| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第11-20页 |
| 1.1 中国鲎简介 | 第11-12页 |
| 1.1.1 中国鲎资源分布和现状 | 第11页 |
| 1.1.2 中国鲎胚胎发育和幼体发育 | 第11-12页 |
| 1.2 miRNA的发现、发生和功能 | 第12-15页 |
| 1.2.1 miRNA的发现 | 第12-13页 |
| 1.2.2 miRNA的生物发生 | 第13-14页 |
| 1.2.3 miRNA的作用机制 | 第14页 |
| 1.2.4 miRNA的生物学功能 | 第14-15页 |
| 1.3 miRNA研究方法 | 第15-17页 |
| 1.3.1 miRNA传统研究方法 | 第15-16页 |
| 1.3.2 高通量测序技术在miRNA研究中的应用 | 第16页 |
| 1.3.3 miRNA靶基因的识别鉴定 | 第16-17页 |
| 1.3.4 生物信息学方法预测miRNA靶基因 | 第17页 |
| 1.4 miRNA与动物生长发育 | 第17-19页 |
| 1.4.1 miRNA在早期胚胎发育中的作用 | 第17-18页 |
| 1.4.2 miRNA在脑及神经发育过程中的作用 | 第18页 |
| 1.4.3 miRNA在心脏发育过程中的作用 | 第18页 |
| 1.4.4 miRNA在肌肉及骨骼发育过程中的作用 | 第18-19页 |
| 1.5 本文的研究内容和意义 | 第19-20页 |
| 第2章 材料与方法 | 第20-30页 |
| 2.1 材料 | 第20-21页 |
| 2.1.1 胚胎材料 | 第20页 |
| 2.1.2 数据库与生物软件 | 第20-21页 |
| 2.1.3 实验试剂和实验仪器 | 第21页 |
| 2.2 方法 | 第21-27页 |
| 2.2.1 样品处理 | 第21-23页 |
| 2.2.2 Solexa测序 | 第23-27页 |
| 2.3 miRNA的差异表达分析和靶基因预测 | 第27-28页 |
| 2.4 miRNA的保守性分析 | 第28页 |
| 2.5 部分miRNA的实验验证 | 第28-30页 |
| 第3章 结果与分析 | 第30-65页 |
| 3.1 样品总RNA质量检测 | 第30-31页 |
| 3.2 solexa测序数据分析 | 第31-41页 |
| 3.2.1 原始数据分析 | 第31页 |
| 3.2.2 Rfam比对 | 第31-33页 |
| 3.2.3 重复序列比对 | 第33-34页 |
| 3.2.4 clean reads统计 | 第34-37页 |
| 3.2.5 测序得到的miRNA | 第37-38页 |
| 3.2.6 4个胚胎发育阶段中差异miRNA | 第38-40页 |
| 3.2.7 已知miRNA的保守性分析 | 第40-41页 |
| 3.3 已知miRNA | 第41-44页 |
| 3.3.1 已知miRNA表达谱 | 第41-43页 |
| 3.3.2 已知miRNA表达差异分析 | 第43-44页 |
| 3.4 未知miRNA | 第44-53页 |
| 3.4.1 Group2a中未知miRNA表达谱 | 第44-47页 |
| 3.4.2 Group2a中高丰度表达的几种miRNA的表达差异分析 | 第47-50页 |
| 3.4.3 Group4a中未知miRNA | 第50-53页 |
| 3.5 Group4a候选miRNA分析 | 第53-58页 |
| 3.5.1 候选miRNA的二级结构预测 | 第53-55页 |
| 3.5.2 候选miRNA靶基因预测 | 第55-56页 |
| 3.5.3 预测靶基因的GO富集分析 | 第56-57页 |
| 3.5.4 miRNA靶基因KEGG通路图 | 第57-58页 |
| 3.6 部分miRNA的实验验证 | 第58-59页 |
| 3.6.1 选择在Tt01、Tt02阶段特异表达的miRNA | 第58页 |
| 3.6.2 反转录引物和荧光定量PCR引物 | 第58-59页 |
| 3.6.3 与solexa测序结果比较 | 第59页 |
| 3.7 讨论 | 第59-65页 |
| 3.7.1 已知miRNA功能预测 | 第59-60页 |
| 3.7.2 Group2a中部分未知miRNA功能分析 | 第60-62页 |
| 3.7.3 PC-5p-6_340902 功能分析 | 第62-63页 |
| 3.7.4 中国鲎胚胎发育中miRNA介导的胚胎发育机制 | 第63页 |
| 3.7.5 高通量测序挖掘中国鲎胚胎发育相关miRNAs的可靠性 | 第63-65页 |
| 第4章 结论与展望 | 第65-67页 |
| 4.1 中国鲎胚胎中已知miRNA表达谱 | 第65页 |
| 4.2 中国鲎胚胎中的部分未知miRNA表达谱 | 第65页 |
| 4.3 预测全新miRNA | 第65-66页 |
| 4.4 下一步工作展望 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-74页 |
| 在学期间发表的论文 | 第74页 |
