| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 符号及缩略语说明 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 第一节 矿物风化细菌资源 | 第14-16页 |
| 第二节 细菌矿物风化作用的研究意义 | 第16-17页 |
| 第三节 微生物风化矿物机理及其影响因素 | 第17-22页 |
| 1 有机酸的酸解与络合作用 | 第17-18页 |
| 2 微生物形成生物膜 | 第18-19页 |
| 3 氧化还原作用 | 第19-20页 |
| 4 微生物产铁载体等络合物风化矿物研究 | 第20-21页 |
| 5 微生物风化矿物其他机理 | 第21页 |
| 6 环境条件对细菌风化矿物的影响 | 第21-22页 |
| 第四节 谷氨酰胺(Glutamine,Gln)的生理作用 | 第22-24页 |
| 1 谷氨酰胺 | 第22页 |
| 2 谷氨酰胺与铵同化 | 第22-23页 |
| 3 谷氨酰胺与细菌耐酸 | 第23页 |
| 4 谷氨酰胺与细菌氮代谢调控 | 第23-24页 |
| 第五节 与丙酮酸相关的代谢产物合成 | 第24-27页 |
| 1 丙氨酸合成 | 第24-25页 |
| 2 缬氨酸合成 | 第25页 |
| 3 乙酸合成 | 第25-27页 |
| 第六节 本课题的研究目的与意义 | 第27-28页 |
| 第二章 高效黑云母风化细菌的分离与鉴定 | 第28-62页 |
| 第一节 黑云母风化细菌的分离与鉴定及其对黑云母的风化作用 | 第28-37页 |
| 1 材料 | 第28-29页 |
| 1.1 植物与土壤样品采集 | 第28页 |
| 1.2 水洗黑云坶矿粉准备 | 第28页 |
| 1.3 培养基 | 第28-29页 |
| 1.4 仪器 | 第29页 |
| 2 方法 | 第29-32页 |
| 2.1 细菌分离纯化 | 第29-30页 |
| 2.2 供试菌株对黑云母风化作用 | 第30页 |
| 2.3 供试菌株的限制性片段长度多态性分析(Amplified ribosomal DNA restriction analysis,ARDRA) | 第30-32页 |
| 2.4 发酵液中有机酸含量测定 | 第32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-35页 |
| 3.1 细菌分离纯化 | 第32页 |
| 3.2 高效黑云母风化细菌筛选 | 第32-33页 |
| 3.3 供试菌株ARDRA分析 | 第33-35页 |
| 4 讨论 | 第35-37页 |
| 第二节 菌株S71生理生化特征及其对黑云母的风化作用 | 第37-52页 |
| 1 材料 | 第37-38页 |
| 1.1 供试菌株与培养基 | 第37页 |
| 1.2 实验试剂 | 第37页 |
| 1.3 仪器设备 | 第37-38页 |
| 2 方法 | 第38-41页 |
| 2.1 菌株S71生理生化特征 | 第38-39页 |
| 2.2 菌株S71产铁载体类型分析 | 第39页 |
| 2.3 菌株S71系统发育关系确定 | 第39页 |
| 2.4 菌株S71 rpoB基因克隆、测序与系统进化分析 | 第39-40页 |
| 2.5 菌株S71在改良BHm培养基条件下产有机酸测定 | 第40页 |
| 2.6 环境条件对菌株S71风化黑云母影响 | 第40-41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-50页 |
| 3.1 菌株S71生理生化特征 | 第41-42页 |
| 3.2 菌株S71产铁载体测定 | 第42页 |
| 3.3 菌株S71 16S rDNA系统发育地位分析 | 第42-43页 |
| 3.4 菌株S71 rpoB系统发育地位分析 | 第43-44页 |
| 3.5 菌株S71在改良BHm培养基中风化黑云母作用及产有机酸类型 | 第44-46页 |
| 3.6 环境条件对菌株S71风化黑云母影响 | 第46-50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| 第三节 矿物风化细菌TH-19的分类地位研究 | 第52-62页 |
| 1 材料 | 第52-53页 |
| 1.1 菌株 | 第52页 |
| 1.2 培养基 | 第52-53页 |
| 1.3 仪器设备 | 第53页 |
| 2 方法 | 第53-56页 |
| 2.1 菌株TH-19体形态观察 | 第53页 |
| 2.2 菌株TH-19生理生化与碳源利用测定 | 第53-54页 |
| 2.3 菌体细胞脂肪酸成份分析 | 第54页 |
| 2.4 菌体醌类型分析 | 第54-55页 |
| 2.5 细菌16S rDNA序列分析 | 第55页 |
| 2.6 细菌DNA的G+C mol%含量的测定 | 第55-56页 |
| 2.7 DNA-DNA同源性分析 | 第56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-62页 |
| 3.1 菌株TH-19菌形态 | 第56-57页 |
| 3.2 菌株TH-19生理生化与碳源利用测定 | 第57-58页 |
