| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 序言 | 第10-22页 |
| 1.1 课题研究背景和意义 | 第10-13页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第10-12页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 课题的国内外发展现状 | 第13-20页 |
| 1.2.1 识别蛋白质天然折叠结构的方法 | 第13-16页 |
| 1.2.2 识别诱导折叠的固有无序蛋白结构域 | 第16-19页 |
| 1.2.3 识别包含诱导折叠的PDB蛋白复合物 | 第19-20页 |
| 1.3 本课题主要内容 | 第20-22页 |
| 第二章 SVR_CAF:一个从蛋白质非天然结构中识别蛋天然折叠结构的整合打分函数 | 第22-33页 |
| 2.1 引言 | 第22-23页 |
| 2.2 研究方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 数据集 | 第23页 |
| 2.2.2 打分函数的构建 | 第23页 |
| 2.2.3 基于二级结构环境的残基接触势能和CE_score | 第23-24页 |
| 2.2.4 AAN_score | 第24页 |
| 2.2.5 基于疏水性和溶剂可及表面积的快速傅里叶变换打分FFT_score | 第24-25页 |
| 2.2.6 整合函数：SVR_CAF | 第25-26页 |
| 2.2.7 打分函数的评估 | 第26页 |
| 2.3 结果 | 第26-31页 |
| 2.3.1 天然结构的识别 | 第26-28页 |
| 2.3.2 打分函数与模型质量的相关系数 | 第28-29页 |
| 2.3.3 打分函数在CASP58 模型数据集的表现 | 第29-31页 |
| 2.4 讨论 | 第31-32页 |
| 2.4.1 SVR_CAF的验证 | 第31页 |
| 2.4.2 几个特殊的蛋白质 | 第31-32页 |
| 2.5 小结 | 第32-33页 |
| 第三章 固有无序Pfam结构域Ⅰ：识别与分析 | 第33-49页 |
| 3.1 引言 | 第33-34页 |
| 3.2 研究方法 | 第34-35页 |
| 3.2.1 数据集的准备 | 第34页 |
| 3.2.2 预测无序结构域的分类 | 第34-35页 |
| 3.2.3 多重序列比对与结构比对 | 第35页 |
| 3.3 结果 | 第35-47页 |
| 3.3.1 候选无序结构域 | 第35-36页 |
| 3.3.2 种子序列的平均预测无序比例 | 第36-38页 |
| 3.3.3 候选无序结构域序列相似性与预测无序的关系 | 第38-40页 |
| 3.3.4 蛋白质结构的平均预测无序 | 第40-42页 |
| 3.3.5 同一蛋白质结构域的晶体结构预测无序的多样性 | 第42-43页 |
| 3.3.6 复合物形成的结构柔性 | 第43-46页 |
| 3.3.7 结合不同配体的结构柔性 | 第46-47页 |
| 3.4 讨论 | 第47-48页 |
| 3.4.1 同一蛋白质结构域的种子序列与结构序列均表现出多样的预测无序 | 第47页 |
| 3.4.2 预测为无序结构域的可能折叠原因 | 第47-48页 |
| 3.4.3 意料之外：球蛋白结构域的出现 | 第48页 |
| 3.5 小结 | 第48-49页 |
| 第四章 固有无序Pfam结构域Ⅱ：结合相互作用 | 第49-61页 |
| 4.1 引言 | 第49页 |
| 4.2 研究方法 | 第49-50页 |
| 4.3 结果 | 第50-58页 |
| 4.3.1 无序结合结构域的长度 | 第50-51页 |
| 4.3.2 结合相互作用 | 第51-58页 |
| 4.4 讨论 | 第58-60页 |
| 4.5 小结 | 第60-61页 |
| 第五章 PDB数据库中的固有无序蛋白质、固有无序区域 | 第61-79页 |
| 5.1 引言 | 第61页 |
| 5.2 数据与方法 | 第61-62页 |
| 5.2.1 数据集的选取 | 第61-62页 |
| 5.2.2 基于蛋白质三维结构的无序/有序预测 | 第62页 |
| 5.2.3 将预测为无序的结构分组 | 第62页 |
| 5.2.4 含有三个不同配体的蛋白质复合物 | 第62页 |
| 5.3 结果 | 第62-77页 |
| 5.3.1 用于分析的数据 | 第62-63页 |
| 5.3.2 方法比较 | 第63-65页 |
| 5.3.3 本研究方法找到的更多数据 | 第65-71页 |
| 5.3.4 三个不同配体复合物的相互作用 | 第71-77页 |
| 5.4 讨论 | 第77-78页 |
| 5.4.1 本章工作与第三、四章工作的区别与联系 | 第77页 |
| 5.4.2 界限距离和Rg/N、RIAD之间的关系 | 第77-78页 |
| 5.5 小结 | 第78-79页 |
| 第六章 结论与展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-95页 |
| 攻读博士学位期间(待)发表的论文 | 第95-96页 |
| 附件1 无序结合结构域G gamma | 第96-97页 |
| 附件2 无序结合结构域 | 第97-100页 |
| 附件3 可能由二硫键稳定的结构 | 第100-102页 |
| 附件4 可能由离子结合稳定的结构 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
