| 致谢 | 第4-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-19页 |
| 1.1 家禽肠道微生物概况 | 第11页 |
| 1.2 肠道菌群的建立及影响因素 | 第11-14页 |
| 1.2.1 肠道菌群的演变过程 | 第11-12页 |
| 1.2.1.1 育雏期 | 第11-12页 |
| 1.2.1.2 育成期 | 第12页 |
| 1.2.1.3 产蛋期 | 第12页 |
| 1.2.2 影响肠道菌群演变的主要因素 | 第12-14页 |
| 1.2.2.1 日龄 | 第12-13页 |
| 1.2.2.2 环境及日粮 | 第13页 |
| 1.2.2.3 抗生素 | 第13页 |
| 1.2.2.4 益生菌 | 第13-14页 |
| 1.2.2.5 病原微生物感染 | 第14页 |
| 1.3 肠道微生物的生理功能 | 第14-16页 |
| 1.3.1 生物屏障功能 | 第14-15页 |
| 1.3.2 营养代谢功能及抑菌作用 | 第15页 |
| 1.3.3 免疫功能 | 第15-16页 |
| 1.3.4 促进生长发育功能 | 第16页 |
| 1.4 肠道微生物的研究方法 | 第16-17页 |
| 1.4.1 变性梯度凝胶电泳技术 | 第16-17页 |
| 1.4.2 高通量测序技术 | 第17页 |
| 1.5 粪菌移植 | 第17-19页 |
| 2 引言 | 第19-21页 |
| 3 不同产蛋水平蛋鸡粪便菌群结构多样性研究 | 第21-33页 |
| 3.1 材料与方法 | 第21-23页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第21页 |
| 3.1.1.1 样品采集与分组 | 第21页 |
| 3.1.1.2 试验试剂与仪器 | 第21页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第21-23页 |
| 3.1.2.1 粪便样品DNA提取 | 第21-22页 |
| 3.1.2.2 16S rRNA基因V4~V5区的PCR扩增 | 第22-23页 |
| 3.1.2.3 Illumina高通量测序 | 第23页 |
| 3.1.3 生物信息学分析 | 第23页 |
| 3.2 结果与分析 | 第23-30页 |
| 3.2.1 粪便微生物基因组DNA的提取和PCR扩增 | 第23-24页 |
| 3.2.2 Illumina测序 | 第24-30页 |
| 3.2.2.1 测序基本数据分析 | 第24-26页 |
| 3.2.2.2 丰度分布曲线 | 第26-27页 |
| 3.2.2.3 多样性分析 | 第27-28页 |
| 3.2.2.4 不同产蛋水平鸡肠道微生物群落组成比较分析 | 第28-29页 |
| 3.2.2.5 不同产蛋水平鸡肠道微生物群落功能比较分析 | 第29-30页 |
| 3.3 讨论 | 第30-33页 |
| 4 粪菌移植对不同产蛋水平蛋鸡肠道菌群结构的影响 | 第33-47页 |
| 4.1 材料与方法 | 第33-36页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第33-34页 |
| 4.1.1.1 样品采集与分组 | 第33页 |
| 4.1.1.2 试验试剂与仪器 | 第33-34页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第34-36页 |
| 4.1.2.1 粪便悬液的制备 | 第34页 |
| 4.1.2.2 动物分组及给药 | 第34页 |
| 4.1.2.3 粪便样品DNA提取 | 第34页 |
| 4.1.2.4 16S rRNA基因V4~V5区的PCR扩增 | 第34页 |
| 4.1.2.5 变性梯度凝胶电泳PCR-DGGE | 第34-36页 |
| 4.1.3 数据处理与统计分析 | 第36页 |
| 4.1.3.1 DGGE指纹图谱分析及相似性UPGMA聚类分析 | 第36页 |
| 4.1.3.2 DGGE指纹图谱的PCA分析 | 第36页 |
| 4.2 结果与分析 | 第36-44页 |
| 4.2.1 高产组产蛋水平差异分析 | 第36-37页 |
| 4.2.2 低产组产蛋水平差异分析 | 第37页 |
| 4.2.3 高产、低产蛋鸡粪便菌群多样性分析 | 第37-44页 |
| 4.2.3.1 高产自然恢复组 | 第37-39页 |
| 4.2.3.2 高产粪菌移植组 | 第39-40页 |
| 4.2.3.3 低产自然恢复组 | 第40-42页 |
| 4.2.3.4 低产粪菌移植组 | 第42-43页 |
| 4.2.3.5 不同时间点肠道菌群多样性指数分析 | 第43-44页 |
| 4.3 讨论 | 第44-47页 |
| 5 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-61页 |
| ABSTRACT | 第61-63页 |
