| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 术语及符号说明 | 第11-16页 |
| 第1章 前言 | 第16-20页 |
| 第2章 材料与方法 | 第20-34页 |
| 2.1 实验动物概况 | 第20-21页 |
| 2.2 实验动物处理 | 第21-22页 |
| 2.3 实验设计 | 第22-24页 |
| 2.3.1 基因组学研究实验 | 第22-23页 |
| 2.3.2 代谢组学研究实验 | 第23-24页 |
| 2.3.3 形态学研究实验 | 第24页 |
| 2.4 实验方法 | 第24-31页 |
| 2.4.1 基因组DNA提取与送样 | 第24-25页 |
| 2.4.2 文库构建与测序 | 第25-26页 |
| 2.4.2.1 参考基因组确定 | 第25页 |
| 2.4.2.2 酶切方案确定 | 第25页 |
| 2.4.2.3 测序流程 | 第25-26页 |
| 2.4.3 代谢组学测定样品预处理与检测 | 第26-27页 |
| 2.4.3.1 送样 | 第26页 |
| 2.4.3.2 样品预处理 | 第26-27页 |
| 2.4.3.3 GC-MS检测 | 第27页 |
| 2.4.4 常规形态测量 | 第27-28页 |
| 2.4.4.1 背毛颜色图片获取 | 第27页 |
| 2.4.4.2 身体指数测量 | 第27-28页 |
| 2.4.4.3 肥满度测定 | 第28页 |
| 2.4.4.4 内脏器官和消化道测定 | 第28页 |
| 2.4.5 头骨和臼齿的几何形态测量 | 第28-31页 |
| 2.4.5.1 头骨标本制备 | 第28-29页 |
| 2.4.5.2 图片信息采集 | 第29页 |
| 2.4.5.3 头骨常规形态测定 | 第29页 |
| 2.4.5.4 图片数字化处理 | 第29-30页 |
| 2.4.5.5 去除非形态变异 | 第30页 |
| 2.4.5.6 薄片样条法（Thin plate spline, TPS） | 第30-31页 |
| 2.5 数据分析 | 第31-34页 |
| 2.5.1 基因组数据分析 | 第31-32页 |
| 2.5.1.1 序列数据处理与多态性标记检测 | 第31页 |
| 2.5.1.2 生物信息学分析 | 第31-32页 |
| 2.5.2 代谢组数据分析 | 第32-33页 |
| 2.5.2.1 数据预处理 | 第32页 |
| 2.5.2.2 生物信息学分析 | 第32-33页 |
| 2.5.3 形态学数据分析 | 第33-34页 |
| 第3章 不同种群中缅树鼩的基因组学研究 | 第34-54页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第34-35页 |
| 3.2 结果 | 第35-51页 |
| 3.2.1 分子标记的获取 | 第35页 |
| 3.2.2 遗传进化分析 | 第35-38页 |
| 3.2.3 核苷酸多态性（π）和池杂合（hp）比较分析 | 第38页 |
| 3.2.4 连锁不平衡（Linkage disequilibrium, LD）分析 | 第38页 |
| 3.2.5 选择消除分析 | 第38-42页 |
| 3.2.6 Fst与Pst的比较分析 | 第42-45页 |
| 3.2.7 性状关联分析 | 第45-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-54页 |
| 第4章 不同种群中缅树鼩血清和肝脏的代谢组学研究 | 第54-74页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第54页 |
| 4.2 结果 | 第54-72页 |
| 4.2.1 样本信息 | 第54-55页 |
| 4.2.2 代谢谱整体分析 | 第55页 |
| 4.2.3 主成分分析（PCA）和偏最小二乘判别分析（PLS-DA） | 第55-58页 |
| 4.2.4 总体样本树状图分析 | 第58-61页 |
| 4.2.5 代谢物关联性分析 | 第61-62页 |
| 4.2.6 差异代谢物分析 | 第62-67页 |
| 4.2.7 差异代谢物z-score得分图分析 | 第67-69页 |
| 4.2.8 差异代谢通路分析 | 第69-72页 |
| 4.3 讨论 | 第72-74页 |
| 第5章 不同种群中缅树鼩头骨的几何形态学研究 | 第74-84页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第74页 |
| 5.2 结果 | 第74-82页 |
| 5.2.1 头骨背面分析 | 第74-76页 |
| 5.2.2 头骨侧面分析 | 第76-78页 |
| 5.2.3 头骨腹面分析 | 第78-79页 |
| 5.2.4 下颌侧面分析 | 第79-81页 |
| 5.2.5 头骨形态的多维尺度分析 | 第81-82页 |
| 5.3 讨论 | 第82-84页 |
| 第6章 不同种群中缅树鼩臼齿的几何形态学研究 | 第84-90页 |
| 6.1 实验材料与方法 | 第84页 |
| 6.2 结果 | 第84-89页 |
| 6.2.1 上臼齿分析 | 第84-86页 |
| 6.2.2 下臼齿分析 | 第86-87页 |
| 6.2.3 臼齿形态的多维尺度分析 | 第87-89页 |
| 6.3 讨论 | 第89-90页 |
| 第7章 不同种群中缅树鼩背毛颜色和身体指数的比较研究 | 第90-99页 |
| 7.1 实验材料与方法 | 第90页 |
| 7.2 结果 | 第90-97页 |
| 7.2.1 背毛颜色的比较分析 | 第90页 |
| 7.2.2 身体指数的比较分析 | 第90-94页 |
| 7.2.3 身体指数的主成分分析 | 第94-97页 |
| 7.2.4 身体指数的聚类分析 | 第97页 |
| 7.3 讨论 | 第97-99页 |
| 第8章 不同种群中缅树鼩肥满度和身体组成的比较研究 | 第99-109页 |
| 8.1 实验材料与方法 | 第99页 |
| 8.2 结果 | 第99-107页 |
| 8.2.1 体重和肥满度的比较分析 | 第99-101页 |
| 8.2.2 褐色脂肪组织和内脏器官的比较分析 | 第101-104页 |
| 8.2.3 消化道形态的比较分析 | 第104-107页 |
| 8.3 讨论 | 第107-109页 |
| 第9章 文献综述 | 第109-127页 |
| 9.1 攀鼩目的系统分类和地理分布 | 第109-111页 |
| 9.2 中国树鼩的地理分布及自然概况 | 第111-113页 |
| 9.3 树鼩的国内外研究进展 | 第113-115页 |
| 9.4 物种形成概述 | 第115-120页 |
| 9.5 RAD测序 | 第120-121页 |
| 9.6 代谢组学研究进展 | 第121-123页 |
| 9.7 形态学研究进展 | 第123-127页 |
| 9.7.1 传统形态测量法 | 第123页 |
| 9.7.2 几何形态测量法的发展与演进 | 第123-125页 |
| 9.7.2.1 轮廓线法 | 第123-124页 |
| 9.7.2.2 标点法 | 第124-125页 |
| 9.7.2.3 几何形态测量法的成熟 | 第125页 |
| 9.7.3 几何形态测量法的应用与展望 | 第125-127页 |
| 第10章 总结与展望 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-148页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 | 第148-152页 |
| 致谢 | 第152页 |
