| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 前言 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-34页 |
| 1 研究背景 | 第15-16页 |
| 2 研究目的和意义 | 第16页 |
| 3 拟松材线虫研究现状及评述 | 第16-32页 |
| 3.1 拟松材线虫生物学特性 | 第16-18页 |
| 3.2 拟松材线虫的分类地位与鉴定 | 第18-20页 |
| 3.3 拟松材线虫致病性与致病相关基因的研究进展 | 第20-25页 |
| 3.4 转录组测序与蛋白组分析在病原线虫研究中的应用 | 第25-30页 |
| 3.4.1 转录组测序及其在植物病原线虫研究中的应用 | 第25-27页 |
| 3.4.2 蛋白组分析及其在病原线虫研究中的应用 | 第27-29页 |
| 3.4.3 转录组和蛋白组数据关联分析的应用 | 第29-30页 |
| 3.5 RNAi在线虫研究中的应用 | 第30-32页 |
| 3.5.1 RNAi机制 | 第30-31页 |
| 3.5.2 RNAi在线虫研究中的应用 | 第31-32页 |
| 4 研究目标和研究内容 | 第32-33页 |
| 4.1 研究的主要目标 | 第32页 |
| 4.2 研究的主要内容 | 第32-33页 |
| 5 研究技术路线 | 第33-34页 |
| 第二章 拟松材线虫致病性的研究 | 第34-45页 |
| 1 材料与方法 | 第34-38页 |
| 1.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 1.1.1 供试线虫与寄主 | 第34页 |
| 1.1.2 供试松苗及松树 | 第34-35页 |
| 1.1.3 主要试剂与仪器 | 第35页 |
| 1.1.4 培养基 | 第35页 |
| 1.2 实验方法 | 第35-38页 |
| 1.2.1 供试线虫鉴定 | 第35-38页 |
| 1.2.2 接种试验 | 第38页 |
| 1.3 试验统计 | 第38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-43页 |
| 2.1 拟松材线虫鉴定结果 | 第38-40页 |
| 2.2 试验期间两地气象统计 | 第40页 |
| 2.3 拟松材线虫对马尾松苗和湿地松苗的致病性测定结果 | 第40-41页 |
| 2.4 拟松材线虫对12年生黑松的致病性及其在死亡黑松体内的分布规律 | 第41-43页 |
| 3 结论与讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 不同地理来源的拟松材线虫群体的遗传结构分析 | 第45-52页 |
| 1 材料与方法 | 第45-48页 |
| 1.1 实验材料 | 第45-46页 |
| 1.1.1 供试虫株及来源 | 第45-46页 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 | 第46页 |
| 1.1.3 培养基 | 第46页 |
| 1.2 实验方法 | 第46-48页 |
| 1.2.1 ISSR–PCR | 第46-47页 |
| 1.2.2 种群遗传距离与聚类分析 | 第47页 |
| 1.2.3 主成分分析 | 第47页 |
| 1.2.4 遗传距离与地理距离之间的相关性分析 | 第47页 |
| 1.2.5 种群间的遗传分化与基因流 | 第47-48页 |
| 2 结果与分析 | 第48-50页 |
| 2.1 非加权类平均（UPGMA）聚类分析 | 第48-49页 |
| 2.2 主成分分析 | 第49页 |
| 2.3 遗传距离与地理距离之间的Mantel检验 | 第49-50页 |
| 2.4 种群间的遗传分化与基因流 | 第50页 |
| 3 结论与讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 拟松材线虫实时定量PCR内参基因的筛选 | 第52-69页 |
| 1 材料与方法 | 第52-57页 |
