| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-28页 |
| 1.1 烟草赤星病研究进展 | 第13-21页 |
| 1.1.1 烟草赤星病分布及危害 | 第13页 |
| 1.1.2 烟草赤星病菌生理特性 | 第13-14页 |
| 1.1.3 链格孢属病菌毒素 | 第14-16页 |
| 1.1.4 烟草赤星病症状及流行规律 | 第16-17页 |
| 1.1.5 烟草赤星病的综合防治 | 第17-18页 |
| 1.1.6 植物诱导抗性研究 | 第18-20页 |
| 1.1.7 植物抗病基因 | 第20-21页 |
| 1.2 测序技术发展 | 第21-23页 |
| 1.3 转录组学概述 | 第23-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-40页 |
| 2.1 植物材料及RNA提取 | 第28-29页 |
| 2.2 RNA富集、建库和测序 | 第29-33页 |
| 2.3 烟草转录组的从头组装 | 第33-34页 |
| 2.4 基因注释 | 第34-35页 |
| 2.5 表达量计算 | 第35页 |
| 2.6 差异表达分析 | 第35页 |
| 2.7 GO富集分析 | 第35-36页 |
| 2.8 KEGG富集分析 | 第36页 |
| 2.9 鉴定NBS基因家族 | 第36-37页 |
| 2.10 鉴定转录因子家族 | 第37页 |
| 2.11 定量RT-PCR | 第37-40页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第40-81页 |
| 3.1 烟草赤星病的早期症状 | 第40-41页 |
| 3.2 烟草叶片转录组的测序和组装 | 第41-43页 |
| 3.3 感染后三个时间点的每一个品种-病原菌结合的差异表达基因 | 第43-45页 |
| 3.4 链格孢菌感染两个烟草品种后的共同差异表达基因 | 第45-48页 |
| 3.5 差异表达基因的GO富集分析 | 第48-52页 |
| 3.6 差异表达基因的Pathway富集分析 | 第52-57页 |
| 3.7 在链格孢感染期间连续上调和下调的基因 | 第57-66页 |
| 3.8 链格孢菌侵染烟草时的NBS基因家族分析 | 第66-70页 |
| 3.9 链格孢菌感染烟草时的转录因子家族分析 | 第70-72页 |
| 3.10 差异表达基因的定量RT-PCR (qRT-PCR)验证 | 第72-74页 |
| 3.11 WGCNA分析 | 第74-81页 |
| 第四章 结论与展望 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-95页 |
| 附录A (攻读硕士学位期间发表论文目录) | 第95页 |
