| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-17页 |
| 符号说明 | 第17-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-74页 |
| ·天然产物生物合成领域的研究思路与路线 | 第20-37页 |
| ·天然产物研究的现状 | 第20-21页 |
| ·新的天然产物筛选方法 | 第21-23页 |
| ·对天然产物的生物合成的研究和组合生物学 | 第23-24页 |
| ·天然产物生物合成领域的研究思路与路线 | 第24-37页 |
| ·聚酮合酶的结构与反应机理 | 第37-52页 |
| ·DEBS 流水线合成 | 第37-39页 |
| ·从DEBS 一级序列中推测其结构特点 | 第39-40页 |
| ·从有限的蛋白水解研究中深入了解其结构 | 第40-41页 |
| ·高精确DEBS 的结构分析 | 第41页 |
| ·KS-AT 双结构域 | 第41-43页 |
| ·KR 结构域 | 第43-44页 |
| ·ER 和DH 结构域的模型 | 第44-45页 |
| ·ACP 结构域 | 第45-47页 |
| ·硫脂酶TE 结构域 | 第47-48页 |
| ·连接子(Linker) | 第48页 |
| ·DEBS 的结构模型 | 第48-51页 |
| ·在DEBS 中的蛋白-蛋白相互作用 | 第51-52页 |
| ·聚醚抗生素生物合成进展 | 第52-64页 |
| ·聚醚抗生素南昌霉素(nanchangmycin)的生物合成基因簇 | 第54-56页 |
| ·聚醚抗生素莫能霉素(monensin)的生物合成基因簇 | 第56-57页 |
| ·聚醚抗生素尼日利亚霉素(nigericin)的生物合成基因簇 | 第57-59页 |
| ·聚醚合成模型的验证 | 第59-62页 |
| ·证明 MonB 为环氧化物水解酶 | 第62-64页 |
| ·南昌链霉菌中天然产物生物合成研究进展 | 第64-74页 |
| ·南昌链霉菌简介 | 第64-65页 |
| ·南昌链霉菌所产生的南昌霉素和梅岭霉素 | 第65-67页 |
| ·南昌链南昌链霉菌基因克隆系统的建立 | 第67-68页 |
| ·南昌链霉菌中聚酮合酶(PKS)生物合成基因簇 | 第68-69页 |
| ·南昌链霉生物合成基因簇 | 第69页 |
| ·梅岭霉素生物合成基因簇的定位与部分序列的测定 | 第69-72页 |
| ·南寡霉素生物合成基因簇 | 第72-74页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第74-99页 |
| ·实验材料 | 第74-87页 |
| (1) 菌株 | 第74-76页 |
| (2) 质粒 | 第76-80页 |
| (3) 蛋白 | 第80-83页 |
| (4) 合成化合物底物 | 第83-84页 |
| (5) 培养基和化学试剂 | 第84-87页 |
| ·实验方法 | 第87-99页 |
| ·链霉菌培养及菌种保藏 | 第87页 |
| ·大肠杆菌质粒质粒DNA 的提取 | 第87页 |
| ·大肠杆菌和链霉菌质粒DNA 的少量快速提取及检测 | 第87页 |
| ·链霉菌质粒DNA的大量提取 | 第87-88页 |
| ·链霉菌总DNA 的少量快速提取 | 第88页 |
| ·DNA 片段的回收(维特洁试剂盒) | 第88-89页 |
| ·小量PCR 产物的纯化 | 第89页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第89页 |
| ·质粒DNA 对大肠杆菌感受态细胞的转化 | 第89页 |
| ·高压电穿孔法转化大肠杆菌 | 第89-90页 |
| ·链霉菌文库的构建(以pHZ1358 为载体) | 第90-92页 |
| ·放射性杂交 | 第92-94页 |
| ·两亲本介导的质粒DNA 的跨属接合转移及初步验证 | 第94-95页 |
| ·南昌霉素的生物学活性测定 | 第95页 |
| ·南昌霉素霉素以及衍生物的快速提取 | 第95页 |
| ·利用HPLC-MS 对南昌霉素以及衍生物进行检测分析 | 第95-96页 |
| ·利用MALDI-TOF 对NanE 与底物酶反应以及蛋白和肽段分子量和检测 | 第96页 |
| ·链霉菌总 RNA 的提取 | 第96-97页 |
| ·链霉菌总RNA 的逆转录反应以及cDNA 的聚合酶链式反应(RT-PCR) | 第97页 |
