| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略词 | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-28页 |
| 1.1 基因印记的发现及定义 | 第10-11页 |
| 1.2 印记基因的鉴定 | 第11-12页 |
| 1.3 DNA甲基化参与到基因印记的调控 | 第12-14页 |
| 1.3.1 DNA甲基化对基因表达的调控 | 第12页 |
| 1.3.2 DNA差异甲基化对印记基因的调控 | 第12-14页 |
| 1.4 组蛋白修饰参与到基因印记的调控 | 第14-19页 |
| 1.4.1 组蛋白修饰对基因表达的影响 | 第15-17页 |
| 1.4.2 组蛋白修饰对印记基因的影响 | 第17-19页 |
| 1.5 基因印记存在动态变化 | 第19-23页 |
| 1.5.1 哺乳动物中基因印记的动态变化 | 第19-20页 |
| 1.5.2 玉米中基因印记的动态变化 | 第20-22页 |
| 1.5.3 基因印记变化的可能原因 | 第22-23页 |
| 1.6 基因印记的保守性 | 第23-24页 |
| 1.6.1 拟南芥与蓖麻、荠菜、琴叶拟南芥的保守印记基因 | 第23-24页 |
| 1.6.2 作物高粱,水稻与玉米的同源印记基因 | 第24页 |
| 1.7 基因印记在哺乳动物和植物发育中的重要性 | 第24-27页 |
| 1.7.1 印记基因的突变对哺乳动物发育的影响 | 第25页 |
| 1.7.2 印记基因的突变对植物发育的影响 | 第25-27页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-35页 |
| 2.2.1 植物组织总RNA的提取 | 第28页 |
| 2.2.2 RNA-seq文库的构建 | 第28-31页 |
| 2.2.3 植物中H3K4me3和H3K36me3免疫共沉淀反应 | 第31-33页 |
| 2.2.4 植物H3K4me3和H3K36me3免疫共沉淀测序文库的构建 | 第33-35页 |
| 2.2.5 测序数据的产生 | 第35页 |
| 2.3 数据分析 | 第35-38页 |
| 2.3.1 RNA-seq数据的比对 | 第35页 |
| 2.3.2 RNA-seq数据的基因表达分析 | 第35页 |
| 2.3.3 印记基因的鉴定 | 第35-36页 |
| 2.3.4 印记非编码RNA的鉴定 | 第36-37页 |
| 2.3.5 ChIP-seq数据的比对 | 第37页 |
| 2.3.6 H3K4me3和H3K36me3靶位点的鉴定 | 第37页 |
| 2.3.7 印记H3K4me3和H3K36me3靶位点的鉴定 | 第37-38页 |
| 第三章 H3K4me3和H3K36me3调控印记基因的表达 | 第38-62页 |
| 3.1 RNA-seq和ChIP-seq数据的产生 | 第38页 |
| 3.2 等位基因特异富集H3K4me3和H3K36me3靶位点的鉴定及特征 | 第38-43页 |
| 3.3 单等位基因富集的H3K4me3和H3K36me3靶位点与印记基因的关联 | 第43-47页 |
| 3.4 PEG上同时存在H3K4me3,H3K36me3和H3K27me3的靶位点 | 第47-49页 |
| 3.5 印记基因上DNA甲基化与组蛋白修饰的关联 | 第49-52页 |
| 3.6 印记长非编码RNA与表观修饰的关联 | 第52-56页 |
| 3.7 讨论 | 第56-61页 |
| 3.7.1 印记基因在胚乳不同分区的空间表达情况 | 第56-57页 |
| 3.7.2 授精前后印记基因上可能发生的表观修饰的变化 | 第57-58页 |
| 3.7.3 MNC可能对胚乳发育有潜在重要的功能 | 第58-61页 |
| 3.8 结论 | 第61-62页 |
| 第四章 玉米基因印记的稳定性和保守性 | 第62-76页 |
| 4.1 胚乳发育各个时期转录组数据的分析 | 第62-64页 |
| 4.2 胚乳发育各个时期印记基因的鉴定 | 第64页 |
| 4.3 基因印记在玉米胚乳发育过程中的稳定性 | 第64-67页 |
| 4.4 禾本科作物保守印记基因的鉴定 | 第67-70页 |
| 4.4.1 玉米和水稻保守印记基因的鉴定 | 第67-69页 |
| 4.4.2 玉米和高粱保守印记基因的鉴定 | 第69页 |
| 4.4.3 保守印记基因具有显著富集的功能途径 | 第69-70页 |
| 4.5 持续印记基因和时期特异印记基因的保守性 | 第70-72页 |
| 4.6 讨论 | 第72-75页 |
| 4.6.1 胚乳父本基因组可能在授粉后4天已经被激活 | 第72页 |
| 4.6.2 胚乳中基因印记的变化可能与表观修饰的变化相关 | 第72-73页 |
| 4.6.3 保守的印记基因应该被优先研究功能 | 第73-75页 |
| 4.7 结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录 | 第82-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 个人简历 | 第155-156页 |
