| 致谢 | 第6-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 缩略语表 | 第16-18页 |
| 目录 | 第18-21页 |
| 1 绪论 | 第21-45页 |
| 1.1 基因组学研究 | 第22-32页 |
| 1.1.1 遗传图谱构建 | 第22-23页 |
| 1.1.2 物理图谱构建及应用 | 第23-24页 |
| 1.1.3 全基因组序列测定 | 第24-25页 |
| 1.1.4 重要性状基因的定位 | 第25-27页 |
| 1.1.5 转录组文库构建 | 第27-29页 |
| 1.1.6 分子标记在桃资源评价方面的应用 | 第29-32页 |
| 1.1.7 分子标记辅助选择育种(MAS) | 第32页 |
| 1.2 全基因组关联分析 | 第32-36页 |
| 1.2.1 连锁不平衡的原理及方法 | 第32-33页 |
| 1.2.2 关联分析的方法及应用 | 第33-35页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析在桃树上的应用前景 | 第35-36页 |
| 1.3 桃种质资源概况 | 第36-41页 |
| 1.3.1 我国桃种质资源地理分布及多样性 | 第36-38页 |
| 1.3.2 日本桃种质资源 | 第38-39页 |
| 1.3.3 西班牙桃品种资源 | 第39-40页 |
| 1.3.4 意大利桃育种项目 | 第40-41页 |
| 1.4 SNP分子标记技术的发展及分型方法 | 第41-44页 |
| 1.4.1 单核甘酸多态性SNP的概念 | 第41页 |
| 1.4.2 SNP分型方法 | 第41-42页 |
| 1.4.3 数字基因表达谱 | 第42-44页 |
| 立体依据与主要内容 | 第44-45页 |
| 2 桃种质资源遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析 | 第45-64页 |
| 2.1 材料和方法 | 第45-48页 |
| 2.1.1 植物材料和模板DNA提取 | 第45-46页 |
| 2.1.2 引物来源 | 第46页 |
| 2.1.3 PCR反应体系和程序 | 第46-48页 |
| 2.2 数据分析 | 第48-49页 |
| 2.2.1 遗传多样性和聚类分析 | 第48页 |
| 2.2.2 群体结构 | 第48-49页 |
| 2.2.3 连锁不平衡分析 | 第49页 |
| 2.3 结果 | 第49-59页 |
| 2.3.1 SSR标记的遗传多样性 | 第49-52页 |
| 2.3.2 聚类分析 | 第52-54页 |
| 2.3.3 群体结构分析 | 第54-56页 |
| 2.3.4 连锁不平衡 | 第56-59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-63页 |
| 2.4.1 SSR多态性及种质资源遗传多样性 | 第59-60页 |
| 2.4.2 聚类分析 | 第60-61页 |
| 2.4.3 群体结构 | 第61-62页 |
| 2.4.4 连锁不平衡分析 | 第62-63页 |
| 2.5 小结 | 第63-64页 |
| 3 桃品种特异性荧光SSR分子标记数据库建立及应用 | 第64-82页 |
| 3.1 材料与方法 | 第64-66页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第64-65页 |
| 3.1.2 DNA提取 | 第65页 |
| 3.1.3 引物选择及PCR扩增 | 第65页 |
| 3.1.4 数据分析 | 第65-66页 |
| 3.2 结果 | 第66-67页 |
| 3.2.1 15个标记的多态信息含量分析 | 第66-67页 |
| 3.2.2 指纹图谱构建 | 第67页 |
| 3.3 荧光分子标记数据库的应用 | 第67-70页 |
| 3.3.1 品种鉴定中的应用 | 第67-69页 |
| 3.3.2 系谱鉴定中的应用 | 第69-70页 |
| 3.4 讨论 | 第70-72页 |
| 3.4.1 数据准确性 | 第70页 |
| 3.4.2 15对SSR标记的遗传多样性及鉴定能力评价 | 第70-72页 |
| 3.5 结论 | 第72-74页 |
| 附表 | 第74-82页 |
| 4 高密度SNP芯片在桃群体结构及性状关联分析中的应用 | 第82-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第82-85页 |
| 4.1.1 植物材料及性状统计 | 第82-83页 |
| 4.1.2 桃基因组DNA提取 | 第83-84页 |
| 4.1.3 SNP芯片构建 | 第84页 |
| 4.1.4 数据分析 | 第84-85页 |
| 4.2 结果 | 第85-89页 |
| 4.2.1 SNP基因分型结果 | 第85-86页 |
| 4.2.2 聚类分析及群体结构分析 | 第86-88页 |
| 4.2.3 关联分析 | 第88-89页 |
| 4.3 讨论 | 第89-90页 |
| 4.4 小结 | 第90-91页 |
| 5 不同成熟期与不同桃品种果实表达谱构建 | 第91-117页 |
| 5.1 植物材料及方法 | 第92-100页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第92-93页 |
| 5.1.2 香气成分的测定方法 | 第93-94页 |
| 5.1.3 总RNA提取及cDNA合成 | 第94页 |
| 5.1.4 引物设计及qRT-PCR验证 | 第94-97页 |
| 5.1.5 数字表达谱的构建 | 第97-100页 |
| 5.2 结果 | 第100-113页 |
| 5.2.1 DGE测序数据质量评估及参考基因组比对分析 | 第100-102页 |
| 5.2.2 基因表达水平分析 | 第102-103页 |
| 5.2.3 差异表达基因Gene Ontology及KEGG富集分析 | 第103-104页 |
| 5.2.4 ‘湖景蜜露’不同成熟期DEGs分析 | 第104-106页 |
| 5.2.5 不同桃品种间差异表达基因分析 | 第106-107页 |
| 5.2.6 qRT-PCR验证RNA-seq结果 | 第107-109页 |
| 5.2.7 差异表达基因的聚类分析 | 第109-112页 |
| 5.2.8 桃成熟过程及不同品种桃香气成分的测定 | 第112-113页 |
| 5.3 讨论 | 第113-116页 |
| 5.3.1 基于RNA-seq的数字基因表达谱的构建 | 第113-114页 |
| 5.3.2 与内酯类物质合成相关的差异表达基因 | 第114-115页 |
| 5.3.3 与果实软化相关的差异表达基因 | 第115-116页 |
| 5.4 小结 | 第116-117页 |
| 6 小结与展望 | 第117-119页 |
| 附表 | 第119-143页 |
| 参考文献 | 第143-156页 |
| 作者简历及在学期间取得的科研成果 | 第156页 |
