| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第10-19页 |
| 1.1 乙型肝炎病毒相关性肝癌 | 第10-11页 |
| 1.2 基因芯片与生物信息学 | 第11-13页 |
| 1.2.1 基因芯片技术现状 | 第11-13页 |
| 1.2.2 数据库与芯片平台 | 第13页 |
| 1.2.3 生物信息学简介 | 第13页 |
| 1.3 调控网络的构建 | 第13-17页 |
| 1.3.1 基因调控网络 | 第13-14页 |
| 1.3.2 WGCNA构建网络 | 第14-16页 |
| 1.3.3 基因富集分析（Gene Ontology） | 第16-17页 |
| 1.4 RNA干扰技术 | 第17页 |
| 1.5 本课题研究意义 | 第17-19页 |
| 第2章 HBV相关性肝癌组织基因表达谱的数据分析 | 第19-28页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第19-27页 |
| 2.2.1 基因芯片数据库GEO | 第19-20页 |
| 2.2.2 基因芯片平台GPL16699 | 第20页 |
| 2.2.3 数据集（GSE47197）来源及相关材料 | 第20-25页 |
| 2.2.4 python语言 | 第25页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第25-26页 |
| 2.2.6 构建样本表达谱矩阵文件 | 第26-27页 |
| 2.2.7 差异分析方法 | 第27页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第27-28页 |
| 第3章 HBV诱导的肝癌共表达基因模块和网络构建 | 第28-50页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 材料与方法 | 第28-30页 |
| 3.2.1 R及扩展包安装 | 第28-29页 |
| 3.2.2 WGCNA包的配置 | 第29页 |
| 3.2.3 WGCNA分析原理 | 第29页 |
| 3.2.4 网络可视化 | 第29-30页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第30-49页 |
| 3.3.1 去除离群样本 | 第31-36页 |
| 3.3.2 确定构建网络的参数 | 第36-37页 |
| 3.3.3 基因共表达模块分析 | 第37-39页 |
| 3.3.4 HBV诱导的肝癌模块关联度分析 | 第39-44页 |
| 3.3.5 网络可视化及枢纽基因 | 第44-49页 |
| 3.4 小结 | 第49-50页 |
| 第4章 HBV诱导的肝癌组织基因功能分析 | 第50-62页 |
| 4.1 引言 | 第50页 |
| 4.2 材料与方法 | 第50-54页 |
| 4.2.1 差异基因GO富集分析 | 第50-52页 |
| 4.2.2 差异基因通路分析 | 第52-54页 |
| 4.2.3 枢纽基因相对表达分析 | 第54页 |
| 4.2.4 枢纽基因文献挖掘 | 第54页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第54-60页 |
| 4.3.1 肝癌差异表达基因的GO本体分析结果 | 第54-56页 |
| 4.3.2 肝癌差异表达基因的通路分析结果 | 第56-57页 |
| 4.3.3 枢纽基因的相对表达结果 | 第57-59页 |
| 4.3.4 枢纽基因文献挖掘结果 | 第59-60页 |
| 4.4 小结 | 第60-62页 |
| 第5章 枢纽基因SHARPIN的功能研究 | 第62-83页 |
| 5.1 引言 | 第62页 |
| 5.2 材料 | 第62-64页 |
| 5.2.1 实验所用细胞和质粒 | 第62-63页 |
| 5.2.2 试剂、耗材及仪器设备 | 第63-64页 |
| 5.2.3 抗生素 | 第64页 |
| 5.3 实验方法 | 第64-75页 |
| 5.3.1 细胞Total RNA的提取 | 第65页 |
| 5.3.2 基因组cDNA的制备 | 第65-66页 |
| 5.3.3 pc DNA3.1(+)空载质粒 | 第66页 |
| 5.3.4 插入片段PCR扩增 | 第66-68页 |
| 5.3.5 DNA片段双酶切 | 第68页 |
| 5.3.6 DNA片段回收纯化 | 第68页 |
| 5.3.7 DNA片段连接 | 第68页 |
| 5.3.8 质粒转化 | 第68-69页 |
| 5.3.9 重组质粒鉴定及测序分析 | 第69页 |
| 5.3.10 SHARPIN-shRNA的设计与构建 | 第69-72页 |
| 5.3.11 LipofectmineTM 2000 转染法 | 第72页 |
| 5.3.12 RT-PCR检测SHARPIN的表达量 | 第72-73页 |
| 5.3.13 细胞增殖-毒性检测（CCK-8 实验） | 第73-74页 |
| 5.3.14 Annexin V-FITC/PI检测细胞凋亡 | 第74页 |
| 5.3.15 划痕愈合实验测细胞迁移（定向迁移） | 第74页 |
| 5.3.16 统计学分析 | 第74-75页 |
| 5.4 实验结果与讨论 | 第75-80页 |
| 5.4.1 pc DNA3.1(+)-SHARPIN重组表达质粒鉴定 | 第75-76页 |
| 5.4.2 真核表达重组质粒测序分析 | 第76-77页 |
| 5.4.3 SHARPIN-sh RNA的鉴定及测序分析 | 第77页 |
| 5.4.4 荧光定量PCR检测SHARPIN基因的表达 | 第77-78页 |
| 5.4.5 CCK-8 法检测HepG2的生长曲线 | 第78-79页 |
| 5.4.6 划痕试验分析 | 第79-80页 |
| 5.4.7 细胞凋亡检测 | 第80页 |
| 5.5 讨论 | 第80-83页 |
| 第6章 总结与展望 | 第83-85页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第83页 |
| 6.2 未来工作展望 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 附图 | 第86-94页 |
| 附录 | 第94-100页 |
| 参考文献 | 第100-106页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文 | 第106-107页 |
| 硕士学位论文信息备案表 | 第107页 |
