基于GPU的分子动力学模拟中电荷分布算法的研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-8页 |
| 1 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 分子动力学模拟 | 第8-9页 |
| 1.2 GPU通用计算 | 第9-11页 |
| 1.3 本文内容 | 第11-13页 |
| 2 CUDA编程模型 | 第13-20页 |
| 2.1 CUDA硬件结构 | 第13-15页 |
| 2.2 CUDA程序模型 | 第15-19页 |
| 2.2.1 线程组模型 | 第15-16页 |
| 2.2.2 CUDA存储模式 | 第16-18页 |
| 2.2.3 CUDA软件结构 | 第18-19页 |
| 2.3 CUDA与MPI结合 | 第19-20页 |
| 3 电荷分布模型 | 第20-24页 |
| 3.1 理论背景 | 第20-22页 |
| 3.1.1 常用的软件包 | 第20-21页 |
| 3.1.2 密度泛函理论和电负性均衡方法 | 第21-22页 |
| 3.2 ABEEMσπ电荷分布模型 | 第22-24页 |
| 4 ABEEMσπ模型电荷分布计算CUDA处理 | 第24-31页 |
| 4.1 电荷分布求解 | 第24-25页 |
| 4.2 MPI的电荷分布程序 | 第25-27页 |
| 4.3 CUDA程序实现 | 第27-31页 |
| 4.3.1 任务划分 | 第27-29页 |
| 4.3.2 程序实现 | 第29-31页 |
| 5 电荷分布计算CUDA算法优化 | 第31-36页 |
| 5.1 CUDA异步并发机制 | 第31-32页 |
| 5.2 任务并行 | 第32-33页 |
| 5.3 数据传输优化 | 第33-36页 |
| 5.3.1 数据传输与内核执行的并发 | 第33-34页 |
| 5.3.2 性能测试 | 第34-36页 |
| 6 模型应用与实验测试 | 第36-40页 |
| 6.1 ABEEMσn模型的应用 | 第36页 |
| 6.2 实验测试与结果分析 | 第36-40页 |
| 7 总结 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-47页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48页 |
