| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第1章 前言 | 第7-28页 |
| 1.1 大豆基因组 | 第7-12页 |
| 1.1.1 栽培大豆基因组 | 第7-9页 |
| 1.1.2 野生大豆基因组 | 第9-11页 |
| 1.1.3 31个大豆的全基因组重测序 | 第11-12页 |
| 1.2 驯化和育种对大豆的影响 | 第12-20页 |
| 1.2.1 作物的驯化和育种 | 第12-15页 |
| 1.2.2 驯化和育种对大豆表型的影响 | 第15-18页 |
| 1.2.3 驯化和育种对大豆遗传多样性的影响 | 第18-20页 |
| 1.3 驯化和育种相关基因的分离鉴定 | 第20-25页 |
| 1.3.1 QTL作图和关联作图 | 第21-23页 |
| 1.3.2 分子群体遗传分析 | 第23-25页 |
| 1.4 大豆的进化与起源 | 第25-27页 |
| 1.5 本研究的内容、目的和意义 | 第27-28页 |
| 第2章 材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.1 实验材料及其基因组DNA | 第28-30页 |
| 2.1.1 实验材料的选取与种植 | 第28-29页 |
| 2.1.2 基因组DNA的提取与检测 | 第29-30页 |
| 2.2 功能基因的筛选、PCR扩增及测序 | 第30-32页 |
| 2.3 数据分析 | 第32-35页 |
| 2.3.1 SNPs的挖掘与分析 | 第32页 |
| 2.3.2 单核苷酸多态性分析 | 第32-33页 |
| 2.3.3 群体间遗传分化Fst的估计 | 第33-34页 |
| 2.3.4 驯化和育种相关基因的鉴定 | 第34页 |
| 2.3.5 系统发育及连锁不平衡分析 | 第34-35页 |
| 第3章 结果与分析 | 第35-59页 |
| 3.1 大豆驯化和育种过程中的单核苷酸多态性变化 | 第35-48页 |
| 3.1.1 SNP位点数目 | 第35-37页 |
| 3.1.2 次等位基因频谱 | 第37-39页 |
| 3.1.3 SNP频率 | 第39-42页 |
| 3.1.4 不同染色体上的SNP频率 | 第42-48页 |
| 3.2 Fst_outlier筛选驯化和育种相关候选基因 | 第48-55页 |
| 3.2.1 群体间遗传分化Fst | 第48-50页 |
| 3.2.2 驯化和育种相关候选基因 | 第50-53页 |
| 3.2.3 候选基因的GO功能分类 | 第53-55页 |
| 3.3 大豆的系统发育(Phylogeny)分析 | 第55-58页 |
| 3.4 大豆的连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)分析 | 第58-59页 |
| 第4章 讨论 | 第59-62页 |
| 4.1 驯化和育种过程中的大豆单核苷酸多态性 | 第59-60页 |
| 4.2 驯化和育种相关候选基因的可能作用 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-72页 |
| 附录 | 第72-82页 |