG 位点差异甲基化的模式 | 第34-36页 |
| 4.3 相同物种不同组织间基因区域甲基化修饰差异性的定量研究 | 第36页 |
| 4.4 组织间差异甲基化 CpG 位点及基因区域的研究 | 第36-41页 |
| 4.4.1 组织间差异甲基化 CpG 位点及基因区域的获得 | 第36-38页 |
| 4.4.2 差异甲基化 CpG 位点在基因组上的分布 | 第38-39页 |
| 4.4.3 差异甲基化和一致甲基化 CpG 位点和基因区域在各基因组分区中的分布 | 第39-41页 |
| 4.5 物种间甲基化变异程度的保守性分析 | 第41页 |
| 4.6 本章讨论 | 第41-43页 |
| 4.7 本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 甲基化与基因表达及功能研究 | 第44-50页 |
| 5.1 引言 | 第44页 |
| 5.2 基因组 DNA 甲基化修饰与基因表达的研究 | 第44-45页 |
| 5.3 组织间差异甲基化基因的功能研究 | 第45-46页 |
| 5.4 本章讨论 | 第46-49页 |
| 5.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 结论 | 第50页 |
| 展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
