| 第一章 绪论 | 第1-12页 |
| 1．1 引言 | 第7页 |
| 1．2 DM在生物信息中的应用 | 第7-10页 |
| 1．2．1 基因区域预测算法 | 第8-9页 |
| 1．2．2 基因功能预测算法 | 第9-10页 |
| 1．2．3 用DM进行分子进化的研究 | 第10页 |
| 1．3 本文主要研究内容 | 第10-11页 |
| 1．4 论文内容安排 | 第11-12页 |
| 第二章 生物学背景 | 第12-18页 |
| 2．1 DNA和基因组序列 | 第12-13页 |
| 2．2 DNA王国：基因组序列特征 | 第13-18页 |
| 2．2．1 基因 | 第13-14页 |
| 2．2．2 调控位置 | 第14-16页 |
| 2．2．3 重复片段 | 第16-18页 |
| 第三章 用比较标记法发现序列特征 | 第18-31页 |
| 3．1 比较标记法的原理 | 第18-20页 |
| 3．2 比较标记的一个例子 | 第20-21页 |
| 3．3 比较标记法的优点 | 第21-23页 |
| 3．4 比较标记法的局限性 | 第23-25页 |
| 3．5 敏感性—复杂性的平衡 | 第25-31页 |
| 3．5．1 用过滤试探法降低复杂度 | 第26-28页 |
| 3．5．2 再议本文的重要性 | 第28-31页 |
| 第四章 成对的局部对齐问题 | 第31-50页 |
| 4．1 问题定义 | 第31-32页 |
| 4．2 过滤策略总览 | 第32-37页 |
| 4．2．1 度量过滤的性能 | 第33-34页 |
| 4．2．2 字匹配过滤 | 第34-35页 |
| 4．2．3 排除方法 | 第35-37页 |
| 4．3 随机投影过滤 | 第37-50页 |
| 4．3．1 过滤器 | 第38-39页 |
| 4．3．2 投影的前期工作 | 第39页 |
| 4．3．3 RP-ALL-PAIRS算法 | 第39-42页 |
| 4．3．4 性能分析 | 第42-45页 |
| 4．3．5 RP-ALL-PAIRS的实现 | 第45-50页 |
| 第五章 实验结果及结论 | 第50-65页 |
| 5．1 与排除算法对比复杂度估计的准确性和执行情况 | 第50-52页 |
| 5．2 敏感性与字匹配 | 第52-61页 |
| 5．3 在大序列上的执行 | 第61-63页 |
| 5．4 结论 | 第63-64页 |
| 5．5 进一步的讨论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71页 |