| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 土壤退化与恢复现状 | 第11-12页 |
| 1.2 土壤微生物的研究 | 第12-14页 |
| 1.2.1 土壤微生物群落 | 第12-13页 |
| 1.2.2 根际微生物 | 第13-14页 |
| 1.3 根瘤菌-豆科植物共生固氮体系研究 | 第14-15页 |
| 1.4 土壤微生物研究方法 | 第15-18页 |
| 1.4.1 土壤中根瘤菌多样性研究 | 第15-17页 |
| 1.4.1.1 16S rRNA基因序列分析 | 第15-16页 |
| 1.4.1.2 共生基因 | 第16页 |
| 1.4.1.3 持家基因分析 | 第16-17页 |
| 1.4.2 土壤微生物群落分析 | 第17-18页 |
| 1.4.2.1 磷脂脂肪酸法（PLFA） | 第17-18页 |
| 1.4.2.2 16S rRNA高通量测序 | 第18页 |
| 1.4.2.3 宏基因组学研究 | 第18页 |
| 1.5 本研究立题依据与意义 | 第18-19页 |
| 1.6 技术路线 | 第19-21页 |
| 第二章 根瘤菌多样性系统发育的研究 | 第21-43页 |
| 2.1 试验材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 主要仪器 | 第21-22页 |
| 2.1.2 培养基 | 第22页 |
| 2.2 试验方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 土壤样本收集 | 第22页 |
| 2.2.2 植物实验 | 第22-23页 |
| 2.2.3 根瘤表面消毒及根瘤菌纯化 | 第23-24页 |
| 2.2.4 16S rRNA基因系统发育分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4.1 16S rRNA基因引物 | 第24页 |
| 2.2.4.2 16S rRNA PCR反应体系及扩增条件 | 第24页 |
| 2.2.4.3 16S rRNA PCR产物检测与测序 | 第24-25页 |
| 2.2.5 根瘤菌共生基因系统发育分析 | 第25-26页 |
| 2.2.5.1 根瘤菌共生基因引物 | 第25页 |
| 2.2.5.2 根瘤菌共生基因扩增条件 | 第25页 |
| 2.2.5.3 根瘤菌共生基因PCR产物检测与测序 | 第25-26页 |
| 2.2.6 根瘤菌持家基因系统发育分析 | 第26-27页 |
| 2.2.6.1 根瘤菌持家基因引物 | 第26页 |
| 2.2.6.2 根瘤菌持家基因扩增条件 | 第26-27页 |
| 2.2.6.3 根瘤菌持家基因PCR扩增产物检测与测序 | 第27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-41页 |
| 2.3.1 根瘤菌 16S rRNA全序列及系统分类分析 | 第27-28页 |
| 2.3.2 根瘤菌共生基因全序列及系统分类分析 | 第28页 |
| 2.3.3 根瘤菌持家基因（recA、atpD、rpoB）全序列及系统发育分析 | 第28-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 土壤微生物群落分析 | 第43-63页 |
| 3.1 试验材料 | 第43页 |
| 3.1.1 仪器与试剂盒 | 第43页 |
| 3.1.2 样品 | 第43页 |
| 3.2 试验方法 | 第43-44页 |
| 3.2.1 土壤DNA提取 | 第43-44页 |
| 3.2.2 土壤DNA样品测序 | 第44页 |
| 3.2.3 微生物群落分析方法 | 第44页 |
| 3.2.4 土壤理化性质检测 | 第44页 |
| 3.3 结果与分析 | 第44-60页 |
| 3.3.1 测序质量的评估 | 第44-46页 |
| 3.3.1.1 稀释曲线 | 第45页 |
| 3.3.1.2 物种丰富度 | 第45页 |
| 3.3.1.3 群落多样性 | 第45-46页 |
| 3.3.2 测序样本聚类分析 | 第46-47页 |
| 3.3.3 样品中OTUs数目分布 | 第47-48页 |
| 3.3.4 微生物群落 α-diversity变化 | 第48-49页 |
| 3.3.5 土壤微生物群落丰度变化 | 第49-53页 |
| 3.3.5.1 门水平与纲水平微生物组成丰度的变化 | 第49-50页 |
| 3.3.5.2 不同土壤深度中丰度差异变化显著的微生物 | 第50-53页 |
| 3.3.6 人为扰动后土壤理化性质测定 | 第53-57页 |
| 3.3.7 微生物群落与土壤理化的相互作用 | 第57-58页 |
| 3.3.8 土壤剖面中根瘤菌的丰度变化 | 第58-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 3.4.1 土壤微生物群落对土壤理化的响应 | 第60-61页 |
| 3.4.2 根瘤菌在土壤剖面中的分布 | 第61-63页 |
| 第四章 总结 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-76页 |
| 附录 | 第76-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 作者简介 | 第79页 |
