| 摘要 | 第10-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 缩略词 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-29页 |
| 1.1 道地性药材概述 | 第14页 |
| 1.2 金银花研究背景 | 第14-15页 |
| 1.3 中药材传统鉴定技术手段 | 第15-17页 |
| 1.3.1 性状鉴别 | 第15-16页 |
| 1.3.2 显微鉴别 | 第16页 |
| 1.3.3 理化鉴别 | 第16页 |
| 1.3.4 基源鉴别 | 第16页 |
| 1.3.5 传统技术手段综合评价 | 第16-17页 |
| 1.4 中药材分子鉴定技术手段 | 第17页 |
| 1.5 miRNA简介 | 第17-23页 |
| 1.5.1 miRNA的发现和发展 | 第18-19页 |
| 1.5.2 植物miRNA的生物合成 | 第19页 |
| 1.5.3 miRNA作为分子标记的优势 | 第19页 |
| 1.5.4 植物miRNA作用机制 | 第19-20页 |
| 1.5.5 植物miRNA的识别及检测方法 | 第20页 |
| 1.5.6 实验检测方法 | 第20-21页 |
| 1.5.7 miRNA靶基因的预测与验证 | 第21-22页 |
| 1.5.8 功能性miRNA分子标记的寻找 | 第22-23页 |
| 1.6 单核苷酸多态性概况(SNP) | 第23-27页 |
| 1.6.1 SNP定义 | 第24页 |
| 1.6.2 SNP分类 | 第24-25页 |
| 1.6.3 SNP作为产地分子标记的优势 | 第25-26页 |
| 1.6.4 SNP在植物鉴定中的应用 | 第26-27页 |
| 1.7 研究的意义及目标 | 第27-29页 |
| 第二章 金银花样本miRNA高通量测序及生物信息学分析 | 第29-56页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-33页 |
| 2.1.1 植物材料的准备 | 第29-30页 |
| 2.1.2 RNA的分离,小RNA文库的构建 | 第30页 |
| 2.1.3 HiSeq深度测序 | 第30-31页 |
| 2.1.4 生物信息学分析 | 第31页 |
| 2.1.5 三个金银花样本之间的差异表达miRNA分析 | 第31-32页 |
| 2.1.6 预测新的miRNA | 第32页 |
| 2.1.7 miRNA的靶基因预测 | 第32-33页 |
| 2.1.8 预测靶基因GO聚类分析 | 第33页 |
| 2.2 结果与分析 | 第33-54页 |
| 2.2.1 小RNA序列分析 | 第33-35页 |
| 2.2.2 GeneBank库、Rfam库比对 | 第35-36页 |
| 2.2.3 miRNA鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2.4 各不同产地样本下公共和特有序列统计分析 | 第37-42页 |
| 2.2.5 miRNA碱基特性分析 | 第42-45页 |
| 2.2.6 差异表达分析 | 第45-50页 |
| 2.2.7 靶基因的发现及功能注释 | 第50-51页 |
| 2.2.8 差异表达miRNA靶基因的GO分类 | 第51-53页 |
| 2.2.9 差异miRNA靶基因的COG | 第53-54页 |
| 2.3 讨论 | 第54-56页 |
| 第三章 不同品种金银花在不同生长环境下miRNA最适内参基因的筛选 | 第56-71页 |
| 3.1 材料和方法 | 第57-61页 |
| 3.1.1 材料的准备 | 第57-58页 |
| 3.1.2 选择合适的内参基因与内参引物的设计 | 第58-60页 |
| 3.1.3 总RNA提取, miRNA的提取及cDNA的合成 | 第60页 |
| 3.1.4 内参基因荧光定量PCR分析 | 第60页 |
| 3.1.5 数据处理分析 | 第60-61页 |
| 3.2 结果与分析 | 第61-69页 |
| 3.2.1 PCR扩增效率及扩增特异性 | 第61页 |
| 3.2.2 内参基因的表达分析 | 第61-63页 |
| 3.2.3 GeNorm分析 | 第63-64页 |
| 3.2.4 GeNorm软件分析最佳的内参基因的数目 | 第64页 |
| 3.2.5 NormFinder软件分析 | 第64-66页 |
