| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-20页 |
| 1 下一代测序技术简介 | 第8-15页 |
| ·Solexa 测序技术 | 第10-12页 |
| ·SOLiD 测序技术 | 第12-13页 |
| ·Roche (454) GS FLX 测序技术 | 第13-15页 |
| 2 下一代测序技术的应用 | 第15-17页 |
| 3 下一代测序数据概述 | 第17-18页 |
| 4 下一代测序数据比对和组装的重要意义 | 第18页 |
| 5 短序列比对面临的挑战 | 第18-20页 |
| 第二章 短序列比对软件评价方案 | 第20-29页 |
| 1 实验数据 | 第20-22页 |
| ·基因组序列数据（Reference genomes） | 第20页 |
| ·下一代测序实际数据（Real-life data） | 第20-21页 |
| ·下一代测序模拟数据（In silico data） | 第21-22页 |
| 2 主要的短序列比对软件 | 第22页 |
| 3 软件运行环境 | 第22-23页 |
| 4.评价方案 | 第23-29页 |
| ·收集待评价的短序列比对软件 | 第24-25页 |
| ·比对算法及特征功能评价 | 第25-26页 |
| （1）短序列比对算法分类比较 | 第25页 |
| （2）比对特征功能比较 | 第25-26页 |
| ·运行效率评价 | 第26-27页 |
| ·比对精确度评价 | 第27-29页 |
| 第三章 短序列比对软件比对算法及特征功能评价 | 第29-42页 |
| 1 比对算法评价 | 第29-36页 |
| ·基于哈希表数据结构的比对算法 | 第30-33页 |
| ·连续种子序列策略 | 第31-32页 |
| ·间隔种子序列策略 | 第32-33页 |
| ·基于 Burrows-Wheeler transform(BWT)数据结构的比对算法 | 第33-36页 |
| 2.比对软件特征功能评价 | 第36-42页 |
| ·适合处理的序列片段长度范围比较 | 第36-37页 |
| ·多线程计算或并行计算功能比较 | 第37-39页 |
| ·双末端片段比对功能（Paired-end alignment）比较 | 第39页 |
| ·空位比对功能（Gapped alignment）比较 | 第39-40页 |
| ·基于质量分数的比对功能比较 | 第40页 |
| ·Bisulfite alignment 功能比较 | 第40-42页 |
| 第四章 短序列比对软件运行效率评价 | 第42-51页 |
| 1 比对计算时间比较 | 第42-46页 |
| 2 内存使用量比较 | 第46-49页 |
| 3 可比对定位的短序列数目比较 | 第49-51页 |
| 第五章 短序列比对软件精确度评价 | 第51-56页 |
| 1 考虑错配因素的情况下评价比对精确度 | 第51-52页 |
| 2 考虑插入/缺失因素的情况下评价比对精确度 | 第52-54页 |
| 3 考虑片段长度因素的情况下评价比对精确度 | 第54-56页 |
| 第六章 短序列比对软件在 RNA-Seq 中相关应用 | 第56-58页 |
| 第七章 总结与展望 | 第58-62页 |
| 1 总结与结论 | 第58-60页 |
| 2 展望与未来的研究方向 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 附录一 | 第70-72页 |
| 附录二 | 第72-73页 |
| 附录三 | 第73-78页 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
