| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-18页 |
| 第一节 背景介绍 | 第12-14页 |
| ·流感病毒简介 | 第12-13页 |
| ·流感病毒的抗体和药物 | 第13-14页 |
| 第二节 主要研究内容 | 第14-15页 |
| ·药物有效性分析及寻找药物混合物的通用算法 | 第14页 |
| ·CR6261与阿奇霉素复合物的分子作用机制的计算性分析 | 第14-15页 |
| ·重组与发现方法 | 第15页 |
| 第三节 所使用的工具 | 第15-18页 |
| 第二章 寻找有效药物混合物的通用方法 | 第18-41页 |
| 第一节 评估药物有效性的可计算特征 | 第18-27页 |
| ·靶蛋白面板 | 第18-19页 |
| ·药物面板 | 第19-20页 |
| ·基准口袋面板 | 第20-23页 |
| ·可计算特征挖掘 | 第23-27页 |
| 第二节 寻找药物混合物的通用算法 | 第27-41页 |
| ·算法的基本内容 | 第27-30页 |
| ·算法的应用 | 第30-34页 |
| ·算法的改进 | 第34-41页 |
| 第三章 药物-抗体复合分子作用机制的计算分析 | 第41-61页 |
| 第一节 数据集及相关信息 | 第41-46页 |
| ·数据集 | 第41-42页 |
| ·重建树状图 | 第42-44页 |
| ·重新分析保守位点 | 第44-46页 |
| 第二节 确定分子作用机制 | 第46-50页 |
| ·药物面板与基准口袋研究 | 第46-48页 |
| ·绑定位置的邻域 | 第48-49页 |
| ·基准口袋大小带来的影响 | 第49页 |
| ·单克隆抗体疗效增强的分子机制 | 第49-50页 |
| 第三节 药物-抗体混合物的抗药耐受性 | 第50-54页 |
| ·血凝素与抗体间的结合能范围估计 | 第50-51页 |
| ·血凝素变化导致的结合能最大可能损失 | 第51-53页 |
| ·达菲高宽容度绑定位点的足迹 | 第53-54页 |
| 第四节 提升广谱抗体为通用抗体的分子机制 | 第54-61页 |
| ·确认抗体与靶蛋白可对接 | 第54-56页 |
| ·确认药物的绑定位置 | 第56-58页 |
| ·达菲可提升CR8020为通用抗体 | 第58页 |
| ·阿奇霉素可提升CR6261为通用抗体 | 第58-60页 |
| ·如何将F10提升为通用抗体 | 第60-61页 |
| 第四章 重组发现方法 | 第61-73页 |
| 第一节 数据准备与进化树重建 | 第61-64页 |
| ·数据准备 | 第61-63页 |
| ·进化树重建 | 第63-64页 |
| 第二节 重组发现 | 第64-73页 |
| ·基于概率的重组发现 | 第64-68页 |
| ·基于相似区域的重组发现 | 第68-73页 |
| 第五章 结论 | 第73-75页 |
| 附录A 改进的X算法应用于实例得到的结果 | 第75-76页 |
| 附录B 四个片段所有位点的保守性分析结果 | 第76-89页 |
| 附录C 最佳绑定位置非共价键数量 | 第89-91页 |
| 附录D 其他位点的非共价键数量 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-100页 |
| 致谢 | 第100-102页 |
| 个人简历 | 第102页 |
| 在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第102页 |