| 3.2.6 Best keeper软件分析 | 第66-68页 |
| 3.2.7 候选内参miRNA的验证 | 第68-69页 |
| 3.3 讨论 | 第69-71页 |
| 第四章 金银花miRNA及其靶基因的生物信息学预测和验证 | 第71-92页 |
| 4.1 材料与方法 | 第72-78页 |
| 4.1.1 植物材料的准备 | 第72页 |
| 4.1.2 相关数据库的获得 | 第72页 |
| 4.1.3 应用的软件 | 第72页 |
| 4.1.4 用生物信息学的方法预测金银花的miRNA及其靶基因 | 第72-73页 |
| 4.1.5 miRNA的提取与检测 | 第73页 |
| 4.1.6 用荧光定量PCR的方法检测金银花的miRNA | 第73-75页 |
| 4.1.7 miRNA靶基因的表达分析 | 第75-76页 |
| 4.1.8 用RLM-RACE的方法验证miRNA的靶基因 | 第76-78页 |
| 4.2 实验结果与分析 | 第78-89页 |
| 4.2.1 miRNA选取结果分析 | 第78-80页 |
| 4.2.2 miRNA前体结构分析 | 第80-82页 |
| 4.2.3 预测miRNA的靶基因功能及对应miRNA | 第82-84页 |
| 4.2.4 miRNA在北京红金银花、山东红金银花、山东金银花的差异表达 | 第84-85页 |
| 4.2.5 miRNA靶基因的验证和在金银花不同样本的表达 | 第85-86页 |
| 4.2.6 金银花miRNA和靶基因的鉴定 | 第86-89页 |
| 4.3 讨论 | 第89-92页 |
| 第五章 金银花SNP标记的生物信息学分析与开发 | 第92-110页 |
| 5.1 材料和方法 | 第92-96页 |
| 5.1.1 金银花样品采集 | 第92-94页 |
| 5.1.2 金银花总RNA提取 | 第94页 |
| 5.1.3 cDNA合成 | 第94-95页 |
| 5.1.4 金银花花蕾Illumina平台转录组测序 | 第95页 |
| 5.1.5 SNP位点的筛选及系统进化树分析 | 第95-96页 |
| 5.1.6 SNP引物设计与pcr扩增筛选 | 第96页 |
| 5.2 实验结果与分析 | 第96-107页 |
| 5.2.1 金银花RNA的提取 | 第96-97页 |
| 5.2.2 转录组结果分析 | 第97-100页 |
| 5.2.3 15个产地金银花SNP位点聚类分析 | 第100-101页 |
| 5.2.4 引物筛选及SNP位点验证 | 第101-107页 |
| 5.3 讨论 | 第107-110页 |
| 第六章 河南产地金银花鉴定方法的初步研究 | 第110-146页 |
| 6.1 材料与方法 | 第110-125页 |
| 6.1.1 样品采集 | 第110-112页 |
| 6.1.2 基因组DNA提取及质量检测 | 第112页 |
| 6.1.3 Miseq测序引物设计 | 第112-118页 |
| 6.1.4 Miseq测序引物PCR条件优化 | 第118-119页 |
| 6.1.5 Miseq测序质控流程 | 第119页 |
| 6.1.6 Miseq测序数据评估 | 第119-120页 |
| 6.1.7 特异性SNP引物筛选结果及系统进化树分析 | 第120页 |
| 6.1.8 SNP直接测序筛选 | 第120-122页 |
| 6.1.9 PCR鉴定方法的初步建立 | 第122-125页 |
| 6.1.10 序列验证及鉴别河南产地与其他产地 | 第125页 |
| 6.2 结果与分析 | 第125-146页 |
| 6.2.1 miseq测序总体结果 | 第125页 |
| 6.2.2 碱基测序质量分布 | 第125-126页 |
| 6.2.3 碱基类型分布 | 第126-127页 |
| 6.2.4 低质量数据过滤 | 第127-128页 |
| 6.2.5 数据质量评估 | 第128-129页 |
| 6.2.6 特异性引物的设计和筛选结果 | 第129-134页 |
| 6.2.7 特异性引物直接测序的二次筛选 | 第134-135页 |
| 6.2.8 位点特异性引物设计及pcr条件摸索结果 | 第135-138页 |
| 6.2.9 凝胶电泳鉴别河南产地与其他产地结果 | 第138-146页 |
| 讨论 | 第146-148页 |
| 全文结论 | 第148-151页 |
| 致谢 | 第151-153页 |
| 参考文献 | 第153-164页 |
| 个人简介 | 第164-166页 |
| 附图 | 第166-228页 |