| 1.1 实验材料 | 第52-53页 |
| 1.1.1 供试虫株及来源 | 第52页 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 | 第52-53页 |
| 1.1.3 培养基 | 第53页 |
| 1.2 实验方法 | 第53-57页 |
| 1.2.1 不同实验条件下拟松材线虫的收集 | 第53-54页 |
| 1.2.2 不同实验条件下拟松材线虫总RNA的提取 | 第54页 |
| 1.2.3 拟松材线虫总RNA质量检测 | 第54页 |
| 1.2.4 拟松材线虫总RNA的反转录 | 第54-55页 |
| 1.2.5 拟松材线虫候选内参基因的选择与qPCR引物的设计 | 第55-56页 |
| 1.2.6 RT-qPCR反应 | 第56页 |
| 1.2.7 拟松材线虫候选内参基因稳定性分析 | 第56-57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-67页 |
| 2.1 候选内参基因的鉴定及引物的筛选 | 第57-60页 |
| 2.1.1 候选内参基因的鉴定 | 第57页 |
| 2.1.2 候选内参基因引物的筛选 | 第57-60页 |
| 2.2 候选内参基因表达水平分析 | 第60-61页 |
| 2.3 基于geNorm软件分析的候选内参基因表达情况 | 第61-64页 |
| 2.4 基于NormFinder软件分析的候选内参基因表达情况 | 第64-65页 |
| 2.5 基于BestKeeper软件分析的候选内参基因表达情况 | 第65-66页 |
| 2.6 基于deltaCq分析的候选内参基因表达情况 | 第66页 |
| 2.7 基于RefFinder分析的候选内参基因表达情况 | 第66-67页 |
| 3 结论与讨论 | 第67-69页 |
| 第五章 拟松材线虫转录组学的研究 | 第69-86页 |
| 1 材料与方法 | 第69-75页 |
| 1.1 实验材料 | 第69-70页 |
| 1.1.1 供试线虫与寄主 | 第69页 |
| 1.1.2 接种实验及线虫收集 | 第69页 |
| 1.1.3 主要试剂与仪器 | 第69页 |
| 1.1.4 培养基 | 第69-70页 |
| 1.2 实验方法 | 第70-75页 |
| 1.2.1 总RNA提取及检测 | 第70页 |
| 1.2.2 cDNA文库构建和RNA-Seq | 第70-71页 |
| 1.2.3 测序数据处理与与评估 | 第71-72页 |
| 1.2.4 转录组生物信息学分析 | 第72-74页 |
| 1.2.5 RT-qPCR验证 | 第74-75页 |
| 2 结果与分析 | 第75-85页 |
| 2.1 RNA质量检测 | 第75-76页 |
| 2.2 测序及组装数据评估 | 第76-77页 |
| 2.2.1 测序及组装数据评估 | 第76页 |
| 2.2.2 De novo拼接 | 第76-77页 |
| 2.3 Unigene功能注释 | 第77-78页 |
| 2.4 COG功能分类 | 第78-79页 |
| 2.5 Unigene的GO分类 | 第79-80页 |
| 2.6 KEGG通路分析 | 第80页 |
| 2.7 SSR分析 | 第80页 |
| 2.8 SNP分析 | 第80-81页 |
| 2.9 RT-qPCR验证 | 第81-82页 |
| 2.10 差异基因分析 | 第82-85页 |
| 2.10.1 差异基因GO功能注释 | 第82-83页 |
| 2.10.2 差异基因KEGG pathway分析 | 第83-85页 |
| 3 结论与讨论 | 第85-86页 |
| 第六章 拟松材线虫蛋白组学的研究 | 第86-112页 |
| 1 材料与方法 | 第86-93页 |
| 1.1 实验材料 | 第86-87页 |
| 1.1.1 供试线虫 | 第86页 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 | 第86页 |
| 1.1.3 培养基 | 第86-87页 |
| 1.2 实验方法 | 第87-93页 |
| 1.2.1 蛋白提取 | 第87-88页 |