| 3.3 菌株TH-19菌体细胞脂肪酸与醌组成分析 | 第58-59页 |
| 3.4 菌株TH-19 16S rDNA系统发育分析 | 第59-60页 |
| 3.5 菌株TH-19 DNA的G+C mol%含量分析 | 第60页 |
| 3.6 菌株TH-19 DNA-DNA同源性分析 | 第60-62页 |
| 第三章 谷氨酰胺对菌株S71风化黑云母的影响 | 第62-86页 |
| 第一节 谷氨酰胺对菌株S71风化黑云母的影响 | 第62-77页 |
| 1 材料与试剂 | 第62-63页 |
| 1.1 菌株 | 第62页 |
| 1.2 培养基 | 第62页 |
| 1.3 试剂 | 第62-63页 |
| 1.4 仪器 | 第63页 |
| 2 方法 | 第63-65页 |
| 2.1 谷氨酰胺对菌株S71风化黑云母的影响 | 第63-64页 |
| 2.2 不同浓度Gln对菌株S71风化黑云母的影响 | 第64页 |
| 2.3 Gln对不同种属细菌风化黑云母的影响 | 第64-65页 |
| 2.4 不同氨基酸对S71风化黑云母的影响 | 第65页 |
| 3 结果与分析 | 第65-75页 |
| 3.1 Gln对菌株S71风化黑云母的影响 | 第65-69页 |
| 3.2 不同浓度Gln对菌株S71风化黑云母的影响 | 第69-71页 |
| 3.3 Gln对不同种属细菌风化黑云母的影响 | 第71-73页 |
| 3.4 氨基酸对菌株S71风化黑云母的影响 | 第73-75页 |
| 4 讨论 | 第75-77页 |
| 第二节 谷氨酰胺对菌株S71细胞内代谢物的影响 | 第77-86页 |
| 1 材料与试剂 | 第77-78页 |
| 1.1 材料 | 第77页 |
| 1.2 培养基 | 第77页 |
| 1.3 试剂 | 第77页 |
| 1.4 仪器 | 第77-78页 |
| 2 方法 | 第78-79页 |
| 2.1 细胞内代谢物提取 | 第78页 |
| 2.2 细胞内代谢物衍生化 | 第78页 |
| 2.3 细胞内代谢物GC-MS分析条件 | 第78-79页 |
| 2.4 特征代谢物的鉴定 | 第79页 |
| 2.5 代谢物数据分析 | 第79页 |
| 3 结果与分析 | 第79-83页 |
| 3.1 菌株S71细胞内代谢物分析 | 第79-83页 |
| 4 讨论 | 第83-86页 |
| 第四章 乙酸合成基因突变对菌株S71风化黑云母的影响 | 第86-122页 |
| 第一节 poxB基因突变对菌株S71风化黑云母的影响 | 第86-102页 |
| 1 试验材料 | 第86-88页 |
| 1.1 菌株与质粒 | 第86-87页 |
| 1.2 培养基 | 第87页 |
| 1.3 仪器 | 第87-88页 |
| 1.4 酶和试剂 | 第88页 |
| 2 方法 | 第88-95页 |
| 2.1 细菌总DNA提取 | 第88页 |
| 2.2 感受态细胞制备 | 第88页 |
| 2.3 发酵液中Al含量测定-铝试剂比色法 | 第88-89页 |
| 2.4 发酵液中Fe含量测定-邻菲罗啉比色法 | 第89页 |
| 2.5 poxB基因序列扩增 | 第89页 |
| 2.6 poxB基因的敲除 | 第89-95页 |
| 2.7 poxB基因敲除对S71产乙酸及其风化黑云母的影响 | 第95页 |
| 3 结果 | 第95-100页 |
| 3.1 poxB基因及其侧翼序列扩增与序列测定 | 第95页 |
| 3.2 菌株S71 poxB基因敲除 | 第95-97页 |
| 3.3 poxB墓因敲除对S71产乙酸及其风化黑云母的影响 | 第97-100页 |
| 4 讨论 | 第100-102页 |
| 第二节 pta、ackA基因突变对菌株S71风化黑云母的影响 | 第102-122页 |
| 1 试验材料 | 第102页 |
| 1.1 菌株与质粒 | 第102页 |
| 1.2 培养基与培养条件 | 第102页 |
| 1.3 仪器 | 第102页 |
| 1.4 酶和试剂 | 第102页 |
| 2 方法 | 第102-110页 |
| 2.1 细菌总DNA提取 | 第102页 |
| 2.2 pta、ackA基因序列扩增 | 第102-103页 |
| 2.3 pta、ackA基因的敲除 | 第103-108页 |
| 2.4 pta、ackA基因功能回补 | 第108-110页 |
| 2.5 pta、ackA基因敲除对S71风化黑云母以及其产乙酸的影响 | 第110页 |
| 3 结果与分析 | 第110-120页 |
| 3.1 pta、ackA基因序列扩增 | 第110-111页 |
| 3.2 pta、ackA基因的敲除 | 第111-113页 |
| 3.3 pta、ackA基因的功能回补 | 第113-114页 |
| 3.4 pta、ackA基因敲除对菌株S71产乙酸及其风化黑云母的影响 | 第114-120页 |
| 4 讨论 | 第120-122页 |
| 全文总结 | 第122-124页 |
| 本文创新之处 | 第124-126页 |
| 研究展望 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-142页 |
| 附录 | 第142-160页 |
| 攻读博士学位期间发表与待发表论文 | 第160-162页 |
| 致谢 | 第162页 |
