| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一部分: 基于miRNA调控网络的癌症miRNA标志物的鉴定 | 第11-41页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-14页 |
| 1.1 MiRNA来源及其作用机制 | 第11-12页 |
| 1.2 MiRNA作为潜在癌症生物标志物 | 第12-14页 |
| 第二章 现有癌症miRNA标志物鉴定方法及其局限性 | 第14-18页 |
| 2.1 完全基于实验数据的传统鉴定方法 | 第14-15页 |
| 2.2 以基于miRNA调控网络的生物信息学预测作为辅助的鉴定方法 | 第15-18页 |
| 第三章 癌症诊断mi RNA标志物预测新型算法的提出 | 第18-25页 |
| 3.1 POMA算法基本思路及可行性分析 | 第18-22页 |
| 3.2 POMA算法的具体实现步骤 | 第22-24页 |
| 3.3 POMA算法计算机程序实现 | 第24-25页 |
| 第四章 POMA算法用于前列腺癌miRNA诊断标志物的预测 | 第25-36页 |
| 4.1 材料和方法 | 第25-28页 |
| 4.2 结果分析 | 第28-34页 |
| 4.3 讨论与总结 | 第34-36页 |
| 第五章 POMA算法用于其它癌症研究中miRNA的功能分析 | 第36-39页 |
| 5.1 肾透明细胞癌相关miRNA的鉴定及功能分析 | 第36-37页 |
| 5.2 急性骨髓性白血病miRNA标志物的鉴定及其功能分析 | 第37-38页 |
| 5.3 耐去势前列腺癌核心miRNA的鉴定以及功能分析 | 第38-39页 |
| 第六章 小结 | 第39-41页 |
| 第二部分: 新基因驱动基因互作网络的演化 | 第41-64页 |
| 第七章 背景介绍 | 第41-44页 |
| 7.1 新基因的起源与演化 | 第41-42页 |
| 7.2 新基因驱动基因互作网络的演化 | 第42-44页 |
| 第八章 材料方法 | 第44-47页 |
| 第九章 结果与讨论 | 第47-62页 |
| 第十章 小结 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-76页 |
| 附录 | 第76-88页 |
| 附件 1： mi RNA和mRNA表达数据集 | 第76-77页 |
| 附件 2： 基于差异表达基因筛选的不同阈值的预测结果比较 | 第77-79页 |
| 附件 3： 前列腺癌miRNA生物标志物的预测结果 | 第79-81页 |
| 附件 4： 通过低通量检测手段获得的前列腺癌中具有失调活性的miRNA | 第81-82页 |
| 附件 5： 预测结果miRNA的独立调控基因所显著富集的GeneGO通路 | 第82-83页 |
| 附件 6： 人类蛋白质互作网络连通度的幂律分布图 | 第83-84页 |
| 附件 7： 基于HPRD数据库人类蛋白质互作网络分析图 | 第84-85页 |
| 附件 8： 基于另一套基因年龄数据的人类基因年龄与基因互作网络拓扑性质相关性 | 第85-86页 |
| 附件 9： 小鼠基因年龄与基因互作网络拓扑性质的相关性 | 第86-87页 |
| 附件 10：人类基因年龄与其在蛋白质互作网络中被检测比例之间的相关性 | 第87-88页 |
| 博士期间发表论文及获奖 | 第88-90页 |
| 一、发表（及待发表）论文 | 第88-89页 |
| 二、参与撰写书目章节 | 第89页 |
| 三、参与学术活动 | 第89页 |
| 四、课题资助 | 第89页 |
| 五、获奖情况 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
