MiR-21三维结构预测及小分子抑制剂的发现
| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景介绍 | 第9-35页 |
| 1.1 MiRNA及miR-21 概述 | 第9-11页 |
| 1.2 MiR-21 结构预测研究进展 | 第11-13页 |
| 1.3 MiR-21 小分子抑制剂研究进展 | 第13-15页 |
| 1.4 计算方法介绍 | 第15-24页 |
| 1.4.1 MC-Fold计算方法 | 第15-16页 |
| 1.4.2 MC-Sym计算方法 | 第16-17页 |
| 1.4.3 分子动力学模拟 | 第17-21页 |
| 1.4.3.1 分子动力学模拟基本原理 | 第18-19页 |
| 1.4.3.2 分子动力学模拟一般步骤 | 第19-20页 |
| 1.4.3.3 RMSD与RMSF | 第20-21页 |
| 1.4.3.4 聚类分析 | 第21页 |
| 1.4.4 分子对接与虚拟筛选 | 第21-24页 |
| 1.5 论文选题思路 | 第24页 |
| 参考文献 | 第24-35页 |
| 第二章 MiR-21 三维结构预测 | 第35-48页 |
| 2.1 研究背景介绍 | 第35-36页 |
| 2.2 实验方法与材料 | 第36-39页 |
| 2.2.1 核苷酸序列确定 | 第36页 |
| 2.2.2 MC-Fold与MC-Sym计算 | 第36-37页 |
| 2.2.3 能量最小化 | 第37页 |
| 2.2.4 常规分子动力学模拟实验 | 第37-39页 |
| 2.2.4.1 体系搭建 | 第37页 |
| 2.2.4.2 结构预处理 | 第37-38页 |
| 2.2.4.3 体系的溶剂化 | 第38页 |
| 2.2.4.4 离子添加 | 第38页 |
| 2.2.4.5 体系的分子动力学模拟 | 第38-39页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第39-45页 |
| 2.3.1 核苷酸序列结果 | 第39页 |
| 2.3.2 二级结构预测结果 | 第39-40页 |
| 2.3.3 能量最小化结果 | 第40-41页 |
| 2.3.4 分子动力学模拟结果 | 第41-44页 |
| 2.3.4.1 动力学模拟体系能量 | 第41页 |
| 2.3.4.2 MiR-21 结构的稳定性变化 | 第41-43页 |
| 2.3.4.3 聚类分析 | 第43-44页 |
| 2.3.5 三维结构预测结果 | 第44-45页 |
| 2.4 结论 | 第45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 第三章 MiR-21 小分子抑制剂的发现 | 第48-59页 |
| 3.1 研究背景介绍 | 第48页 |
| 3.2 实验方法与材料 | 第48-50页 |
| 3.2.1 体系准备 | 第48-49页 |
| 3.2.2 对接位点定义 | 第49-50页 |
| 3.2.3 分子对接与虚拟筛选 | 第50页 |
| 3.2.4 MTT实验 | 第50页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第50-56页 |
| 3.3.1 虚拟筛选结果 | 第50-52页 |
| 3.3.2 MTT实验结果 | 第52-54页 |
| 3.3.3 结合模式分析 | 第54-56页 |
| 3.4 结论 | 第56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 在学期间的研究成果 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
