| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第10-25页 |
| 1.1 手足口病概述 | 第10-12页 |
| 1.2 肠道病毒71型研究进展 | 第12-17页 |
| 1.3 基因共表达网络概述 | 第17-21页 |
| 1.3.1 基因调控网络的分类 | 第17-18页 |
| 1.3.2 国内外关于基因共表达网络的研究概述 | 第18-21页 |
| 1.4 研究方法 | 第21-22页 |
| 1.4.1 加权基因共表达网络构建流程 | 第21-22页 |
| 1.5 研究意义及创新性 | 第22-23页 |
| 1.5.1 本课题的研究意义 | 第22页 |
| 1.5.2 本课题的创新性 | 第22-23页 |
| 1.6 研究内容 | 第23-25页 |
| 1.6.1 论文结构 | 第24-25页 |
| 第二章 EV71感染细胞转录谱数据初步分析 | 第25-30页 |
| 2.1 芯片数据背景信息 | 第25-26页 |
| 2.2 数据预处理 | 第26-29页 |
| 2.2.1 数据统计 | 第26-27页 |
| 2.2.2 数据整理 | 第27-28页 |
| 2.2.3 差异基因数据初筛 | 第28-29页 |
| 2.3 构建样本表达谱矩阵 | 第29-30页 |
| 第三章 基因共表达模块和网络构建 | 第30-47页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 R语言、Bioconductor平台和WGCNA包介绍 | 第30-35页 |
| 3.2.1 R软件安装和R拓展包的安装 | 第31-32页 |
| 3.2.2 WGCNA包和Bioconductor平台 | 第32-35页 |
| 3.3 WGCNA方法构建共表达网络 | 第35-39页 |
| 3.3.1 WGCNA方法构建共表达网络流程 | 第37-39页 |
| 3.4 WGCNA关键参数的确定 | 第39-40页 |
| 3.5 共表达网络可视化 | 第40-43页 |
| 3.6 建模结果与讨论 | 第43-46页 |
| 3.6.1 病毒感染相关模块的关联度 | 第43-45页 |
| 3.6.2 网络可视化及枢纽基因 | 第45-46页 |
| 3.7 小结 | 第46-47页 |
| 第四章 网络模块的功能分析 | 第47-57页 |
| 4.1 引言 | 第47页 |
| 4.2 数据与方法 | 第47-48页 |
| 4.2.1 GO富集分析 | 第47-48页 |
| 4.2.2 基因通路分析 | 第48页 |
| 4.3 生物信息学分析结果与讨论 | 第48-55页 |
| 4.3.1 GO分析结果 | 第48-52页 |
| 4.3.2 通路分析结果 | 第52-54页 |
| 4.3.3 枢纽基因表达的相关性结果 | 第54-55页 |
| 4.4 小结 | 第55-57页 |
| 第五章 枢纽基因功能的初步验证 | 第57-64页 |
| 5.1 引言 | 第57页 |
| 5.2 材料 | 第57-58页 |
| 5.2.1 细胞和病毒 | 第57页 |
| 5.2.2 试剂和耗材 | 第57-58页 |
| 5.2.3 仪器设备 | 第58页 |
| 5.3 实验方法 | 第58-62页 |
| 5.3.1 RD细胞的培养 | 第59-60页 |
| 5.3.2 细胞总RNA的提取 | 第60页 |
| 5.3.3 基因组cDNA的制备 | 第60-61页 |
| 5.3.4 qPCR检测基因的转录水平 | 第61-62页 |
| 5.4 实验结果与讨论 | 第62-64页 |
| 第六章 总结与展望 | 第64-65页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第64页 |
| 6.2 本文工作展望 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 附图1 | 第66-67页 |
| 附图2 | 第67-68页 |
| 附图3 | 第68页 |
| 附图4 | 第68-69页 |
| 附录 缩略词中英文对照表 | 第69-71页 |
| 附录 作者简历 | 第71-72页 |
| 教育经历 | 第71页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第71-72页 |
| 附录 代码 | 第72-79页 |
| References | 第79-99页 |