| 1.2.2 蛋白浓度测量 | 第88页 |
| 1.2.3 SDS电泳检测蛋白质量 | 第88页 |
| 1.2.4 蛋白酶解 | 第88页 |
| 1.2.5 iTRAQ标记 | 第88-90页 |
| 1.2.6 SCX分离 | 第90页 |
| 1.2.7 基于Q-Exactive的LC-MS/MS分析 | 第90-91页 |
| 1.2.8 蛋白组生物信息学分析 | 第91-92页 |
| 1.2.9 蛋白组与转录组的关联分析 | 第92-93页 |
| 2 结果与分析 | 第93-110页 |
| 2.1 蛋白质样品质量检测 | 第93页 |
| 2.2 蛋白组鉴定信息 | 第93-106页 |
| 2.2.1 蛋白组鉴定质量评估 | 第93-94页 |
| 2.2.2 蛋白组鉴定基本信息 | 第94页 |
| 2.2.3 拟松材线虫蛋白组相对分子质量分布 | 第94-95页 |
| 2.2.4 肽段长度序列分布 | 第95页 |
| 2.2.5 肽段序列覆盖度 | 第95-96页 |
| 2.2.6 鉴定蛋白的功能注释 | 第96-98页 |
| 2.2.7 差异蛋白分析 | 第98-106页 |
| 2.3 拟松材线虫蛋白组与转录组鉴定信息 | 第106-110页 |
| 2.3.1 蛋白组与转录组关联的数量关系 | 第106-107页 |
| 2.3.2 蛋白组与转录组关联表达相关性 | 第107-108页 |
| 2.3.3 表达变化趋势相同的差异基因与蛋白的GO注释 | 第108-110页 |
| 2.3.4 拟松材线虫致病相关基因的分析 | 第110页 |
| 3 结论与讨论 | 第110-112页 |
| 第七章 拟松材线虫致病相关基因FAR和EXP克隆与功能验证 | 第112-138页 |
| 1 材料与方法 | 第112-125页 |
| 1.1 实验材料 | 第112-113页 |
| 1.1.1 供试线虫 | 第112页 |
| 1.1.2 供试松苗 | 第112页 |
| 1.1.3 主要试剂与仪器 | 第112-113页 |
| 1.1.4 培养基 | 第113页 |
| 1.2 实验方法 | 第113-125页 |
| 1.2.1 拟松材线虫RNA提取及cDNA合成 | 第113页 |
| 1.2.2 拟松材线虫FAR和CRT基因片段克隆 | 第113-114页 |
| 1.2.3 拟松材线虫FAR和CRT基因cDNA全长克隆 | 第114-120页 |
| 1.2.4 拟松材线虫FAR和CRT基因生物信息学分析 | 第120页 |
| 1.2.5 拟松材线虫FAR和CRT基因RNAi功能验证 | 第120-125页 |
| 2 结果与分析 | 第125-136页 |
| 2.1 拟松材线虫FAR和CRT基因RNA-Seq测序片段克隆确认 | 第125页 |
| 2.2 拟松材线虫FAR和CRT基因3'-RACE扩增结果 | 第125-126页 |
| 2.3 拟松材线虫FAR和CRT基因5'-RACE扩增结果 | 第126-127页 |
| 2.4 拟松材线虫FAR和CRT基因ORF全长分析 | 第127-134页 |
| 2.4.1 拟松材线虫FAR结构分析与功能预测 | 第128-131页 |
| 2.4.2 拟松材线虫CRT结构分析与功能预测 | 第131-134页 |
| 2.5 拟松材线虫FAR和CRT基因RNAi实验 | 第134-136页 |
| 2.5.1 拟松材线虫FAR和CRT基因RNAi效率 | 第134-135页 |
| 2.5.2 拟松材线虫FAR和CRT基因RNAi后线虫的繁殖量 | 第135-136页 |
| 2.5.3 拟松材线虫FAR和CRT基因RNAi效率 | 第136页 |
| 3 结论与讨论 | 第136-138页 |
| 第八章 全文总结与展望 | 第138-140页 |
| 1 全文总结 | 第138-139页 |
| 2 展望 | 第139-140页 |
| 博士期间发表的文章 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-159页 |
| 附件1 博士论文相关数据 | 第159-182页 |
| 附件2 双尾线虫研究 | 第182-193页 |
