| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-27页 |
| ·RNA二级结构 | 第10-15页 |
| ·引言 | 第10-11页 |
| ·生物信息学的应用和主要研究内容 | 第11-12页 |
| ·预测RNA二级结构的方法 | 第12-14页 |
| ·预测RNA二级结构的工具 | 第14-15页 |
| ·RNA假结结构 | 第15-23页 |
| ·假结结构概述 | 第15-17页 |
| ·RNA假结结构的功能 | 第17-18页 |
| ·预测假结 | 第18-20页 |
| ·实际采用的软件和数据库概述 | 第20-22页 |
| ·假结结构的实验验证方法 | 第22-23页 |
| ·日本血吸虫及血吸虫病 | 第23-25页 |
| ·日本血吸虫 | 第23页 |
| ·血吸虫疾病 | 第23-24页 |
| ·发病机制及治疗药物 | 第24页 |
| ·血吸虫基因组研究 | 第24-25页 |
| ·研究目的、思路和方法 | 第25-27页 |
| ·研究目的 | 第25页 |
| ·研究思路 | 第25-27页 |
| 第二章 假结预测软件的测试和挑选 | 第27-32页 |
| ·软件的测试 | 第27页 |
| ·挑选标准 | 第27-28页 |
| ·测试结果 | 第28-29页 |
| ·实际应用测试 | 第29-31页 |
| ·pseudoknot预测软件总结 | 第31-32页 |
| 第三章 批量在线提交程序的编写及软件的本地化 | 第32-45页 |
| ·在线批量提交的系统环境 | 第32-33页 |
| ·硬件环境 | 第32-33页 |
| ·操作系统采用 | 第33页 |
| ·程序语言 | 第33页 |
| ·在线批量提交程序的编写 | 第33-42页 |
| ·批量提交的原理 | 第33页 |
| ·perl语言简介 | 第33页 |
| ·程序编写中采用的基本命令和模块概述 | 第33-36页 |
| ·GeneBee软件批量提交程序的编写 | 第36-40页 |
| ·Dotknot软件批量提交模式的编写 | 第40-42页 |
| ·Pknots-RG软件的本地化 | 第42-45页 |
| ·Pknots-RG软件的参数介绍 | 第42-43页 |
| ·Pknots-RG筛选数据程序 | 第43-45页 |
| 第四章 批量提交运行 | 第45-48页 |
| ·实验流程 | 第45页 |
| ·数据来源 | 第45页 |
| ·系统设置及软件环境 | 第45-46页 |
| ·数据预处理 | 第46页 |
| ·运行结果 | 第46-48页 |
| ·假结结构在线提交模式汇总 | 第46页 |
| ·假结结构预测汇总 | 第46-48页 |
| 第五章 核糖体移码位点预测及数据处理 | 第48-56页 |
| ·使用FSfinder进行移码位点的预测 | 第48-52页 |
| ·Fsfinder软件概述 | 第48-49页 |
| ·Fsifnd软件实际分析结果 | 第49-52页 |
| ·GO分类 | 第52-53页 |
| ·进行GC含量统计分析 | 第53页 |
| ·使用orffinder进一步分析序列中的阅读框 | 第53-55页 |
| ·ORF finder在线程序简介 | 第54页 |
| ·ORF finder实际使用结果 | 第54-55页 |
| ·移码序列的生物信息学分析 | 第55页 |
| ·结论 | 第55-56页 |
| 第六章 利用蛋白质组数据验证假结结构及对应的程序性核糖体移码现象 | 第56-67页 |
| ·实验材料和方法 | 第56-58页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·实验方法 | 第56-58页 |
| ·数据比对过程及验证结果 | 第58-59页 |
| ·蛋白质组数据验证结果分析 | 第59-67页 |
| 第七章 体外克隆表达验证 | 第67-80页 |
| ·候选基因的基本信息 | 第67-70页 |
| ·实验材料 | 第70-73页 |
| ·质粒 | 第70-71页 |
| ·大肠杆菌菌株 | 第71页 |
| ·试剂 | 第71页 |
| ·培养基 | 第71-72页 |
| ·其他材料 | 第72页 |
| ·主要仪器 | 第72页 |
| ·其他试剂 | 第72-73页 |
| ·实验及分析方法 | 第73-74页 |
| ·分子克隆相关实验 | 第73页 |
| ·Western分析步骤 | 第73-74页 |
| ·试验结果和讨论 | 第74-80页 |
| ·质粒构建 | 第74-76页 |
| ·蛋白表达 | 第76-77页 |
| ·对表达蛋白的免疫杂交(Western Blot)分析 | 第77-79页 |
| ·讨论 | 第79-80页 |
| 第八章 总结和展望 | 第80-104页 |
| ·生物信息学分析的优化手段 | 第80页 |
| ·预测假结结构的方法 | 第80页 |
| ·对于核糖体移码假结的预测 | 第80页 |
| ·日本血吸虫基因组中含有假结结构的序列 | 第80-81页 |
| ·目前存在的问题 | 第81-104页 |
| 参考文献 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106页 |