| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-17页 |
| ·背景介绍 | 第9页 |
| ·七鳃鳗的生态学和胚胎发育特征 | 第9-10页 |
| ·七鳃鳗进入基因组时代 | 第10-12页 |
| ·七鳃鳗免疫系统解剖学和系统发生学的研究进展 | 第12-14页 |
| ·七鳃鳗发育过程中淋巴造血位点的改变 | 第12-13页 |
| ·七鳃鳗是否具有胸腺 | 第13-14页 |
| ·七鳃鳗中类淋巴细胞的出现 | 第14页 |
| ·七鳃鳗中抗体存在的线索 | 第14页 |
| ·免疫球蛋白超家族类分子在非脊椎动物中的发现 | 第14-15页 |
| ·无颌类脊椎动物中特异性抗原识别分子——VLRs | 第15-16页 |
| ·结语 | 第16-17页 |
| 2 基于生物信息学的基因/蛋白质序列分析 | 第17-22页 |
| ·生物信息学概述 | 第17页 |
| ·分子进化过程的生物信息学分析的相关概念简介 | 第17-21页 |
| ·序列比对(Sequence Alignment) | 第17-19页 |
| ·序列比对的基本概念 | 第17-18页 |
| ·直系同源物与并系同源物 | 第18页 |
| ·多序列比对 | 第18-19页 |
| ·分子进化与系统发育分析 | 第19-21页 |
| ·分子进化与分子钟假说（Molecular Clock） | 第19页 |
| ·系统发育树 | 第19-20页 |
| ·构建系统进化树的方法 | 第20-21页 |
| （1） 基于算法和基于标准的建树方法 | 第20页 |
| （2） 基于距离和基于特征符的建树方法 | 第20-21页 |
| ·应用生物信息学方法分析基因或蛋白分子的方法和步骤 | 第21页 |
| ·生物信息学预测分子进化历程中存在的问题及发展前景 | 第21-22页 |
| 3 七鳃鳗VLRs 分子进化起源问题分析 | 第22-30页 |
| ·引言 | 第22页 |
| ·数据的获得 | 第22页 |
| ·VLRs 序列的比对分析 | 第22-27页 |
| ·VLRs 一级序列的比对分析 | 第22-24页 |
| ·对LRRVs 序列保守性预测 | 第24页 |
| ·对VLRs 序列的二级结构的分析 | 第24-26页 |
| ·对VLRs 分子空间结构建模 | 第26页 |
| ·VLRs 分子疏水性预测 | 第26-27页 |
| ·VLRs 分子平均柔曲性分布情况 | 第27页 |
| ·结果与讨论 | 第27-29页 |
| ·VLRs 数据的检索 | 第27-28页 |
| ·VLRs 分子结构的预测 | 第28页 |
| ·VLRs 分子疏水性的预测 | 第28页 |
| ·VLRs 分子平均柔曲性分布预测 | 第28-29页 |
| ·VLRs 序列保守性分析 | 第29-30页 |
| 4 无颌类脊椎动物VLRs 分子的形成机制 | 第30-35页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·VLR 胚系基因成熟的过程 | 第30-34页 |
| ·T/B 淋巴细胞表面受体TCR/BCR 的形成机制 | 第30-31页 |
| ·无颌类脊椎动物中VLRs 分子的可能形成机制 | 第31-34页 |
| ·VLRs 的形成过程 | 第31-32页 |
| ·七鳃鳗中执行胚系重排过程的关键分子——胞嘧啶脱胺酶 | 第32-33页 |
| ·VLRs 形成过程的理论依据 | 第33-34页 |
| ·结果与讨论 | 第34-35页 |
| 5 七鳃鳗中富含LRR 模块分子的归类分析 | 第35-40页 |
| ·关于富含LRR 模块分子的介绍 | 第35页 |
| ·七鳃鳗中富含LRRs 结构蛋白质数据的获得 | 第35-39页 |
| ·数据的检索 | 第35页 |
| ·七鳃鳗TLR-like 序列的生物信息学分析 | 第35-38页 |
| ·对七鳃鳗血小板糖蛋白GPI 分子的分析 | 第38-39页 |
| ·总结与讨论 | 第39-40页 |
| 6 七鳃鳗中含LRR 序列家族成员进化树的构建 | 第40-43页 |
| ·数据的获得 | 第40页 |
| ·进化树的构建 | 第40-41页 |
| ·血小板糖蛋白受体 | 第41页 |
| ·讨论 | 第41-43页 |
| 7 对VLR 分子起源与进化问题的讨论 | 第43-47页 |
| ·背景知识介绍 | 第43页 |
| ·适应性免疫系统的进化历程 | 第43-45页 |
| ·VLRs 分子的起源与进化问题 | 第45-47页 |
| 全文总结 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 附录 | 第53-83页 |
| 附录1 FASTA 格式的VLRs 氨基酸序列 | 第53-58页 |
| 附录2 七鳃鳗中TLR 分子氨基酸序列 | 第58-60页 |
| 附录3 构建TLR 系统发生树中TLR 分子的氨基酸序列 | 第60-77页 |
| 附录4 编码GPIX 的EST 序列及编码的氨基酸序列 | 第77-78页 |
| 附录5 编码GP1BA 的EST 序列及编码的氨基酸序列 | 第78-79页 |
| 附录6 编码GP1BB 的EST 序列及编码的氨基酸序列 | 第79页 |
| 附录7 血小板糖蛋白家分子的族氨基酸一级序列 | 第79-81页 |
| 附表8 LRRVe 保守序列 | 第81-83页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第83-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
