| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-27页 |
| ·转录组测序技术及研究进展 | 第9-14页 |
| ·测序技术的历史与发展 | 第9-13页 |
| ·高通量转录组测序研究进展 | 第13-14页 |
| ·长春花转录组与萜类吲哚生物碱代谢途径研究进展 | 第14-25页 |
| ·长春花转录组研究进展 | 第15-16页 |
| ·长春花萜类吲哚生物碱代谢途径的解析 | 第16-22页 |
| ·长春花萜类吲哚生物碱代谢途径的调控 | 第22-25页 |
| ·合成生物学与天然产物的异源合成 | 第25-27页 |
| ·合成生物学的概念与研究思路 | 第25-26页 |
| ·合成生物学在天然产物异源合成研究中的应用 | 第26-27页 |
| 第二章 研究材料与方法 | 第27-44页 |
| ·材料、试剂与设备 | 第27-29页 |
| ·植物材料 | 第27页 |
| ·试剂 | 第27-28页 |
| ·总RNA提取、反转录和均一化 | 第27页 |
| ·转录组测序 | 第27页 |
| ·PCR、电泳和载体构建 | 第27-28页 |
| ·主要设备 | 第28-29页 |
| ·总RNA提取、反转录和均一化 | 第28页 |
| ·转录组测序 | 第28页 |
| ·PCR、电泳和载体构建 | 第28-29页 |
| ·方法 | 第29-44页 |
| ·PacBio三代转录组测序 | 第29-39页 |
| ·总RNA的提取 | 第29页 |
| ·反转录与cDNA均一化 | 第29-37页 |
| ·片段分选 | 第37-38页 |
| ·文库构建与测序 | 第38-39页 |
| ·数据处理与分析 | 第39页 |
| ·Illumina二代转录组测序 | 第39-40页 |
| ·总RNA的提取 | 第39页 |
| ·文库构建与测序 | 第39页 |
| ·数据处理与分析 | 第39-40页 |
| ·代谢途径关键酶基因的克隆与载体构建 | 第40-44页 |
| ·基因克隆 | 第40-42页 |
| ·载体构建 | 第42-44页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第44-72页 |
| ·基于Illumina二代测序平台的长春花转录组分析 | 第44-57页 |
| ·测序数据的质量评估与预处理 | 第44-45页 |
| ·转录本拼接 | 第45-46页 |
| ·基因功能注释 | 第46-50页 |
| ·SSR分析 | 第50-51页 |
| ·差异表达分析 | 第51-55页 |
| ·TIAs途径基因表达差异分析及基因挖掘 | 第55-57页 |
| ·基于PacBio三代测序平台的可变剪切分析 | 第57-60页 |
| ·PacBio三代测序与全长转录本 | 第57-59页 |
| ·TIAs合成途径相关转录因子及催化酶编码基因的可变剪切 | 第59-60页 |
| ·基于转录组数据的密码子使用偏好性分析 | 第60-64页 |
| ·通过转录组数据进行密码子使用偏好性分析的可行性 | 第60-61页 |
| ·基于转录组的长春花密码子偏好性分析 | 第61-64页 |
| ·长春花基因密码子的GC含量分析 | 第61页 |
| ·长春花基因有效密码子数(ENC)分析 | 第61-62页 |
| ·长春花基因最优密码子分析 | 第62-64页 |
| ·环烯醚萜的途径关键酶基因的克隆与载体构建 | 第64-72页 |
| ·环烯醚萜途径关键酶基因的克隆 | 第64-67页 |
| ·SOE-PCR法构建表达模块 | 第67-72页 |
| 第四章 结论 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-87页 |
| 缩略词 | 第87-88页 |
| 附录 | 第88-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 作者简历 | 第109页 |