| ·生物信息学分析 | 第97-99页 |
| 第三章 确定NANE 是一个新型的硫脂酶在南昌霉素生物合成途径中负责聚醚链的释放 | 第99-130页 |
| ·前言 | 第99-101页 |
| ·结果与分析 | 第101-123页 |
| ·CR 结构域的同框缺失，互补以及I 型硫脂酶的替换 | 第101-109页 |
| ·nanE 基因的同框缺失和互补 | 第109-111页 |
| ·在大肠杆菌中异源表达并纯化CR 结构域与NanE 蛋白 | 第111-115页 |
| ·化学合成底物南昌霉素半胱胺硫脂 | 第115-118页 |
| ·NanE 蛋白与CR 蛋白体外酶解底物反应 | 第118-121页 |
| ·通过RT-PCR 对nanE 基因进行转录分析 | 第121-123页 |
| ·本章的总结与讨论 | 第123-130页 |
| 第四章 NANE 蛋白的机理研究 | 第130-170页 |
| ·前言 | 第130-131页 |
| ·结果与分析 | 第131-163页 |
| ·聚醚类硫脂酶的序列比对与NanE 蛋白的三维结构预测 | 第131-132页 |
| ·通过定点突变对预测的活性中心进行验证 | 第132-139页 |
| ·通过糖基转移酶基因nanG5 的敲除来积累南昌霉素糖苷配基 | 第139-145页 |
| ·通过有机酸水解的方法得到南昌霉素糖苷配基 | 第145-149页 |
| ·利用RT-PCR 对南昌霉素生物合成途径中糖基转移酶基因的转录进行分析 | 第149-153页 |
| ·化学合成多种氮-乙酰聚醚硫酯底物 | 第153-155页 |
| ·对NanE 底物识别能力的评估 | 第155页 |
| ·对NanE 与其突变体可以识别的底物进行酶动力学研究 | 第155-163页 |
| ·讨论与结论 | 第163-170页 |
| 第五章 硫脂酶NANE 蛋白与ACP 结构域的相互作用 | 第170-184页 |
| ·前言 | 第170-171页 |
| ·结果与分析 | 第171-183页 |
| ·凝血酶对NanE 氮端组氨酸标签的去除 | 第171-176页 |
| ·蛋白酶HRV 3C 对NanE 氮端组氨酸标签的去除 | 第176-179页 |
| ·NanE 与ACP14-CR 和ACP13 的相互作用 | 第179-183页 |
| ·小结与讨论 | 第183-184页 |
| 第六章 聚酮化合物向聚醚化合物转变的机制 | 第184-212页 |
| ·前言 | 第184-186页 |
| ·两种聚醚形成假说的证明 | 第186-198页 |
| ·克隆NANS module3+TE | 第187-189页 |
| ·克隆NANS module7+TE | 第189-191页 |
| ·克隆NANS module2+TE | 第191-195页 |
| ·巨型模块蛋白的表达与纯化 | 第195-196页 |
| ·巨型模块蛋白功能的鉴定 | 第196-198页 |
| ·NANO 蛋白功能的研究 | 第198-205页 |
| ·NanO 体外功能的探索 | 第199-202页 |
| ·利用NanO 的保守序列设计引物来寻找新的聚醚化合物及其基因簇.. | 第202-205页 |
| ·NANI 基因功能的研究 | 第205-207页 |
| ·在体内对nanI 基因进行缺失 | 第205-207页 |
| ·nanI 基因的回补 | 第207页 |
| ·小结与讨论 | 第207-212页 |
| 第七章 梅岭霉素生物合成基因簇的完整克隆 | 第212-226页 |
| ·前言 | 第212-214页 |
| ·对柯斯质粒14A1 编码区域进行大片断缺失 | 第214-219页 |
| ·对梅岭霉素基因簇向右侧进行染色体步移 | 第219-221页 |
| ·对梅岭霉素基因簇剩余PKS 基因的克隆 | 第221-224页 |
| ·小节与讨论 | 第224-226页 |
| 第八章 总结与展望 | 第226-231页 |
| ·本研究工作总结与主要创新点 | 第226-229页 |
| ·南昌霉素生物合成研究的进一步工作的展望 | 第229-231页 |
| 参考文献 | 第231-238页 |
| 附图 | 第238-255页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文目录 | 第255-256页 |
| 致谢 | 第256-260页 |
